A rómaiak részben nagyon dühösek voltak Josephusra, részben a fővezér is mindenáron kézre akarta keríteni, mert a háború sikere érdekében ezt döntőnek tartotta, tehát mindenütt keresték a halottak közt és a város legrejtettebb búvóhelyein; a város bevételekor azonban valósággal Isten segítségével átjutott az ellenség gyűrűjén, és leugrott egy mély víztartóba; ebből oldalvást tágas barlang nyílt, amelyet felülről nem lehetett látni.
Ezen a búvóhelyen 40 előkelő férfiút talált, akiknek jó néhány napra elegendő élelmiszerük volt. Nappal a barlangban rejtőzködött, mert az ellenség köröskörül minden pontot megszállt, de éjjelente kimerészkedett, hogy utat keressen a menekülésre, és kikémlelje az őrszemeket. De éppen miatta rendkívül szigorúan őrizték az egész környéket, úgyhogy titkos szökésre gondolni sem lehetett, tehát megint visszabújt a barlangba. Így két napig nem vették észre; de a harmadik napon a velük együtt bujkáló egyik bajtársuk feleségét elfogták, és ez elárulta. Vespasianus azonnal kiküldte két ezredesét, Paulinust és Gallicanust, azzal a megbízatással, hogy bántatlanságot biztosítsanak Josephusnak, és bírják rá a barlang elhagyására.

Ezek el is mentek, s megadásra szólították fel; megígérték, hogy nem lesz bántódása, s mégsem adta meg magát; mert nem a két tiszt becsületességében kételkedett, hanem jól tudta, hogy méltó bűnhődés vár rá azért a sok csapásért, amit a rómaiakra mért; attól tartott: csak azért akarják kicsalogatni, hogy bosszút álljanak rajta. Végül Vespasianus egy harmadik ezredest küldött, Nikanórt, akit Josephus jól ismert, mert már régebben jó barátságban voltak. Ez el is jött, és elmondta, hogy a rómaiak mily kegyesen bánnak azokkal, akiket legyőztek, hogy a parancsnokok Josephust nem gyűlölik, hanem inkább csodálják hősiességéért, és hogy a hadvezérnek esze ágában sincs őt kivégeztetni, hiszen ezt akkor is megtehetné, ha nem adja meg magát, hanem inkább már eleve elhatározta, hogy vitézsége jutalmául megkegyelmez az életének. Hozzátette még, hogy Vespasianus nem alattomos szándékkal küldte éppen a barátját Josephushoz, hogy az aljasságot a legszebb erénnyel, az árulást a becsületességgel leplezze, és ő maga sem jött ide olyan szándékkal, hogy megcsalja barátját.

Mivel azonban Josephust Nikanór szavai sem győzték meg, a katonák mérgükben már arra készülődtek, hogy tűzcsóvát dobnak a barlangba. De parancsnokuk visszatartotta őket, mert nagyon fontosnak tartotta, hogy ezt az embert elevenen kerítse kézre. Tehát miközben Nikanór kérlelte, és Josephus megtudta, mivel fenyegetődznek a feldühödött katonák, eszébe jutott éjjeli álomlátása, amelyben Isten feltárta előtte a zsidók küszöbön álló pusztulását és a római császárok sorsát. Josephus ugyanis értett az álomfejtéshez, még az Isten kétértelmű kijelentéseit is meg tudta fejteni, mert pap volt és papnak a fia, tehát jól ismerte a szent könyvek jövendöléseit. Éppen ebben az órában megszállta az Isten lelke, s miközben felidézte magában nemrégiben látott borzalmas álmait, halkan imádkozott Istenhez, és így szólt:

„Mivel elhatároztad, hogy megtöröd a zsidó népet, amelyet Te alkottál, mivel a szerencse a rómaiak mellé állt, és Te az én lelkemet választottad ki, hogy hirdessem a jövendőt: megadom magam a rómaiaknak, és életben maradok. De téged hívlak tanúul, hogy nem mint áruló, hanem mint a Te szolgád megyek át hozzájuk.”

