Seneca egész életében érdeklődött a természettudományos kérdések iránt, s ez irányú vizsgálódásainak eredményeit több munkában összegezte. Sajnos e munkák — egy kivételével — mind elvesztek, beleértve egyéb témájú műveit is: De situ Indiae (India fekvéséről), De ritu et sacris Aegyptiorum (Az egyiptomiak szokásairól és vallásáról), De motu terrarum (A földrengésről), De forma mundi (A világ alakjáról), De piscium natura (A halak természetéről), De vita patris (Apja életéről), De superstitione (A babonáról), De matrimonio (A házasságról), De immatura morte (A korai halálról), Moralis philosophiae libri (Erkölcsfilozófia). Fennmaradt viszont a Naturales quaestiones (Természettudományos kérdések) hét könyvben.
E munkájában Seneca természetbölcseletet tárgyal, s ezt magasabb rendűnek tartja az erkölcstannál, mert ez utóbbi az emberekkel, az előbbi viszont az istenekkel kapcsolatos (Praefatio 1, 1). Szánalmas az ember — mondja —, ha nem emelkedik fel az emberfelettiekhez. Az egyes könyvek anyagát a négy elem szerint osztja fel. Az 1-2. könyvet a tűznek szenteli, mégpedig az I. könyv a szivárványt, a 2. az asztronómiát, a meteorológiát és a földrajzot tárgyalja.

A 3. és a 4. könyv tárgya a víz; nevezetesen a 3. könyvben kutatja a víz és a vízözön problémáit, a 4a-ban pedig a Nilus áradását, a jeget és a havat. A 4b és az 5. könyv témája a levegő, a 6.-é a föld, s ennek megfelelően a 6. könyv a földrengéssel foglalkozik. Végül a 7. könyv az üstökösöket tárgyalja. Ez a sorrend azt jelenti, hogy a tűz témája a gyűrűs kompozíció keretében közrefogja a többi témakört. E mű anyagát Seneca hosszú évek munkája során gyűjthette össze, főleg sztoikus forrásokból, például Poseidóniostól, s feltehetőleg erkölcsfilozófiája természetbölcseleti megalapozásának szánta e művét. A Codex Ambrosianusban maradt ránk tíz dialógusa 12 könyvben. I. De Providentia (A gondviselésről), II De constantia sa-pientis (A bölcs állhatatosságáról), III—V. De ira (A haragról) három könyvben, VI. Ad Marciam de consolatione (Vigasztalás Marciához), VII. Ad Gallionon de vita beata (A boldog életről Gallióhoz), VIII. Ad Serenum de otio (A visszavonultságról Serenushoz), IX. Ad Serenum de tranquillitate animi (A lelki nyugalomról Serenushoz), X. Ad Paulinum de brevitate vitae (Az élet rövidségéről Paulinushoz), XI. Ad Polybium de conso-latione (Vigasztalás Polybiushoz), XII. Ad Helviam matrem de consolatione (Vigasztalás anyjához, Helviához).

A consolatio műfaja görög eredetű, de már Cicero is művelte, azonban leánya haláláról írt vigasztalása elveszett, ezért_Seneca ránk maradt vígasztalásai az első példái e műfajnak. A vigasztalás a populáris filozófia egyik megnyilatkozási formája: a külső körülményekkel szembeni tehetetlenségünket fejezi ki, s ennek elviselésére próbál vigaszt találni. Seneca vigasztalásai általában négy részből állnak: 1. a bevezetés: a baj, amely miatt vigasztalni kell; 2. a vig_asztalás törzsanyaga; 3. a fájdalom okai; 4. a conclusio. Általános érvei a következők: a) a fossz nem létezik; b) a halál az élet törvénye: mindenkit elér; c) az életieli van bajjal, a halállal mindezek megszűnnek. Marcia vigasztalása című írásában Cremutius Cordus történetíró leányát igyekszik kimozdítani gyászából, mert meghalt a fia.
A vigasztalásban fontos elem mások példája: ebben a fiaikat elvesztett Octaviát és Liviát állítja példaképül: ők leendő császárokat veszítettek el Marcellus és Drusus személyében, mégis megvigasztalódtak, s ez természetes, hiszen minden földi javunk ideiglenes és bizonytalan..E munkát 40-ben írta. Nem sokkal később, 42 táján keletkezett Helvia vigasztalása című munkájában saját édesanyját vigasztalja abban a sok bajban, amely legutóbb érte: meghalt a férje, egy unokája, a fiát pedig száműzetésbe küldték. Saját száműzetéséről azt állítja, hogy az nem okoz neki szenvedést, hiszen a száműzetés csak helyváltoztatás. Elhagyni a hazát nagy fájdalomnak tűnik, de ha jól megfontoljuk, a világvárosba tömörült tömegeknek nincs is hazája, tehát sokan élnek így.
Azonkívül — mint Marcus Brutus mondja — a száműzött bárhová megy, magával viheti erényeit és lelkét: „Gazdaggá csak a lélek tehet; ez a száműzetésbe is elkísér, és bőségben él a legzordonabb pusztaságban, s a maga kincseit élvezi, ha megvan annyija, amennyiből életét eltengetheti: a léleknek, akárcsak az isteneknek, a földi javakhoz egyáltalán nincs köze" (11, 5; fordította Révay J.).

