Theodorich halála még nem jelentette az itáliai keleti gót birodalom végét, ezt csak a keletrómai császár, Iustinianus seregei és hadvezérei idézték elő a 6. század közepén. Rövid ideig abban reménykedtek Konstantinápolyban, hogy elérkezett a theodosiusi reneszánsz ideje, azaz ismét keletről uralják és irányítják majd a birodalom egészét, amely 395 után lépésről lépésre elveszett.

Konstantinápolyban I. Theodosius 395-ben bekövetkező halála után szerkezetileg ugyanolyan viszonyok álltak fenn, mint nyugaton, ahol Honorius gyermekcsászárként Stilicho gyámsága alatt uralkodott. Bár augustusi címet viselő bátyja, Arcadius keleten 395-ben már 17 éves volt, még ő sem volt képes önállóan kormányozni. Apja az Eugenius elleni hadjárat előtt a keleti rész praetorianus praefectusát jelölte ki számára pártfogóként, ám őt már 395 novemberében agyonverték a katonái. Császári tanácsadóként az udvari eunuch és a palota legmagasabb tisztviselője, Eutropius lett az utódja, aki azonban hamarosan már nem tudta érvényesíteni akaratát a hadvezérekkel szemben, így 399ben kivégezték, így most már Konstantinápolyban is egy nem római származású hadvezér válhatott hangadóvá; először a keleti gót Gainas, aki azonban földijével, Trigibilddel összefogva, akit eredetileg meg kellett volna zaboláznia, végig fosztogatta Kis-Ázsiát, majd Konstantinápolyban arianus érzülete miatt véres zavargásokat váltott ki, végül pedig meghalt (400 decembere). Ehhez az udvar újfent egy (keleti) gót zsoldos, Fravitta szolgálatait vette igénybe, aki nemcsak Gainas hadvezéri tisztségét nyerte el, hanem a 401. évi rendes konzulságot is. Jóllehet mindez a mediolanumi, illetve ravennai eseményekkel messzemenőkig egyezőnek látszik, a 402/403-as évek hirtelen fontos irányváltást hoztak.
Ugyanis Konstantinápolyban germánellenes fordulatról döntöttek és nem akartak többé idegen szövetséges hadseregek vezetőinek kényétől-kedvétől függeni ahogyan az nyugaton egészen az ottani császárság bukásáig jellemző volt amit először is Fravitta meggyilkolásával juttattak kifejezésre. E mellett a politikai váltás mellett egy ÉszakAfrikából származó, valószínűleg a hazája küldötteként 399 és 402 között Konstantinápolyban időző szónok és újplatonikus filozófus, Synesius is elszántan síkra szállt (kb. 370-kb. 413), aki az udvar előtt beszédet tartott „A császárságról” címmel.
Természetesen nem Synesius mozdította elő a politikai irányváltást, ám meglepően szabadszellemű fejtegetése legalábbis érzékeltette, tükrözte, sőt talán erősítette is az aktuális hangulatot. Akárcsak Vegetius nyugatom, Synesius is kiállt a régi római hagyományok és erények újjáélesztése mellett (de regno 23 B):
„Fel kell élesztenünk a római szellemet, és meg kell szoknunk, hogy magunk vívjuk ki győzelmeinket, nem közösködve senkivel, hanem minden területről kiszorítva a barbárokat.”

Fejedelmi tükrében azonban jóval többről volt szó, mint pusztán a napi politika szintjén történő kiigazításokról. A késő ókori császárságot alapjaiban pellengérezi ki, és vádolva írja le azt, amit szó szerint byzantinizmusnak nevezünk. A császár szerinte csak egy világtól elzárt, haszontalan pompa mögé bújó uralkodó, akit udvaroncok és talpnyalók hada vesz körül, pedig az volna kívánatos, ha a császárt katonai táborban lehetne látni, nem pedig erkölcsileg lezüllött udvarában. Az efféle felhívások mai szemmel nézve talán a valóságtól elrugaszkodottnak tűnnek, azonban arról tanúskodnak, hogy az örökölt ideálok és remények tovább éltek és hatottak.
Synesius néhány évvel később még észak-afrikai hazájának püspökévé is előlépett. Így azt a számos helyi tekintélyt és filozófust testesíti meg, akik püspökök lettek, és ilyen módon tovább vitték az ókori, alapvetően görög hagyományokat az ókor utáni kultúrákba, hasonlóképpen a gall-római arisztokrata püspökséghez a birodalom nyugati részén.