Miután elvégezte imádságát, igent mondott Nikanórnak. De mikor a zsidók, akik vele együtt voltak a rejtekhelyeken, észrevették, hogy már-már hajlandó megadni magát, valamennyien köréje tódultak, és kiáltozni kezdtek:
„Bizony súlyosan megsérted az ősi törvényeket, amelyeket Isten adott a zsidóknak, akikbe halálmegvető bátorságot is öntött. Hát annyira szereted az életedet, Josephus, hogy inkább vállalod a rabszolgasorsot, csak süssön rád a nap? Milyen hamar megfeledkeztél magadról, és arról, hogy mennyi zsidó halt meg a szabadságért a te biztatásodra! Hazug volt hát vitézséged híre, hazug volt bölcsességed híre is, mert kegyelmet vársz azoktól, akik ellen oly vakmerően harcoltál, és mert éppen tőlük várod a kegyelmet, ha ugyan egyáltalán megkaphatod. De ha meg is feledkeztél magadról a rómaiak szerencséje miatt, legalább nekünk kötelességünk törődni a haza becsületével. Tiéd a kardunk; ha önként halsz meg, akkor úgy esel el, mint a zsidók vezére, de ha akaratod ellenére halsz, úgy halsz meg, mint áruló.”

Amint ezt mondták, kardot rántottak, és megfenyegették, hogy leszúrják, ha megadja magát a rómaiaknak.
Josephus megijedt támadásuktól, és úgy érezte, hogy elárulja az Isten parancsait, ha meghal, mielőtt kihirdethetné azokat; tehát kényszerhelyzetében mindenekelőtt józan érvekkel próbálta meggyőzni őket:
„Bajtársak, miért akarunk mindenáron a halálba rohanni, és miért akarjuk elszakítani egymástól az egymással összeforrott testet és lelket? Azt mondhatná valaki: megváltoztam - nos, ezt a rómaiak tudják a legjobban. Dicső dolog a csatában meghalni, de katona módjára, vagyis az ellenség kezétől. Ha a rómaiak kardja elől menekülök, akkor valóban megérdemlem, hogy a tulajdon kardom és a tulajdon kezem vessen véget életemnek; de ha a rómaiaknak az a kívánságuk, hogy megkíméljék egyik ellenségüket, mennyivel inkább kötelesek vagyunk mi megkímélni magunkat!
Ostobaság volna elkövetni magunkkal ugyanazt, ami miatt harcban állunk velük. Szép dolog meghalni a szabadságért, én is azt mondom - de harcban és azoknak a kezétől, akik meg akarnak fosztani szabadságunktól! Most azonban nem vonulnak harcba ellenünk, nem is akarnak megfosztani az életünktől. Éppen úgy gyávaság húzódozni a haláltól, ha meg kell halni, mint ahogy gyávaság mindenáron a halálba rohanni, amikor nem kell. Mitől tartunk tulajdonképpen, hogy nem megyünk fel a rómaiakhoz? Nemde a haláltól? Hát ha attól félünk, hogy az ellenség esetleg megöl bennünket, miért rohanjunk önként a biztos halálba? Nem, mondhatná valaki, a szolgaságtól félünk. Mintha bizony most valami nagy szabadságot élveznénk! De valaki más viszont azt mondhatná, hogy hősi cselekedet az öngyilkosság. Nem, ellenkezőleg: gyávaság; én legalábbis nagyon gyávának tartom azt a kormányost, aki csak azért, mert fél a tenger dühétől, a vihar kitörésekor önként elsüllyeszti hajóját. Ezenfelül az öngyilkosság homlokegyenest ellenkezik minden élőlény alaptermészetével, s egyúttal bűn a teremtő Isten ellen.
Nincs állat, amely szándékosan keresné a halált, vagy megölné magát, mert erős természettörvény, hogy az ember szeret éhi; éppen ezért ellenségeinknek tartjuk azokat, akik meg akarnak ölni, és bosszút állunk azokon, akik titkon az életünkre törnek. És azt hiszitek; hogy nem haragudnék az Isten, ha az ember fitymálná az ő ajándékát? Tőle kaptuk az életünket, tehát rá kell bíznunk, hogy megszabja végét. Valamennyiünknek halandó, mulandó anyagból alkotott testünk van, de ebben a testben halhatatlan lélek van, az istenség része. Ha már most valaki eltékozol olyan javakat, amelyeket emberek bíztak rá, vagy rosszul gazdálkodik velük, akkor bűnös és hűtlen embernek tartják; de aki az Istentől rábízott értéket erőszakosan kiszakítja tulajdon testéből, vajon hiheti-e, hogy elbújhat annak a szeme elől, akit így megbántott?
Igazságosnak tartják, hogy a szökött rabszolgát megbüntetik, még akkor is, ha kegyetlen gazdától szökött meg, hát hogyne volna vétek, ha valaki megszökik Isten, a legjobb gazda elől? Hát nem tudjátok, hogy azok, akik a természet törvénye szerint távoznak az életből, és az Istentől kapott kölcsönt akkor fizetik vissza, mikor az adományozó vissza akarja venni, örök dicsőséget, családjuk és nemzetségük boldogságát nyerik jutalmul? Tiszta és sugárzó marad a lelkük, és a menny legszentebb tájára jut, ahonnan az aionok leforgása után megint tiszta testekbe vándorolhatnak, viszont azoknak a lelkei, akik tulajdon kezükkel pusztították el magukat, a sötét alvilágba kerülnek, és az ilyen kétszeresen bűnös embereket Isten, az atyjuk, még utódaikban is bünteti. Ezért gyűlöli Isten ezt a bűnt, és ezért sújtotta a legbölcsebb törvényhozó büntetéssel. Mert nálunk törvény, hogy az öngyilkosok napnyugtáig temetetlenül heverjenek, holott különben kötelességnek tartjuk még az ellenség eltemetését is; más népeknél az a szokás, hogy az ilyen halottaknak levágják a jobb kezét, amellyel az öngyilkosságot elkövették, annak jeléül, hogy valamint az ilyen test elszakította magát a lélektől, akként ez a kéz sem tartozik a testhez. Ezért, barátaim, helyesen kell gondolkozni, és nem szabad ezt az emberi szerencsétlenséget még a teremtőnk elleni bűnnel is tetézni.
Ha életben maradunk, tartsuk meg az életünket, mert emiatt nem kell szégyenkeznünk azok előtt, akiknek már annyi hőstettel bebizonyítottuk bátorságunkat. Ha azonban meg kell halnunk, hát jó, öljenek meg a győztesek. Én természetesen nem azért akarok átpártolni az ellenséghez, hogy eláruljam magamat. Hiszen akkor ostobább volnék a közönséges szökevénynél, aki azért szökik meg, hogy megmentse az életét, én ellenben csak a magam rovására tenném. De nem bánnám, ha a rómaiak megszegnék szavukat, mert ha adott szavuk ellenére megölnének, szívesen halnék meg, mert a győzelemnél is nagyobb vigasztalás volna nekem ez az árulásuk.”

