Aquincum első legióstáborát (ennek nagysága 460 x 520 m) a legio II adiutrix építette Kr. u. 89-ben. Ez egy kővel erősített palánkerőd volt, mely kettős árokkal rendelkezett. A legio végleges erődje csak a parthus hadjáratból (Kr. u. 117-118) való visszatérése után épült.
A legio tábornak a Dunára, vagyis az ellenség felé néző oldalán volt a főkapuja és ezen keresztül a via praetoria mentén vezetett az út a táborközpontba, a principia épületéhez. A tábor két főútjának kereszteződésében állott a Thermae Maiores (a legiotábor fürdője), 120 x 140 m-es épület. A mai Hajógyári-szigeten volt található a helytartói palota, mely a canabae északkeleti csücskében, a barbaricummal közvetlenül szemben állt.

Aquincumban mai ismereteink szerint több Mithras-szentély működött egy időben a város különböző területein, ezek közül a legelsőt még a Kr. u. 160-as évek elején építették, nem sokkal később, mint a carnuntumi szentélyt. Ez az első szentély az iparos negyed területén épült fel, azonban a markomann-szarmata háborúk alatt elpusztult. „A polgárváros forumától északkeletre, a Krempl-malom és a vasúti töltés között a 19. század végén mozaikpadló részlete és feliratos oltárkő került elő, amely alapján a kutatás ezen a területen Mithraeumot sejtett.” A Gázgyár területén 1912-ben előkerült szentély sajnos építkezés során látott napvilágot és csak megfigyelni, illetve a leleteket összegyűjteni lehetett, alaprajz vagy dokumentáció nem maradt az utókorra.
A Severus-dinasztia alatt a polgárváros területén három szentélyt is építettek fel és ekkorra tehető a katonavárosi Mithraeum létrehozása is. „A Mithras-emlékek nagy száma a canabae területén legalább három mithraeum meglétére enged következtetni, a legio tábortól északra, délre és keletre, de ennél nagyobb szám is elképzelhető.” A canabae területén előkerült további Mithras feliratok: CIL III 3478; 3476; 14343,2 (Pacsirtamező u.); 3479 (Hajógyári-sziget déli része).

Az Aquincum területén található szentélyek között az V. Mithraeum egyedüli helyet foglal el a provincia szempontjából, jelentősége abban rejlik, hogy a katonai táboron belül helyezkedik el. Erre mindezidáig nem ismerünk párhuzamot, az, hogy egy keleti misztériumvallás szentélyét a katonai táboron belül építhették meg hívői, bizonyítja a kultusz fontosságát, amelyet a császár is elismert. Szentély létrehozására a táboron belül Septimius Severus trónra kerülése előtt lehetetlen volt. Valószínűleg Septimius Severus ajándékozta azt a kiváltságot a katonaságnak, hogy egy katonai táboron belül állítsák fel egy „keleti” misztériumvallás szentélyét.
Septimius Severus uralkodása alatt széles körben terjedtek a „keleti” misztériumvallások. Az ún. V. Mithraeum a tribunus laticlaviusok épületében volt található, maga az épület 59,5x 39,5 m nagyságú volt. „Az épület ÉK-i oldalán a Kr. u. 3. század elején öt korábbi helyiség átalakításával egy Mithraeumot hoztak létre. Kialakításában és elrendezésében a Mithraeumoknál szokásos tagozódás volt megfigyelhető.” A szentély feltételezett alapítási időpontja Kr. u. 202.
A szentély mérete 4,4x14 m volt, a bejárat a déli oldalon helyezkedett el, ahol belépve egy 4,4x2,8 m előtérbe (pronaos) jutottak be a hívők. A szentélybe lépcsők vezettek le, ahol két oldalt a megszokott elrendezéshez hűen pódiumok álltak.

