Gallus leverése után nagy sietve intézkedéseket tettek, hogy a rómaiak biztosan várható újabb támadásának ellent tudjanak állni. A jeruzsálemi vezető papok időközben rájöttek, hogy fontos helyüket el fogják veszíteni, ha nem állnak a Róma-ellenes pártba. Sokan tehát megtették ezt. A szanhedrint bízták meg a végrehajtó hatalommal, míg a legfőbb hatalmi szerv az újjászervezett népgyűlés lett, amely a kliens-királyok alatt minden jelentőségét elvesztette. Ennek vezetése az első időben még a papok és farizeusok magasabb osztályának a kezében volt. Ez a népgyűlés bízta meg a későbbi történetíró Flavius Josephust a galileai csapatok főparancsnokságával. Ez kétségtelenül nagyon felelősségteljes és fontos beosztás volt, mert a rómaiak első nagy támadását biztosan Galileában lehetett várni.
Josephus egyik első feladatának látta a galileai városok megerősítését. Ez a következő helyeket érintette: Jotapata, Tarichaea, Tiberias, Szeforisz, Giscala. Saját adatai szerint Josephus százezer embert tudott mozgósítani és kiképezni a bekövetkező harcra (BJ II,572kk). Csak a rendelkezésre álló rövid időre tekintettel is, Josephusnak ez az adata legalábbis túlzottnak látszik. Ettől eltekintve egyébként az a benyomásunk, Josephus arra törekedett, hogy szabad kezet nyerjen a rómaiaktól is, II. Agrippától is.
A zélóták és főleg vezetőjük Giscalai János valószínűleg nem ok nélkül gyanúsították Josephust azzal, hogy inkább tárgyalásokba kívánt bocsátkozni a rómaiakkal, mint döntő küzdelembe bocsátkozni velük. Bizalmatlanságuk Josephus elleni fegyveres ellenálláshoz vezetett, aki saját elmondása szerint (BJ 11,614kk és Vita 84kk) alig tudott megmenekülni egy élete ellen irányuló merénylet elől.
Josephus szerint Galileában egy másik ellentét is fennállott: a vidéki, lakosság és a nagyobb városok között. A vidék lakossága akiket Josephus életrajzában többnyire galileaiaknak nevez, Freyne szerint sokkal nacionalistább volt, mint a városi, amely általában római érzelmű volt. Ezek a tényezők mind nagy befolyással voltak a rómaiak ellen bekövetkező harc előkészületeire. A vázolt ellentétek azt a benyomást keltik, hogy ez az előkészület kereken kimondva: rossz volt.
A római felvonulás Galileában
Nero Görögországban volt, amikor Palesztinában kirobbant a harc. Vespasianus kapta a megbízatást, hogy helyreállítsa a rendet. 67-ben, mihelyt az évszak megengedte, Vespasianus felvonult. Mielőtt még a harcot megkezdték volna, a jelentős Szefórisz város már a kezére jutott.
Vespasianus három légióból álló hadsereggel vonult föl Galileában, kiegészítve II. Agrippa és II. Malchosz nabateus király segédcsapataival. Josephus szerint ekkor sok zsidó csapat a menekülést választotta. Maga Josephus visszavonult Tiberiasba, míg hadseregének főereje Jotapata erődítményébe menekült. Röviddel rá Josephus is ebbe az erődítménybe ment, hogy személyesen vegye át a védelem irányítását.
A részletes leírás szerint Vespasianus 47 napig ostromolta Jotapatát. Árulás révén végül a rómaiak kezére került ez a védelmi állás. Minden lakóját megölték vagy rabszolgaságba hurcolták, míg magát a várost és védműveit a földdel egyenlővé tették. Ez az esemény 67 június-júliusa körül történt. Jotapata elestével a rómaiak ismét birtokba vették Galilea egyik legfontosabb erődítményét.
Josephus maga ekkor mintegy negyven harcostársával egy barlangban talál menedéket. Saját elbeszélése szerint (BJ m,340kk) egy csodálatos véletlen segítségével sikerült élve megmenekülnie, és azáltal, hogy megjövendölte Vespasianusnak, hogy császár lesz. Az egész elbeszélés azonban erősen azt a benyomást kelti, hogy ez csak a saját áruló átállásának a szépítésére szolgál.
Jotapata eleste után Tiberias kardcsapás nélkül megadta magát, és a rómaiak hamarosan elfoglalták Tarichaeat, Gamala erődítményét Gaulanitisbare és a Tábor hegyét, így 67 végére egész Galilea újra hatalmukban volt. Giscalai János ekkor követőivel Jeruzsálembe menekült.