Sok mindent mondott még Josephus, hogy lebeszélje őket az öngyilkosságról; de ezek kétségbeesésükben süketek maradtak minden szóra. Már régen halálra szánták magukat, és most még jobban elkeseredtek Josephus ellen. Minden oldalról kivont karddal fogták körül, gyávasággal vádolták, és nyilvánvaló volt, hogy akármelyik hajlandó ott helyben leszúrni. Ő azonban az egyiket néven szólította, a másikat hadvezéri tekintettel mérte végig, a harmadiknak megragadta a kezét, a negyediket kérleléssel vette le a lábáról - aszerint, amint kétségbeesett helyzetében egymás után bukkantak fel benne a különféle érzelmek (253) -, hogy elhárítsa a gyilkos kardokat, mint ahogy a bekerített vad is mindig az ellen fordul, aki éppen támadni akarja. Mivel ebben a végső szorongattatásban is még mindig tisztelték benne a vezért, a karjuk elernyedt, a kard kiesett kezükből, és sokan, akik már kardot emeltek rá, önként visszadugták azt hüvelyébe.

De Josephust még ebben a kétségbeesett helyzetben sem hagyta cserben a józan megfontolás. Az irgalmas Istenbe vetette bizalmát, és így tette kockára életét, miközben így beszélt társaihoz:
„Mivel szilárdan elhatároztátok, hogy meghaltok, hát jó, döntsön a sors: hogy minden egyes alkalommal ki szúrja le a másikat. Tehát akire a sor esik, annak a kezétől haljon meg az utána következő; ily módon végül is mindenkit elér a halálos sors, és senki sem lesz kénytelen önmagát megölni. Mert igazságtalan volna, ha társai halála után az utolsó mindent megbánna, és a saját életét megkímélné.”
Ez a javaslata megint bizalmat keltett iránta, és miután valamennyien elfogadták, maga is sorsot húzott velük. Aszerint, hogy ki milyen sorsot húzott, szívesen tűrte, hogy az utána következő leszúrja, abban a tudatban, hogy sor szerint a hadvezérnek is meg kell halnia: mert az életénél is többre becsülték azt, hogy Josephusszal együtt halhatnak meg. Végül csakugyan csak maga Josephus maradt életben - már akár a szerencsés véletlen, akár az isteni rendelés következtében -, s vele még egy társa; mivel nem akarta, hogy a sor ráessék, sem pedig nem akarta honfitársának a vérével beszennyezni kezét - ha ő maradna utolsónak -, ezt is rávette, hogy adja meg magát a rómaiaknak, és mentse meg az életét.

