Korábban már utaltunk rá, hogy a magister officiorum a palotaőrség parancsnoka is volt. Nyugaton öt, Keleten kezdetben hét, majd a későbbiekben tizenegy scholae palatinae egység tartozott az irányítása alá, mindegyikben ötszáz ember teljesített szolgálatot.
Az új testőrgárdát Constantinus hozta létre, miután a Milvius hídnál folytatott csatát követően (312. október 28.) a korábbi testőrcsapatokat (cohortes praetoriae) feloszlatta. Az új, ötszáz főből álló egységeket (scholae) egy tribunus parancsnoksága alá osztották be, a scholae palatinaehez került katonák a militia armata körébe tartoztak, de magasabb zsoldot kaptak.

Egy 396-ban hozott törvény alapján különbséget tettek harcoló és palotacsapatok között. Miután a palotaőrséget ellátó scholae a testőreit saját maga képezte ki, ezért vezetőik, a tribunusok nem tartoztak egyetlen reguláris katonai parancsnokság alá sem, hanem a magister officiorum irányítása alá kerültek. Ennek köszönhetően a magister officiorumnak rálátása volt a scholae katonáinak felvételére, fegyelmi helyzetére, javadalmazásukra és egyben joghatóságot is gyakorolt felettük.
A Notitia Dignitatum a magister officiorum irányítása alatt álló intézmények listájának élén helyezte el a testőrséget, ami ennek a különleges egységnek a jelentőségét mutatja. A palotaőrség legfontosabb feladata a császár személyének védelme volt, az alapos katonai felkészültség érdekében a harci gyakorlattal rendelkező csapatok köréből válogatták őket. A magister officiorum egészen I. Leo császár reformjáig megmaradt a testőrség parancsnoka, s így a fővárosban előforduló zavargások leverésével is gyakran megbízták.

II. Theodosius 443-ban törvényi felhatalmazást adott a magister officiorumnak a határ menti csapatok megszervezésére, akinek ezen feladatok ellátásáról éves rendszerességgel be is kellett számolnia. Egy idő után a határ menti csapatok katonáinak jogvitáival kapcsolatban jogszolgáltató hatáskört is kapott. Bár az idők folyamán a magister officiorum korai feladataira jellemző katonai jelleg, a civil jogkörökkel szemben, háttérbe szorult a késői császárság teljes időszakában, mégis gyakorolta katonai parancsnoki hatalmát és katonai műveletekben is részt vett.

További fontos katonai jellegű hatásköre a katonai eszközöket előállító manufakturális fegyvergyárak irányítása volt. Ezt kifejezi a Notitia Dignitatum általi megjelölés, amelyben ezeknek a manufaktúráknak a termékeit (íj, lándzsa, kard, pajzs, sisak, a páncélzat egyes elemei) találjuk. Korábban a fegyvergyárak irányítása a praefectus pretorio ellenőrzése alatt állt, majd ez a hatáskör a 4. században átkerült a magister officiorumhoz. A felügyeleti jogkör átszállásának idejét Lydus 395-ben jelölte meg, azonban pontos dátumot a források alapján nem lehet megállapítani.
A szakirodalomban Macmullen és Clauss által képviselt álláspont szerint ez a feladatátszállás már 390-ben bekövetkezett, mivel a területet szabályozó császári constitutiókat 390-ig a praefectus praetorióhoz, ezt követően a magister officiorumhoz címezték. Ezzel szemben Giardina, James és Delmaire úgy vélik, hogy a fegyvert gyártók (fabricae) már Constantinus óta a magister officiorum felügyelete alá tartoztak attól kezdődően, hogy a praefectus praetoriót katonai jogköreitől megfosztották, és azok átkerültek a magister equitumhoz, valamint a magister peditumhoz.

A Notitia Dignitatum Nyugaton húsz, Keleten tizenöt hadiüzemet helyezett a magister officiorum irányítása alá. Ugyan a fegyvergyárak nagyjából egyenlő módon oszlottak meg a birodalomrészek között, azonban Nyugaton a szakosodás magasabb színvonalra jutott.
A fegyvergyárak irányítását a magister officiorum a scrinium fabricarum hivatalnokain keresztül valósította meg, amelyet egy subadiuava személy vezetett. A fegyvergyárak munkásai (fabricenses) katonai szolgálatot teljesítettek, és szolgálataikért annonaet kaptak. Egyúttal a fegyverkovácsok testületének is örökletes tagjai lettek, besorozásukkor 398-tól kezdődően a katonai újoncoknál szokásos kötelező karbélyegzést kaptak.

A testületbe lépésük előtt megvizsgálták, hogy nem voltak-e valamelyik városi szenátus tagjai (curiales), illetve nem állt-e fenn tartozásuk vagy kötelezettségük valamelyik város számára. Keleten 405-től mentesültek a beszállásolás terhe alól, illetve 438-tól az örökös nélkül elhunytak vagyona a testületre szállt. Jogvitáik esetén 467-től a magister officiorum joghatósága alatt álltak. A fabricenses, mivel katonai szolgálatot láttak el, annak hierarchiája szerint tagolódtak (biarchi, centenarius és ducennarius), közülük a legmagasabb rangú látta el két éven keresztül a primiceriusi tisztet.
A katonai jellegű hatásköröknek köszönhetően a magister officiorumnak tehát a fegyverkészítő műhelyek felügyeletén kívül, a hadjáratok alkalmával a hadsereg utánpótlásának biztosítása és az 5. századra a teljes határvédelem ellátása is feladatai közé került.

Összefoglalásaként megállapítható, hogy a magister officiorum formailag a császári udvarban szolgálatot teljesítő szinte valamennyi hivatalnok felettese volt. Ezen túl a titkosügynökök (agentes in rebus), az udvari testőrség (scholae palatinae) és a postaszolgálat (cursuspublicus) ellenőrzése is a feladatkörébe tartozott.
A magister officiorum tevékenysége azonban nem korlátozódott kizárólag az igazgatásra, hanem katonai téren a tartományi hadseregek felügyelete körében fellebbviteli bírói jogköröket is gyakorolt. Sokrétű hivatali tapasztalatának köszönhetően az udvari fogadások, szertartások irányítója és a külügyek intézője is lett.