Josephus utolsó évei Rómában Domitianus uralkodása (Kr. u. 81-96) alatt teltek. Az Önéletrajz utolsó soraiban írja:

„Titus után Domitianus következett, aki még dúsabban elhalmozott kegyeivel. Így például azokat a zsidókat, akik bepanaszoltak, megbüntette; ugyancsak megbüntetett egy eunuch rabszolgát, aki fiam nevelője volt, és különféle vádakat emelt ellenem. Iudaeai birtokomra adómentességet (ateleia) engedélyezett, ami a legnagyobb megtiszteltetések egyike volt. De éppen így kegyes jótevőm volt (dietelesen euergetusa me) a császár felesége, Domitia is".


Már Benedictus Niese és tanítványa, Heinrich Luther is felfigyelt arra, hogyan írhatott Josephus ilyen pozitív kicsengésű mondatokat Domitianus rémuralmáról annak halála után. A senatus által damnatio memoriae-ra ítélt zsarnok utódairól: Nerváról és Traianusról sem tett említést. Ugyanakkor észre kell vennünk, hogy Josephus élete Domitianus alatt sem volt teljes biztonságban. Fiának paidagógosa - feltehetően egy görög - különféle vádakat emelt ellene az udvarnál. Seth Schwartz szerint ez csakis felségsértési (diminutio maiestatis populi Romani) vád lehetett, amelynek alapján Domitianus számos senatort is kivégeztetett.
Az atheismus (istentelenség, vagyis a pogány istenek tagadása) és a Iudaismus (vagyis a zsidó vallás követése) egyik legfontosabb indítéka volt ezeknek a vádaknak. Olyannyira, hogy Cassius Dio szerint Nerva alatt mind a maiestas-, mind a Iudaismus-pereket eltörölték. Josephus ellen természetesen nem hozhatták fel a Iudaismus vádját, hiszen köztudottan zsidó volt. Ellenben nem kizárt, hogy a római felső körökben a zsidó vallás iránt megnövekedett érdeklődést Josephus kész örömmel kiszolgálta - ennek egyik gyümölcse maga A zsidók története -, amit a paidagógos-rabszolga jó alkalomnak vélt arra, hogy megszabaduljon gazdajától. Domitianus ugyanis igen keményen lépett fel a judaizálókkal szemben.

93-ban M. Acilius Glabrio, 95-ben pedig T. Flavius Clemens és felesége Flavia Domitilla - mindketten consularisok - kerültek hóhérkézre. A vád ellenük: Cassius Dio szerint „judaizálás"; Suetonius szerint „valami jelentéktelen gyanú"; az egyháztörténész Eusebios szerint pedig - legalábbis Domitilla esetében - a kereszténység felvétele. Steve Mason nem tartja kizártnak, hogy a titokzatos Epaphroditus mellett Josephus a római társadalom e zsidók iránt szimpatizáló legfelső köreivel is szoros kapcsolatokat ápolt.
Végül is nem tudjuk, mi menthette meg Josephust, de korábbi érdemei mellett gyaníthatóan szerepe lehetett ebben az említett Domitia Longinának, Róma „first lady"-jének is. Az asszony Nero legtehetségesebb hadvezérének, Gnaeus Domitius Corbulónak lánya volt. (A tábornok 66-ban öngyilkos lett, miután leleplezték a Ne-ro elleni Piso-összeesküvést, amelyben ő is részt vett.)
Domitia előbb Aelius Lamia felesége lett, de házasságtörő viszonyba keveredett az akkor mindössze 18 éves Domitianussal, aki Kr. u. 70-ben feleségül is vette. (Domitianus később kivégeztette az ex-férjet, amiért az tréfálkozni mert ezen a dolgon.) Ez a házasság politikailag előnyös lehetett Domitianus számára, aki ezzel biztosíthatta magának a senatus egy részének együttműködését. Domitia azonban újabb félrelépést követett el: ezúttal a híres pantomimszínész Parisszal, akit a császár meggyilkoltatott, egyúttal el is vált feleségétől.
Később újra feleségül vette, de nem élt vele házaséletet. Domi-tia feltehetően részt vett az ellene szőtt összeesküvésben. Ezt az irodalmi hagyományt azonban fenntartásokkal kezeli a modern történetkritika, mivel a Domitia tulajdonában lévő téglagyárban még Kr. u. 123-ban is a „Domitiának, Domitianus feleségének sulpiciusi téglagyárából" pecséttel látták el az ott készülő téglákat.

