Mint mindenütt a diaszpórában, a római zsidók is a zsinagógák szervezetébe tömö-rültek. Rómában csak sírfeliratokról ismerjük tizenegy zsinagóga (synagógé) nevét, amelyek közül néhány - a neve alapján - bizonyosan Kr. u. első századi (vagy még korábbi) alapítású. Az „Agrippaiak (Agrippésión) zsinagógája" nevét a konszenzus szerint Marcus Vipsanius Agrippáról kapta, aki a közösség patrónusa, és talán a zsinagóga építtetője lehetett.
Létezik olyan felvetés is, amely I. vagy II. Agrippa nevével köti össze a zsinagógát, mivel mindkettő hosszú időt töltött a császárvárosban. Az Augustésión elnevezése - ebben minden kutató egyetért - Augustusra utal, aki Harry J. León szerint „a zsidók igazi barátja volt. León ugyanakkor elutasította azt a nézetet, hogy a zsinagóga tagjai eredetileg a császári ház rabszolgái és felszabadítottai voltak. Vita folyik a „Heródesiek zsinagógája" (Héródión) névvel kapcsolatban, mivel az „rhodosiaké" formában is olvasható, vagy akár a zsinagóga egy tagjának neveként is értelmezhető.
A „Héberek zsinagógája" (synagógé Hebraión) elnevezés két római feliraton fordul elő. A korábbi kutatás (Schürer, Müller és Krauss) amellett érvelt, hogy ez a zsinagóga az arámi anyanyelvűek számára szolgált gyülekezőhelyül, ahol az istentiszteletek héber, ill. arámi nyelven zajlottak. Vogelstein és Deissmann ezt azzal toldották meg, hogy ebbe a közösségbe a közvetlenül Iudaea-Palaestinából bevándoroltak jártak, szemben a Rómában születettekkel. León szerint viszont ez volt az első zsinagóga Rómában, amely értelemszerűen ezzel az elnevezéssel akarta magát a többi vallási vagy etnikai csoporttól megkülönböztetni. Mindazonáltal a „Héberek zsinagógájához" tartozó személyek valamennyien latin nevet viseltek, és felirataikat is görögül szövegezték.
Emil Schürer mára 19. század második felében foglalkozott azzal a kérdéssel, hogyan szerveződhetett a római zsidó közösség (Gemeindeverfassung der Juden in Rom, Leipzig 1879). A keleti diaszpórában a helyi zsidó közösségek vezetése a „vének tanácsa" (gerusia) kezében volt, amelynek tagjait archónoknak, vezetőjét gerusiarchés-nek nevezték.
Alexandriában a „vének tanácsa" egy ethnarchos irányítása alatt állt. A római katakombákból előkerült zsidó sírfeliratok viszont azt sugallták, hogy az itteni közösség egymástól független collegiumokba tömörült, amelynek alapját az egyes zsinagógák jelentették. Ezt a plurális berendezkedést látszik alátámasztani az Apostolok cselekedetei utolsó fejezete is, amelyben a Rómában tartózkodó Pál magához hívatja „a zsidók első embereit" (tus ontas tón Iudaión prótus, Csel 28:17).
A zsinagógák szervezetére vonatkozóan elsődleges forrásoknak számítanak a - többnyire késő-ókori (3-7. századi) - epigráfiai emlékek, ám ezek értelmezése, és végő soron a történeti valóság reális képének összeállítása nem mindig könnyű feladat. Az archisynagogos talán a legtöbbször feltűnő tisztségnév: a legújabb kutatások szerint elsősorban a zsinagóga patrónusai és jótevői kapták meg ezt a címet, honoris causa. Mások azonban arra hajlanak, hogy ez a tisztség jóval több volt puszta címnél: a zsinagógaközösség vallási és gazdasági életének teljes irányítása az archisynagógosok kezében összpontosult.
A tisztséget néha több generáción keresztül is örökítették a családtagok. A másik leggyakoribb tisztségnév az archóné, amely Rómában különösen gyakori, és mindig zsinagógákkal kapcsolatban tűnik fel: sőt a városban a mellarchón (leendő archón) és az exarchón (volt archón) tisztségnév is előfordul. Néha az archón és az archisynagógos tisztséget ugyanaz a személy viseli: az Apostolok cselekedetei 14:2 egyik szövegváltozatában (codex D) pedig „a zsidók archisynagógosai és a zsinagógák archónjai" kifejezés szerepel.
A „zsinagóga atyja" vagy „zsinagóga anyja" (pater / mater synagogae) a jelentősebb adományozóknak kijáró tiszteletbeli cím volt, amit életre szólóan (dia biu) is viselhettek. A presbyte-ros tisztségről még ennyit sem tudunk. Úgy tűnik, a grammateus (jegyző) szintén a presbiterek közé tartozott, és a zsinagóga hivatalos ügyeit intézte. Annál érdekesebb, hogy néhány helyen ezt a tisztséget is apáról fiúra örökítették.
A phrontistés - nevéből ítélve - valamiféle felügyelő lehetett. Természetesen semmiféle adattal nem rendelkezünk arra vonatkozóan, hogy a Rómában lakó Josephus melyik zsinagógaközösséghez tartozott - ha egyáltalán volt olyan, amelyikhez tartozott -, és ott miféle tisztséget viselt. Valószínű, hogy a helyi zsidó vezetőknek volt annyi eszük, hogyne rekesszék ki a zsinagógaközösségből a császári család befolyásos pártfogoltját, még akkor sem, ha nem nézték jó szemmel ténykedését.