Miután ekként Josephus a rómaiakkal és a saját honfitársaival megvívott harcból egyformán épségben került ki, kíséretével Vespasianus elé ment. A rómaiak mind odatódultak, hogy lássák. A tömeg, amely a hadvezér körül tolongott, összevissza kiáltozott: egyesek ujjongtak, hogy sikerült foglyul ejteni, mások fenyegetődztek, s voltak, akik erőszakkal előrefurakodtak, hogy közelről láthassák. A távolabb állók kiáltozni kezdtek, hogy végezzék ki az ellenséget, a közelebb állók hőstetteire gondoltak, és egyszerre megdöbbentek a sors változandóságán. A tisztek között egy sem volt, aki meg ne engesztelődött volna, mikor meglátta, bármily elkeseredetten haragudott is rá azelőtt. Különösen Titusban keltett rokonérzést Josephus bátor helytállása a balsorsban. Megsajnálta fiatal kora miatt, és ha eszébe jutottak régebbi hőstettei, és látta most ellenségei hatalmában, a végzet hatalmára, a hadiszerencse forgandóságára és az emberi dolgok változandóságára kellett gondolnia, és nyilván ilyen hangulatban voltak a vele levők is, mert nem titkolták, hogy sajnálják Josephust. Titus atyjánál is hathatósan közbenjárt az érdekében, és Josephus főként ennek köszönhette az életét; mindazonáltal Vespasianus szigorú őrizetben tartotta, hogy haladéktalanul elküldje Neróhoz.

Mikor ezt Josephus meghallotta, megkérte Vespasianust, hogy négyszemközt szeretne beszélgetni vele. Erre a fővezér a jelenlevőket mind elküldte, csak fiát, Titust, és két barátját tartotta maga mellett. Josephus így beszélt:
„Vespasianus, te azt hiszed, hogy mikor Josephust kézrekerítetted, csupán egy hadifoglyot ejtettél; csakhogy én mint nagyobb dolgok hírnöke járulok eléd. Ha nem kellett volna eleget tennem az Isten megbízatásának, akkor nagyon jól tudtam volna, mit követel tőlem a zsidók törvénye, és hogyan kell meghalnia egy hadvezérnek. Neróhoz akarsz küldeni? Minek? Talán az ő utódai, akik még előtted a trónra kerülnek, sokáig tudják tartani magukat? Nem Vespasianus, te Caesar leszel és uralkodó, és ez a fiad is! Most bilincseltess meg még erősebben, és tarts meg magadnak: mert te, Caesar, nemcsak az én uram leszel, hanem a földnek, a tengernek és az egész emberiségnek ura. Tehát őriztess még szigorúbban, hogy kivégeztethess, ha kiderül, hogy káromoltam az Istent.”

Vespasianus eleinte nem nagyon hitt a szavainak, és az egészet Josephus cselének tartotta, amellyel talán az életét akarta megmenteni. De lassanként mégiscsak hinni kezdett benne, mert Isten is beléojtotta már az uralkodás vágyát, és mert egyéb jelek is előre hirdették már jövendő császárságát, de ezenfelül azt is megtudta, hogy Josephusnak már nem egy jóslata beteljesedett. A hadvezér egyik barátja, aki a titkos beszélgetésen jelen volt, csodálkozott, hogy Josephus sem Jotapata elpusztítását, sem a maga fogságba jutását nem jósolta meg; ennélfogva azt hiszi, hogy amivel most előhozakodik, csak üres fecsegés, és csak az ellenség haragját akarja vele csillapítani. Erre Josephus azt felelte, hogy igenis megjósolta a jotapataiaknak, hogy 47 napi ostrom után az ellenség kezére jutnak, és maga élve fogságba kerül.
Vespasianus titokban érdeklődött a foglyoknál, és mivel Josephus adata igaznak bizonyult, most már fenntartás nélkül elhitte a rá vonatkozó jövendölést. Továbbra is börtönben és bilincsben tartotta Josephust, de díszruhát adatott rá, értékes ajándékot adott neki, és ettől kezdve mindig barátságos bánásmódban részesítette; ezt a kitüntetést Josephus főként Titusnak köszönhette.