Nikos Kokkinos vetette fel azt a lehetőséget, hogy Domitia esetleg férje halála után is tovább folytatta Josephus támogatását, ami azt az érvet támasztaná alá, hogy az Önéletrajz 100 után készült. Ezzel viszont visszatértünk kiindulópontunkhoz: nehezen magyarázható ugyanis, miért nem tett ebben az esetben említést Josephus az éppen regnáló császárról, illetve miért üt meg ilyen pozitív hangot az „átkos emlékű" Domitianussal kapcsolatban?

Bizonyítani ugyan nem tudjuk, csak egyetlen utalás alapján sejthetjük, hogy Josephust római évei alatt a zsidó diaszpóra egyik befolyásos prominenseként tartották számon. Ez azt jelenti, hogy Josephusból nem vált egy újabb Tiberius Iulius Alexander, aki teljes mértékben felszámolta kapcsolatát ősei hitével és „rómaibb lett a rómaiaknál: Cserébe a lovagrendig, és azon belül a legmagasabb posztokra jutott.
Nem lehetetlen, hogy Josephus felemelkedését a társadalmi ranglétrán épp a zsidó valláshoz való ragaszkodása akadályozta. A római köztisztségviselőknek ugyanis rendszeresen és kötelező módon részt kellett venniük különféle szertartásokon, amit a zsidók számára tiltanak a mózesi törvények. De milyen lehetett Josephus és a zsidók viszonya?

Az ellene szóló különféle vádaskodásokról már esett szó. Az ellenkezőjére csak egyetlen - gyanús hitelességű - példát tudunk mondani. Már a 19. században felmerült, hogy a Talmud egy kisebb traktátusában szereplő történet talán Josephusszal áll kapcsolatban. Eszerint négy nagy zsidó bölcs: R. Jósua ben Hananja, R. Akiva, Rabban Gamliél, és R. Eleázár ben Azarja Domitianus uralkodásának vége felé felment Rómába, hogy eltérítse az uralkodót attól a szándékától, hogy minden zsidót megölessen a Római Birodalomban.
A küldöttség Rómában meglátogatott egy név nélkül említett filozófust. Mivel úgy tudjuk, hogy Flavius Josephus Domitianus alatt is megőrizte befolyását a császári udvarban, a küldöttség részéről valóban racionálisnak tűnhetett megnyerése. A történet szerint Jósua előbb megkérdezte Gamliélt, valóban akarja-e, hogy meglátogassák a filozófust, amit a küldöttség doyenje előbb ellenzett. Ezt talán azzal is magyarázhatnánk, hogy már Gamliél apja is vissza akarta hívatni főparancsnoki posztjáról Josephust 66-ban.
Mindenestre a névtelen filozófus azonosítása Josephusszal plauzibilis feltevésnek tűnhet - két dolgot leszámíva: Josephus sohasem nevezte magát filozófusnak, és a Talmudban szereplő bölcsek egy pogányt látogattak meg. Egy leleményes kutató azonban még ezt az ellentmondást is áthidalná azzal, hogy a philosophos héber kiejtése szerinte rendkívül hasonlít a Flavius Josephus névre.

Josephus halálának sem időpontja, sem körülményei nem ismertek. Hogy életműve nem merült a feledésbe, az jórészt annak köszönhető, hogy az egyre nagyobb teret hódító, majd a 4. században államvallássá váló kereszténység számára - nem utolsó sorban a pogányokkal és zsidókkal folytatott polémiához - szükség volt történeti adatokra: Josephus művei pedig valóságos adatbányául szolgáltak.
Ahhoz, hogy műveit lelkiismeretfurdalás nélkül felhasználhassák, a keresztény szerzők attól sem riadtak vissza, hogy forrásukat krisztianizálják: így született meg a középkorban Josephus Christianus legendás alakja, amelynek feldolgozásához azonban egy újabb kötetre volna szükség.