Kr. e. 65-ben jelent meg a római hatalom SzíriaPalesztinában. Miután az elesett és tehetetlenné vált Seleukidák államát felszámolta, Izráel közelébe került. Szíriában M. Aemilius Scaurus hadvezért állította Róma a tartomány élére.
II. Aristobulus király Scaurus segítségével akarta biztosítani magának a trónt. II. Hyrcanus előbb III. Aretas arab királyhoz fordult. Az arab király azonban, miután Scaurus megfenyegette Pompeius beavatkozásával, rémülten vonult ki Júdeából. Hyrcanus és az idumeus Antipater ezek után az arabok segítsége nélkül Pornpeiushoz fordult segítségért.

A városban viszály támadt. II. Aristobulus hívei, a farizeusok legszélsőségesebb irányzata támogatta Aristobulust, a zélóták pártja, a háború mellett voltak, a II. Hyrcanus pártján állók azonban meg akarták nyitni a kapukat Pompeius előtt. A kitűnően képzett római hadsereg igen nagy félelmet ébresztett Izráel fiaiban, és így egyre többen gondoltak a kapuk megnyitására.
Aristobulus hívei végső harcra készültek: Visszavonultak a templomba, s lerombolták azt a hidat, amely a templomot a várossal összekötötte. A másik párt ezzel szemben behívta a rómaiakat a városba, és átadta nekik a királyi palotát. Három hónapi ostrom után Pompeius elfoglalta a templomot. A döntő támadást szombati napon indította Jeruzsálem ellen, a nagy engesztelés ünnepén.
Izráel fiai közül tizenkétezret megöletett, kíséretével együtt bement a szentélybe, ahová csak a főpapnak volt szabad belépnie, megnézte a templomban levő tárgyakat: a hétágú gyertyatartót, az áldozati asztalt, az áldozati edényeket és füstölőedényeket, amelyek mind színaranyból voltak, a sok füstölőszert és a kb. 2000 talentumnyi kincseket. De nem nyúlt semmihez, sőt a város elfoglalása után a templomszolgákkal megtisztíttatta a templomot, és elrendelte, hogy mutassák be a hagyományos áldozatokat. Inkább jóindulattal, mint elrettentéssel igyekezett a népet megnyerni.

II. Hyrcanus főpapságát elismerte, de királyságát nem, az ország területét megcsonkította. Valamennyi városát, amelyeket addig nem pusztítottak el, „felszabadította" a zsidó uralom alól, és visszaadta benszülött polgáraiknak, önálló városokká tette őket és Syria tartományához csatolta. Hyrcanus az így megmaradt országrész uralkodója (ethnarcha) lett, és Róma adófizetője. Ezzel megszűnt az ország önállósága és a királyság.
II. Aristobulus Rómába került fogolyként. Samária elszakadt Júdeától. Saját kultuszát a Garizim hegyén gyakorolta, és Syria provincia keretében élte önálló életét. A Hasmoneus birodalom nagy része újra elszakadt Júdeától.

A Pompeius és Julius Caesar közti polgárháború és annak következménye Júdeára is hatással volt. A polgárháború idején Hyrcanus és Antipater Pompeius oldalán állt. Mikor azonban Caesar győzelme után Pompeiust az egyiptomi Pelusiumnál Chinos egyiptomi tábornok bárkájába való beszállása után L. Septimius és társai leszúrták, igyekeztek Julius Caesar kegyeit elnyerni.
Julius Caesar II. Hyrcanust a főpapi tisztében megerősít ette, Izráel szabad vallásgyakorlatát (religio licit a) az egész birodalom területén engedélyezte, s ezt a határozatát a senatussal is megerősíttette. Procurátorrá ellenben egész Júdea felett Antipatert tette: őt római polgárjoggal ajándékozta meg, és a neki ajándékozott Júdea területét meg is növelte. Mindenek előtt hozzácsatolta Joppét, a legfontosabb kikötővárost, ezen kívül több falut és várost.
Antipater fiát, Fazáelt Júdea és Perea hadvezérévé, (stratégos) Antipater másik fiát pedig Galilea hadvezérévé (strategos) tette. Így II. Hyrcanus uralma egyre inkább névlegessé vált, s a kormányzati hatalom az idumeus Antipater kezébe került.

A helyzet Antipater meggyilkolása után ugyan egy rövid időre megváltozott, de az most már világos volt, hogy feltartóztathatatlanul lejárt a Hasmoneusok kora és új dinasztia, az idumeusok kerülnek Izráel élére.
II. Aristobulus fiának Antigonusnak (Kr. e. 40-37) még három évre a pártusok segítségével sikerült biztosítania uralmát. Ez a segítség azonban Jeruzsálemnek és környékének a kifosztásával járt együtt. Mikor a pártusok királya Antigonust a királyi székbe ültette és főpapként megerősítette, kiszolgáltatta neki II. Hyrcanust és Fazáelt Antipater fiát.

Antigonus II. Hyrcanusnak levágatta a füleit, hogy csonkasága miatt többé ne lehessen főpap és a pártusokkal fogolyként küldte Babilónba, Fazáelt pedig, aki csak megbilincseltetése miatt nem vethetett véget karddal életének, de egyébként egy sziklán annyira szétzúzta fejét, hogy halálos sebeket szerzett, Antigonus orvosai, akik a gyógyítás ürügyével látogatták meg, megmérgezték.
Heródesnek, Antipater másik fiának, Fazáel testvérének sikerült elmenekülnie Egyiptomon át Rómába. Itt a senatus azonnal Júda királyává nevezte ki. Róma segítségével el is foglalta Júdeát. Joppéban ugyan feltartóztatták útjában, azonban hamarosan bevette a várost. Innen Heródes Jeruzsálem ellen indult, s hírnökei körüljárva a város falait kihirdették, hogy Heródes a nép javára és a város megmentésére jött, senkinek sem akar ártani, és minden ellenségnek megbocsát.
Antigonus ellenállt az idumeus származású Heródes támadásainak, így Júdea újra hadszíntérré vált: három évi harc után végül úgy sikerült bevenni a várost, mint Pompeiusnak. Az első falat 40, a második falat 15 nap alatt foglalták el. Szörnyű vérfürdőt rendeztek. Heródes, hogy mindenképpen biztosítsa magát, megszervezte Antigonus megölését, és ezzel végérvényesen megdőlt a Hasmoneusok uralma.