A szentély északi falán volt elhelyezve a fő kultuszkép, falba süllyesztett mélyedésben. A tauroktonos-relief sajnos elveszett, valószínűleg akkor, amikor az újkorban egy pince ásásával megbolygatták a szentély belsejét. Ezt körülvéve Mithras életéből vett jelenetsorok voltak láthatók freskó formájában. Ez az ábrázolása a provinciában egyedülálló helyet foglal el, bár a polgárvárosi III. Mithraeum (Marcus Antonius Victorinus-féle) szentély feltárásáról szóló tudósításban megemlítik falfestmény nyomainak maradványait. A freskó egész kompozíciója kissé aszimmetrikus, ennek oka a nyugati oldalon álló petrogenitus oltár. Ehhez hasonló elrendezést a Mithraeumok között római és elsősorban nyugati szentélyeknél találhatunk.
A freskókon ábrázolt Mithras-legenda elmesélése, a történet képeinek sorrendje általános a Birodalmon belül. Egyes jelenetek azonban általánosan szerepelnek, míg más jelenetek csak egy-egy Mithraeumban vannak jelen. Ezeknek a mellékjeleneteknek a száma nem volt meghatározva, így attól függően, hogy az adott szentélyben melyik részét szerették volna hangsúlyozni a történetnek, változtatták azok megjelenítését. A kultuszkép alatt az alapítótábla volt elhelyezve.
A nyugati pódiumnál in situ találták meg az eredetileg „petrogenitus” oltár, amelynek azonban felső része, ahol valószínűleg a sziklából születő Mithras szobra állhatott letört és elveszett.
Az északi, szentélyfal jobb oldali részén egy stukkópárkányos, fehérre mázolt tábla volt látható bevonalkázott állapotban. Ezek a vízszintes vonalak valamilyen kultikus felirat írására voltak felfestve. „A szentélyt több mint fél évszázadig használhatták, majd a nagyobb oltárokat az alapító tábla elé állítván a szentélynek az északi részét agyagtéglákkal elfalazták, amit a római korban soha nem bontottak ki újra.” Ez az elfalazás valószínűleg a Kr. u. 3. század második felében dúló eseményekkel hozható összefüggésbe, valamint a hadsereg átszervezésével.

A Kr. u. 206-os germán- szarmata háborúk idejében a tribunus laticlaviusok házát átalakítják. A szentély pusztulására az itt megtalált éremleletek alapján Probus uralkodása (Kr. u. 276-282) előtt - talán a Kr. u. 260-as évek barbár betörései miatt, vagy az alatt kerülhetett sor. Innen, Valószínűleg Aquincumból kiindulva terjedt el Mithras-tisztelete a környező településeken: Budaörs, Nagytétény (Campona), Békásmegyer (vicus Vindonianus), Szentendre (Ulcisia Castra) és Zsámbék.
Kr. u. 2l3-ban (vagy Kr. u. 222-ben) az aquincumi legio II. Adiutrix két katonája Mithras-szentélyt épített Budaörsön, a Szőlőhegyen, valószínűleg a saját birtokukon. Ehhez a közösséghez tartozhatott Marcus Antonius Victorinus, aki Aquincum duumvirje volt és itt, Aquincumban épített egy Mithras-szentélyt (III. Mithraeum), emellett Budaörs területén is voltak birtokai. Budaörsön Terra Maternek és Herculesnek állított oltárt. Ulcisia Castrában a szír katonák és családtagjaik, valamint a velük jött kereskedők megfelelő alapot képeztek a vallás elterjedéséhez.

Aquincum esetében a történeti és vallástörténeti körülmények egyaránt amellett szólnak, hogy a városban - valószínűleg a katonavároshoz tartozó canabae területén - léteznie kellett egy Dolichenus-szentélynek, ám mindezidáig még nem találták meg. A megtalálás nehézségét az is okozza, hogy a Dolichenus-szentélyek nem mutatnak tipikus kinézeti, belső elrendezési sajátosságokat, mint a Mithraeumok.
A feltárást nehezíti még az a tény, hogy minden Dolichenumot elpusztítottak Pannonia területén. Ez arra enged következtetni, hogy (amennyiben Aquincumban is jelen volt egy szentély) hasonló pusztítás, kifosztás áldozata lett, az Aquincumból ismert Dolichenus-leletek szétszórtsága ezt a tényt támassza alá.

Aquincumtól délre lévő limes szakaszon, Pannonia területéről, összesen két Dolichenus-közösség jelenléte mutatható ki. Vetus Salina és Lussonium esetében elmondhatjuk, hogy mindkét helyen az auxiliaris táborhoz kapcsolódtak a Dolichenus-emlékek, szentélyt azonban egyik esetben sem lehetett pontosan azonosítani. Az itt felhozott emlékek mindegyike a Kr. u. 2. század végére és a Kr. u. 3. század első felére datálható.