A birodalmi politika szintjén természetesen szűk volt a befolyásuk, ezért aztán Konstantinápolyban sem Synesius és a hozzá hasonlók voltak a kezdeményezői a germánellenes irányváltásnak, hanem a vezető tisztségek viselői, mint például Aurelianus, a praefectus praetorio. A konstantinápolyi katonai-politikai problémákat az is nehezítette, hogy valláspolitikai összeütközésekkel jártak együtt, és ezen a téren igen jelentős szerepet vállalt magára az augusta, Eudoxia, aki egy frank katonatiszt lánya volt, és akit Arcadius 395-ben vett el nőül. Az istenfélő császárné férje következetesen katolikus vonalát támogatta, ami természetesen a zömében arianus gótok ellen is irányult.
A császári család vallási buzgalma elsősorban természetesen a görög-római pogányság leküzdését célozta. Arcadius törvényhozása folytatólagosan követte apjáét, azaz ő is tiltotta és akadályozta a pogány kultuszok gyakorlását, és még attól sem rettent vissza, hogy megparancsolja a templomok lerombolását. A császári kancellária tömören így rendelkezett 399-ben (Codex Theodosianus 16,10,16):
„Ha valahol vidéken (pogány) templomok akadnak, feltűnés és lárma nélkül romboltassanak le. Ha ugyanis megsemmisülnek és eltűnnek, velük egyetemben a babona összes forrása is eltűnik majd.”

Ez a radikális intézkedés azért szorítkozott a városokon kívüli területekre, mert tisztában voltak vele, milyen hatalmas társadalmi és politikai gyúanyag rejlik egy effajta utasításban. Éppen a görög keleten számos olyan város volt, ahol a hagyományos kultuszoknak és szentélyeknek központi szerepe volt, és a nem keresztények számukat tekintve nemritkán a többséget alkották. Szerencsésnek mondhatjuk magunkat, mert rendelkezésünkre áll egy forrás, amely alapján jól megítélhetjük a helyzetet egy palesztinai kisvárosban,

Gazában, ahol tekintélyes pogány templom (Marnas istené) állt, s a keresztény püspök, Porphüriosz ki akarta eszközölni Arcadiusnál, hogy rombolják le. Bár a gazai városi tanács a jelek szerint ellenezte a város életébe való ilyetén módon történő beavatkozást, Eudoxia császárné segítségével és az udvarnál való hosszas és kitartó kilincselés után Porphüriosznak sikerült rábeszélnie a császárt. Így 402-ben az uralkodó katonái lerombolták az összes Gazában található pogány templomot, és a lakosság ellenállását brutális eszközökkel elnyomták.
A vallás és a politika ily módon a Keletrómai Birodalom minden zugát betöltő robbanóelegyet alkotott, ám efféle feszültségek mindeközben magában Konstantinápolyban is teljesen egyértelműen és élesen megjelentek. Ennek az oka nem utolsósorban az volt, hogy lohannész Khrüszosztomosz (kb. 349-407) ült a metropolisz püspöki székében 397/98 óta, aki megszállottan végezte egyházi munkáját, ugyanakkor hatalmas szónoki tehetséggel és óriási küldetéstudattal volt megáldva. Ha a meggyőződéséről volt szó, nem ismert tréfát. Saját magát a keresztény erények őrzőjének és támogatójának tartotta, számos fennmaradt prédikációja nagyrészt etikai kérdéseket taglal, és nemcsak saját magától követelt aszkézist és szigort, hanem az egyháztól és hallgatóságától is.
Felszólalt a kancellária előtt a cirkuszok és a színházak, a gazdagság és a külső pompa ellen, és éppen ez utóbbi kitöréseivel riasztotta el magától az irányában eredetileg jóindulattal viseltető Eudoxia császárnét is, aki immáron leváltását és száműzését szorgalmazta. Erre zendülés és gyújtogatás tört ki a városban, Iohannészt azonban ez sem mentette meg az (armeniai) száműzetéstől, ahol végül 407-ben meghalt. Egy évvel később követte őt Arcadius, és hivatalos utódjaként ezután 401-ben született, és már 402-ben augustusi rangra emelt fia, II. Theodosius lett az uralkodó, aki névlegesen a római történelem egyik leghosszabb ideig uralmon lévő császára volt. Az uralkodói posztot ugyanis 450-ben bekövetkező haláláig töltötte be.

