Ciprus leghosszabb folyója a Pedaiosz (96 km). A folyó a Tróodosz-hegységben ered és északkeleti irányba haladva éri el az északi fővárost, Nicosiát. Innen nyugat felé a Mesaoria-síkságon halad keresztül, majd Famagustánál ömlik a Földközi-tengerbe. A folyó nem hajózható.

A szigeten mindig is hiány volt vízben, ezért több városban is vezetéke­ket kellett építeni. Salamisban 10 km-es, Nea Paphosban 40 km-es aquaductus épült, és feliratról ismert még a Soliban, Kyreniában és Kurionban épült vezeték.

Az északon található Pentadaktylos-hegység környékén az öntözést a Közel-Keletről jól ismert qanat-technológiával oldották meg.