Ám hogy Seneca mégsem viselte el olyan könnyen a száműzetést, az nyilvánvaló Polybius vigasztalása című könyvéből. Polybiusnak meghalt a testvére, s Seneca azzal vigasztalja, hogy a császár közelében él, vessen egy pillantást az isteni férfira, s minden bánata elszáll: „Nem tágítok: újra meg újra csak a császárra hivatkozom: amíg ő kormányozza a világot és megmutatja, mennyivel könnyebb a birodalmat jósággal, mint fegyverrel megtartani, amíg ő irányítja az emberek sorsát, addig, hogy valamit elvesztettél, meg sem érezheted, mert ő maga elegendő neked oltalmul és vigaszul.
Embereld meg magad, és valahányszor kibuggyannak a könnyeid, mindig a császárra függeszd szemed: könnyeid felszáradnak e felséges és dicső istenség színe előtt; tündöklése szemed lenyűgözi és ellenállhatatlanul önmagára kapcsolja majd, úgy, hogy rajta kívül nem is láthat semmi mást" (12, 3; fordította Révay J.). E folyamatos császárdicsőítéssel az volt a célja, hogy Claudius kegyét visszaszerezze. Polybius, Claudius császár nagy hatalmú szabadosa, feltehetően megmutatta urának e dicsőítő iratot, s ennek is része lehetett Seneca visszahívásában. Egyes kutatók 43-ra datálják e munkát, de lehet, hogy később keletkezett.

A dialógusok többi darabja a sztoikus etika egy-egy alapkérdését tárgyalja, de úgy, hogy annak mindig van valami köze az író életéhez is. A De ira (A haragról) című, három könyvből álló művét a gyűlölt Caligula uralkodása alatt írta, s ebben kifejezésre is juttatja — a harag sztoikus elméletének kifejtése mellett — e császár iránti ellenszenvét, de csak Caligula halála után tette közzé. E munkát testvérének, Novatusnak ajánlja ugyanúgy, mint a De vita beata (A boldog életről) című értekezését, amelyben testvérét már Gallio néven szólítja meg, ti. Iulius Gallio rétor örökbe fogadta, s ez névváltoztatással is járt. E munkájában a gazdagság kérdésében foglal állást, valószínűleg azon vádakra kíván válaszolni, amelyek 58 táján érték: a szegénységről prédikál, de a császári barátság örve alatt óriási vagyont halmoz fel; vö. Tacitus, Annales 13, 42.
A bölcsesség és a gazdagság nem szükségképpen zárják ki egymást — hangsúlyozza Seneca. A bölcsesség megfér a kényelemmel és a jóléttel, ha nem keríti hatalmába a bölcset. A De brevitate vitae (Az élet rövidségéről) című erkölcsi esszéjében eltanácsol a közügyekben való részvételtől, s ez a mű keletkezésének dátumával magyarázható: közvetlenül a száműzetésből való visszatérte után írta (49-50), s még saját bőrén érezte, mekkora veszélyeket rejt magában, ha valaki a közéletben híressé válik.