Számos egyháztörténeti mű született az ő idejében, és ezek kifejezetten pozitív képet festenek II. Theodosiusról, ami nem annyira tetteinek, mint inkább istennek tetsző életvitelének köszönhető. Ugyanis a tényleges politikáról mások döntöttek: testvére Pulcheria, valamint felesége Eudocia, akik mindketten viselték az augusta címet, kettejükön kívül pedig az udvar befolyásos emberei. Tehát ellentétben az ezzel egy időben nyugaton történtekkel, keleten nem a germán hadvezérek kezében volt a tényleges hatalom, hanem a praefectus praetoriók, udvari eunuchok és a császári hivatalok elöljáróiéban (magistri officiorum).
Bár Konstantinápolyban is szükség volt a szövetséges népcsoportok katonai erejére, és a hadvezéri posztokat is (az Arcadius idejére jellemző, elszántan germánellenes magatartástól való eltávolodás után) olykor-olykor megint nem rómaiak töltötték be, ám ők mégsem jutottak olyan mértékű hatalomhoz, amely Stilichóéhoz vagy Ricimeréhez lenne fogható. Ez nem utolsósorban azzal függhet össze, hogy a keleti birodalom kisebb külső fenyegetettségnek volt kitéve a század közepéig, mint a nyugati rész. Nem érintették vándorlási hullámok a keletrómai territóriumot, és idegen népek sem telepedtek le a birodalom határain belül.

A nomádok észak-afrikai betöréseit leszámítva leginkább csak a hunok gyötörték a birodalmat, mert a perzsákkal diplomáciai úton is messzemenőkig ki lehetett egyezni. Az efféle egyezmények természetesen rendszeresen hadisarc fizetéséhez kötődtek, ami mind inkább tönkretette az állami kincstárat, és ez elsősorban azokat a figyelemreméltó mértékben növekvő összegeket jelentette, amelyeket a hunoknak kellett juttatni. Amióta Attila állt a hunok élén (434), évről évre keményebb feltételeket szabtak a fegyverszünetért cserébe, és hogy ez félreérthetetlen legyen, a nyomaték kedvéért időnként végig fosztogatták Thrakiát. Csak II. Theodosius utódjának, Marcianus császárnak (450-457) volt bátorsága ellenállni, így a hunok nyugatra húzódtak és a már említett módon 451-ben vereséget szenvedtek a catalaunumi mezőn.
Nemcsak nyugaton, hanem keleten is isteni kegyelemként fogták fel Attila halálát (453), amint erről Iordanes (Getica 49,255) tudósít, és ebben az összefüggésben megint egy keresztény víziót ír le (amely előre jelezte Attila halálát): „Ekkor történt az csodás esemény, hogy az ily vad ellenfél miatt nyugtalan keleti császárnak, Marcianusnak álmában megjelent egy istenség, s megmutatta neki Attila még ugyanezen az éjszakán eltört íját; ez a nép ugyanis nagyon bízott az ilyen fegyverben” (Kiss Magdolna gondozásában).

Nagy Constantinus óta az efféle víziók a történetírás tipikus alapkellékei, és csupáncsak arról tanúskodnak, hogy a keresztény dominancia a történetírás területén (is) erősödött.

