Egyiptom különleges és kivételes helyet foglal el a Római Birodalom provinciális rendszerében, miután Kr. e. 30-ban Octavianus győzelme folytán az addig Ptolemaioszok uralma alatt álló terület Róma fennhatósága alá került. Sajátossága, hogy státusza nem a római államtól, hanem a princeps személyétől függött, aki egyben a fáraók helyébe is lépett.
A kormányzói feladatokat Augustus óta a praefectus Aegypti látta el, aki a princeps közeli környezetéhez tartozó bizalmi ember volt. A létrehozott hivatalos megjelölése ennek az új tisztségnek a praefectus Alexandreae et Aegypti volt. A tisztséget egy a comitia által elfogadott törvénnyel hozták létre, amelyben megerősítették Augustus jogait Egyiptomban.

A praefectus Aegypti jogai a provinciai proconsulokéhoz hasonló volt. Augustus elsőként a lovagi származású C. Cornelius Gallust nevezte ki erre a tisztségre. Római szenátorok a princeps kivételes engedélye nélkül nem is léphettek Egyiptom területére, illetve Alexandriát sem kormányozhatták, s ezt a hagyományt egészen a Septimius Severus által bevezetett reformok idejéig fenn is tartották.
Claudius a politikai helyzet miatt 32-ben néhány hónapra egyik felszabadítottját, Hiberust volt kénytelen kinevezni a praefectus Aegypti tisztségre, noha ezt a posztot általában lovagrendiek töltötték be. Néró korától a magas rangú lovagokat megillető tiszteletbeli címet, a vir egregius (görögül krastistos) titulust is viselte, majd a 2. századtól már a clarissimus (görögül. lamprotatos) megszólítás is megillette.

A tisztséget hivatalosan egy, illetve két éven keresztül lehetett betölteni, de az Augustustól a Gallienusig (253-268) terjedő három évszázad során az átlagos idő három év volt. A tisztségbe lépés nyáron történt, ami az egyiptomi év végét jelölte. A leghosszabb ideig, 15 évig (16-31) feltehetően Tiberius praefectus Aegyptije, Gaius Galerius látta el a tisztséget.
A kinevezett praefectusok többsége Itáliából, illetve Rómából származott, de találhatunk köztük gallokat, hispánokat és még alexandriaiakat is. A tisztség az egyik legelőkelőbb lovagrendiek által betölthető hivatal volt, azt csak a hierarchia csúcsán álló praefectus praetorio előzte meg.

Speciális helyzeténél fogva egyben „egyiptomi alkirálynak” is tekinhették, s mint a princeps képviselője delegált jogkörként gyakorolta annak imperiumát is, akárcsak a proconsulok. Közigazgatási feladatai rendkívül összetett jellegűek voltak, s részben a fáraók korában kiépült közigazgatási rendszerre támaszkodtak. Emellett bírói funkciókat is ellátott elsősorban székhelyén, Alexandriában, de a provinciában utazva is, főként Pelusiumban és Memphisben. Így imperiuma mind közigazgatási, mind bírói jogköröket magába foglalt (imperium mixtum).
A provinciai igazságszolgáltatás fejeként a fontos ügyekben ő járt el, a kisebb jelentőségű ügyekben pedig bírói hatalmát átruházta akár polgári, akár katonai ügyekben eljáró bíróra (iudex datus). Helyzetének egyik fő sajátossága az volt, hogy jogalkotó hatalommal is bírt, így edictumot adhatott ki, amely valamennyi provinciai lakosra nézve kötelező volt.

Jelentős számú helyettessel dolgozott, akik római főhivatalnokként a curatores ducenenarii címmel is rendelkeztek. Claudius idején hat ilyen procurator segítette a praefectus Aegypti munkáját. Közülük elsőként a iuridicus Alexandrae említhető, aki az igazságszolgáltatást irányította, amikor a praefectus nem tartózkodott Alexandriában, és egyben a praefectus Aegypti első helyettese, „alprefektusnak” is tekinthető. Mellette az idiologus Aegypti a provincia pénzügyeiért volt felelős, egyúttal a templomok és az egyesületek felett is ellenőrzést gyakorolt, s e területeken igazságszolgáltatói hatalommal is rendelkezett.
Az archiereus Aegypti tisztségét ellátó procurator a provincia főpapjaként vallási kérdésekben iurisdictióval is bírt. Miután Egyiptom stratégiai szempontból is kitüntetett szerepet játszott a római politika megvalósításában, ezért az ott állomásozó három légió élén egy lovagrendi praefectus legionis állt, aki alá az állomáshelyek parancsnokai tartoztak (praefecti castrorum).

Egyiptom közigazgatási rendszerén belül is külön helyet foglalt el Alexandria városa, amely a praefectus Aegypti székhelye és a provinciai irányítás központja volt. Fontos hangsúlyozni, hogy egy római alkotmányos fictio révén Alexandria nem Egyiptomban volt, hanem „Egyiptom mellett” (ad Aegyptum).
A helyi lakosság vonatkozásában a városi tanács (boulé) történetileg meghatározó szereppel bírt, de a római hatóságokkal szembeni ellenséges viszonya miatt gyakran felfüggesztették működését. Így a helyi származású és a posztjukon maradó korábbi hivatalnokok közvetítettek az alexandriai lakosok és a római hatóságok között.

Egyiptomon belül Ptolemaios és Naucratis városa, illetve Hadrianus korától kezdődően Antinooupolis a hagyományos görög városok státuszával bírtak.

Magát Egyiptomot három nagy régióra osztották, amelyeknek élén procuratorok (epistrategus Pelusi, epistrategus VII Nomorum, epistrategus Thebaidos) álltak, de felettük is a praefectus Aegypti gyakorolt felügyeletet. Az epistrategus széles körű polgári és közigazgatási hatalommal bírt, de sem katonai, sem bírói jogköre nem volt, maga a princeps nevezte ki. Az epistrategos több kisebb közigazgatási egységből állt, ami noménak nevezünk, élén a prafectus Aegypti által kinevezett strategosszal.
Egy régió akár több noméból is állhatott, vezetője a terület legjelentősebb városában (elnevezésük gyakran magukban hordozták a polis megjelölést, mint például Herakleou polis) lakott. A nome kifejezés a ptolemaiosi időkből származik, akárcsak a strategos és a helyetteséül szolgáló basilicogrammate, a királyi írnok. Septimius Severus reformjainak eredményeként ezek a központi helyként szolgáló városok civitatesszé váltak.

Egyiptom tehát római procurator által igazgatott császári provincia lett a principatus időszakára, mégpedig olyan, amelyben a helyi sajátosságokat úgy őrizték meg, hogy egyben a római közjog elveivel is összhangba hozták őket.