A De tranquillitate anirni (A lelki nyugalomról) című értekezését viszont valamikor 5458 között tette közzé, s ebben éppen az ellenkezőjére kíván rábeszélni: hasznos és üdvös részt vállalni a közügyek intézésében. Ez időben Seneca mint Nero nevelője, majd nagy hatalmú minisztere, ismét úgy látta, hogy a bölcs formálója lehet a világ dolgainak, ezért kötelessége is, hogy részt vegyen bennük: „Az ember teljesítse kötelességét az állammal, az emberiséggel szemben, de mindvégig tartsa szem előtt azt is: az, hogy ezt milyen minőségben teljesítheti, teljességgel a sors akaratától függ.
A bölcs és általában az ember szabadságát annak felismerése biztosítja, hogy ő nem a saját magáé, önmagát is csak letétbe kapta a sorstól, kötelessége ezt a letétet kamatoztatni, majd vonakodás nélkül visszaszolgáltatni tulajdonosának, amikor az igényt támaszt rá" (Bollók: Előszó 13-14).

A közügyekben való részvétel azonban magában hordozza azt a veszélyt, hogy elhanyagoljuk lelkünket, s hogy ezt elkerülhessük, a negotiumot, a frequentiát (a tevékenységet, a közösségi életet) váltakoztatni kell az otiummal, a solitudóval (a visszavonultsággal, a magánnyal): „Gyakran kell visszavonulnunk önmagunkba is: a különféle emberekkel történő érintkezés ugyanis felkavarja bensőnk szép rendjét, kiújítja érzelmeinket, és elgennyesíti lelkünknek frissen és nem kellőképpen kikezelt összes sebét. Ezt a kettőt, mármint a magányt és a közösségi életet, kevernünk és váltogatnunk kell tehát egymással: az előbbi az emberek, az utóbbi önmagunk utáni vágyat kelti fel bennünk, és az egyik orvossága a másiknak. A sokaságtól való undort a magány, a magánytól való undort a sokaság gyógyítja meg" (17, 3; fordította Bollók J.).
Ha viszont a közállapotok olyanok az államban, hogy lehetetlenné teszik a bölcs részvételét, akkor az ot ie~ t (a visz-szavonultságot, magányt) kell választani: ez összhangban van mind az epikureisták, mind a sztoikusok tanításaival — írja a De otio című töredékesen fennmaradt értekezésében, amelyet 62 táján írt, amikor végleg kiszorult a politikából: Quodsi non inven-itur illa respublica, quam nobis fingimus, incipit omnibus esse otium necessarium, quia quod unum praeferri poterat otio, nusquam est — „Ha nem találjuk meg azt az államot, amelyet elképzeltünk magunknak, a visszavonultság szükségszerűvé kezd válni mindenki számára, mert az az egy valami, amit szembe lehetne helyezni a visszavonultsággal, sehol sem létezik" (De otio 8, 3).

A De providentia (A gondviselésről) című munkájában, amelyet már visszavonultságának idejében írt, azt az ellentétet kívánja feloldani, amely a sztoikusok gondviselés-tana és a gyakorlati élet tényei között tátong: ha van gondviselés — azaz a jók jutalmat, a gonoszok büntetést érdemelnek —, hogyan lehetséges az, hogy a jók olykor többet szenvednek itt a földön, mint a rosszak. Ez nem ellentmondás, adja meg a választ Seneca: az isten próbák elé állítja a jókat, hogy alkalmuk legyen az erény gyakorlására, s ezáltal még nagyobb érdemeket szerezhessenek.
Hasonlóképpen elméleti jellegű a De beneficiis (A jótéteményekről) című hét könyvet magában foglaló munkája, amelyet egyesek 56-ra, mások a visszavonultság éveire datálnak, de mindenképpen 64 elé, mert Seneca az Erkölcsi levelekben már hivatkozik rá (81, 3). E művében, amely a sztoikus iskola szellemét árasztja, az író az adakozás egyéni és társadalmi kérdéseit vizsgálja: kinek, miért, milyen alkalmakkor adakozzanak a gazdagok, akik egy felvilágosult monarchiában a privilegizált rétegekhez tartoznak. Seneca célja, hogy emberi és szívélyes viszonyokat teremtsen a római társadalom gazdagabb és szegényebb rétegei között, s ezáltal bizonyos szociális egyensúlyt teremtsen.