Az 5. század első fele amúgy is a kereszténység és elsősorban a vallási összetűzések jegyében telt. Ezek azonban nemcsak a régi vallás hívei (azaz a pogányok) és a keresztények között feszülő általános ellentétek miatt törtek ki, hanem egyre erőteljesebben az igencsak szétágazó kereszténységen belül is. Az eretnekség vádjával egyre nagylelkűbben bántak, és az állam törvényeiben immáron harmincnál is több különböző szekta, közösség és szakadár egyház neve bukkan fel. Főleg Alexandriában, Antiochiában és Konstantinápolyban került sor (nem is ritkán) fegyveres összetűzésekre.
Alexandria patriarchája, Kürillosz különösen sokat tett az ügy érdekében, ugyanis a városi csőcseléket feltüzelte ellenfele ellen, és ezek fanatizálva és fellázítva, többek között Synesius tanárnőjét és levelezőtársát, a híres filozófust, Hüpatiát is meglincselték. Kürillosz dogmatikai és egyházpolitikai ellenfele az Antiochiából Konstantinápolyba hívott Nestorius patriarcha volt. Kettejük mindenfajta eszközzel (többek között óriási megvesztegetési összegekkel) lefolytatott vitája továbbra is elsősorban Jézus lényegisége körül forgott.

Nestorius a radikális kettős természet (diofizitizmus) elvét hangoztatta, amely szerint Mária nem istenszülő (theotokosz), ő ugyanis csak az emberi természetű, nem pedig az isteni lényegű Jézust szülte. 431 júniusában került sor a (később harmadik ökumenikusnak számító) epheszoszi zsinatra, amely pápai határozatot hozott Krisztus lényegéről, ezzel azonban természetesen még nem járult hozzá a vita általános lecsendesedéséhez. Továbbra is nyugtalan idők jártak, és hamarosan még nyugtalanabb korszak következett. Ugyanis amikor II. Theodosius 450. július 28-án meghalt, a theodosiusi dinasztia keleten is anélkül halt ki, hogy kilátás lett volna szabályozott utódlási rendre.
Annak ellenére, hogy papíron majd egy fél évszázadig uralkodott, II. Theodosius a tetteit tekintve messzemenőkig ismeretlen maradt, nevében mások döntöttek az évtizedek eseményeiről. Az, hogy a neve Európa kulturális emlékezetében mégis fennmaradt, korántsem személyes kezdeményezésének, hanem sokkal inkább udvari jogászai és császári kancelláriája elkötelezett munkájának köszönhető. Ők ugyanis az időközben átláthatatlanná vált, gyakran egymásnak ellentmondó jogi intézkedéseket olyan módon rendezték joggyűjteménnyé, hogy az itt-ott szereplő, törvényi erővel bíró császári rendeleteket és leiratokat (rescriptum) a tárgyuk szerint csoportosították. Ilyen módon jött létre a II. Theodosiusról (mint éppen uralkodó császárról) elnevezett Codex Theodosianus, amelyet 438-ban tettek közzé
Konstantinápolyban, és amely nyugaton is törvényerőre emelkedett. Ez a törvénygyűjtemény az Imperium Romanum elméletben még fennmaradt egységének eszméjét jelképezte, egyszersmind azonban fontos összekötőkapocs volt az ókor és a középkor között, ugyanis a Codex Theodosianus kulcsfontosságú műként került be a nyugati és a keleti gót, valamint a burgund törvénygyűjteményekbe. Ezzel szemben a (bizánci) keleten csak korlátozott mértékben lett utóhatása, ugyanis egy évszázaddal később a iustinianusi törvénykezés lépett a helyébe.

A theodosiusi dinasztia kihalása után immáron keleten is a császárkor régi szabálya lépett érvénybe, amely szerint a hadsereg választja az uralkodót. Ebben az esetben Asparius alán hadvezér volt az, aki a Thrakiából származó katonát, Marcianust (450-457), valamint földijét és utódját, I. Leót (457-474) trónra juttatta.
Marcianusnak, amint említettük már, nemcsak a hunoktól sikerült megszabadulni oly módon, hogy azok nyugatra vándoroltak, hanem energikusan hozzálátott a belső, továbbra is az elsősorban Krisztus lényével kapcsolatos vitás kérdések által meghatározott problémák felszámolásához. Neki és Pulcheria kezdeményezésének köszönhetően 451 októberében Khalkédónban összeült (a később negyedik egyetemesnek nevezett) zsinat, amely rögzítette a különböző tanításokkal szembeni dogmatikai álláspontot.