Az 1-2. századi szentföldi zsidóság és a Rómában élő diaszpóra szoros kapcsolatát még a késő-ókori rabbinikus irodalomban is őrzi a hagyomány. Az első században számos tekintélyes vallási tanító kereste fel a császárvárost: pl. R. Akiba, II. Rabban Gamaliél, R. Eleázár ben Azaria, és R. Josua Domitianus idejében tanított és prédikált a római zsidók körében. Sajnos, más úton-módon is kerülhettek Rómába zsidók.
A nagy háború után ezrével szállították a Birodalom különböző részeibe a zsidó hadifogoly-rabszolgákat: „Az egész háborúban ejtett hadifoglyok száma kilencvenhétezer volt, az ostrom alatt egymillió-egyszázezer ember pusztult el; a legtöbb született zsidó volt, de nem jeruzsálemiek.
A nemzeti katasztrófa méretére jellemző, hogy még a 4. században élt egyházatya, Hieronymus is utal rá: „»Ezt mondja az (Jr: szó hallatszott Rámában, sírás és keserves jajgatás; Rákhel siratta az ő fiait, nem akart megvigasztaltatni az ő fiai felől, mert nincsenek« (Jer 31:15; Mt. 2:18) (...) Néhány zsidó úgy magyarázza ezt a helyet, hogy Jeruzsálem elfoglalása után, Vespasianus idejében, sok-sok ezer hadifoglyot küldtek ezen az úton, Gázán és Alexandrián keresztül Rómába. A Talmudban több olyan utalás is található, amely szerint a rómaiak a nőket és fiatal fiúkat szexrabszolgáknak árulták:
„»Ezekért sírok én« (Sir 1:16) - Vespasianus három hajót töltött meg előkelő jeruzsálemi férfiakkal, hogy római bordélyokba küldje őket. Azok felkeltek, és azt mondták »Nem elég, hogy megharagítottuk Őt Szentélyében, de a Szent Földön kívül még [erkölcstelenségre is kell vetemednünk]!« Megkérdezték a jeruzsálemi asszonyoktól [akik a hajón voltak]: »Vágyakoznátok-e erre a sorsra?« Azok azt felelték: »Cseppet sem!« Akkor így szóltak [a jeruzsálemi férfiak]: »Ha az asszonyok, akiket a természet is [a férfiakkal való] közösülésre teremtett, visszautasítják ezt, mennyivel inkább kell nekünk [visszautasítanunk azt, hogy természetellenes módon használjanak]! Gondoljátok, ha belevetjük magunkat a tengerbe, részünk lehet az eljövendő világban?« A Szent - legyen áldott - azon nyomban megvilágosította szemeiket a következő verssel: »Azt mondja az Úr: Básánból visszahozlak, a tenger mélységéből is kihozlak« (Zsolt 68:23). »Básánból visszahozlak«, vagyis visszahozom őket az oroszlán fogai közül; »a tenger mélységéből is kihozlak«, ezt szó szerint kell érteni.
Az első csoport [az első hajón] felállt és azt mondta: »Bizony nem feledkeztünk el a mi Istenünk Nevéről, és nem nyújtottuk ki kezeinket idegen istenek után« (vö. Zsolt 44:21), majd belevetették magukat a tengerbe. A második csoport is felállt és azt mondta: »Bizony te éretted gyilkoltak minket minden napon« (Zsolt 44:23), majd belevetették magukat a tengerbe. A harmadik csoport is felállt és azt mondta: »Nemde kifürkészte volna ezt az Isten? Mert ő jól ismeri a szívnek titkait« (Zsolt 44:22), majd belevetettél magukat a tengerbe. Akkor a Szent Szellem felkiáltott: »Ezekért sírok én! «
A későbbi R. Ismaél ben Elisa is gyermekként került fogságba 70-ben Jeruzsálemben, és mint fiú-prostituáltat hurcolták egy római bordélyba. Később R. Jósua ben Hananja kiváltotta és rabbivá nevelte. II. R. Cádókot szintén rabszolgaként hurcolták Rómába, ahol egy előkelő nő megvásárolta, de mikor megtudta, hogy papi származású, felszabadította. Egy Nápolyban előkerült sírfeliraton a következő olvasható:
„Claudia Aster, jeruzsálemi fogolynő. Tiberius Claudius [- - -]culus, a császár felszabadítottja készíttette. Kérlek benneteket, hogy törvényellenesen senki se tegye tönkre nekem ezt a feliratot. Élt 25 évet."
A feliratot állító férfi nevéből csak a -culus végződés maradt fenn, ezért a név kiegészítése meglehetősen bizonytalan. Solin szerint a hölgy nem feltétlenül volt zsidó származású, bár azt nem árulja el, hogy szerinte egy 1. századi „jeruzsálemi fogolynő" ugyan mi más lehetett volna.
A nő eredeti neve Eszter lehehett, amit latinosítva, (vagy éppen görögösítve) Asternek írtak át, mint néhány más esetben is kimutatható. A Claudia noment gazdájától és/vagy patrónusától, Tiberius Claudius [- - -]culus császári libertustól kaphatta. A férfi elvileg lehetett ugyan a férje is, de a felirat erre nem utal. David Noy azt a feltevést is megkockáztatja, hogy maga férfi is zsidó lehetett, mivel ebben az időben sok zsidó származású szabados volt Itáliában.