A következetesen monofiziták álláspontját, akik Jézusnak csak az isteni természetében hittek, csakúgy elutasították, mint a radikális diofizitákét, ezek helyett az új hittétel Krisztus lényét egy emberi és egy isteni szubsztancia szétválaszthatatlan egységeként határozták meg. Ez a megoldás I. Leó pápa (440-461) felfogásának felelt meg, aki ezt követően majdnem teljes egészében elfogadta a zsinat által hozott javaslatokat, de a római és a konstantinápolyi patriarcha azonos jogállását elutasította.

A keleti birodalomban azonban az elkeseredett teológiai konfliktus mindenfajta világi bonyodalmaival és következményeivel együtt a zsinat után is egyre csak nőtt, bár most már más problémák kerültek jobban előtérbe, mert az 5. század utolsó harmadának fejleményei a nyugatéhoz váltak hasonlatossá. Ekkorra ugyanis keleten is idegen népek veszélyeztették a birodalom területi fennmaradását, és akárcsak nyugaton, itt is a császári trón betöltésével kapcsolatos összetűzés lett ennek közvetlen következménye.
Az újonnan felmerülő nehézségek ismét a Balkán térségéből indultak ki. Ugyanis az amúgy is labilis hun uralom felbomlása után különböző keleti gót csoportok és germán néptörzsek versengtek a Duna fekete-tengeri vidékén letelepedésre alkalmas területekért. lordanes (Getica 50) összefoglalva vázolja e régiók Marcianus és Leó által elismert újrafelosztását.

473-ig fennállt a Konstantinápolyból kicsikart pénzügyi támogatásból fenntartott, lazán egybefogott, pannoniai keleti gót birodalom, amelyet a keleti gótok egy részének elvándorlása után a herulok és a gepidák vettek birtokukba. Ráadásul a vandálok Geiserich vezetésével nemcsak DélItáliában, hanem Hellászban is kárt tettek fosztogató hadjárataikkal, aminek eredményeképpen Konstantinápolyban megingott (az alán-keleti gót) hadvezér, Asparius és híveinek pozíciója, és a császári udvarbeli feszültségek 471-ben vérfürdőbe torkollottak, amelynek az Asparius körében lévő gótok áldozatul estek.
Új hatalmassággá s egyben Asparius utódává a hadvezért tisztségben Zénón lépett elő, egy helyi előkelő, aki Isauriából származott (Belső-Kis-Ázsia egyik kevéssé civilizált hegyi régiója), akinek az elkövetkező években sikerült helyi klienseivel az isauriaiak uralmát létrehoznia Konstantinápolyban (ami azonban igencsak rövid életű lett), sőt az augustusi méltóságot is elnyerte (474-491).
Legnagyobb érdeme a keletrómaiak számára kétségkívül abban állapítható meg, hogy Nagy Theoderichet, aki 473 és 488 között maradandó hatást gyakorolva végig vonult a Balkánon és Hellászon, sikerült rávennie egy Italiáért folyó háborúra, megteremtve ezzel a keleti gótok itáliai hatalmának alapját, akiknek ennek következményeképpen már nem volt okuk rá, hogy visszatérjenek keletre.

A Konstantinápolyban 491-ben elhunyt Zénón utódja (ókori mércével mérve) egy aggastyán lett. Ugyanis Anastasius, a magas rangú udvari hivatalnok már a hatvanadik életévét is betöltötte, amikor a hadsereg (majd ezt követően a senatus) Konstantinápolyban császári bíborba öltöztette. Kompromisszumnak köszönhette, hogy jelölt lett, a vezető udvari hivatal szemében ugyanis két előnye volt: egyrészt vállalta katolikus ortodoxiáját, másrészt nem az isauriaiakhoz tartozott. Ez utóbbiak mozgósították is minden erejüket, csak hogy megszabaduljanak Anastasiustól, és évekig tartó, a császári oldalon germán és hun szövetségesekkel megvívott katonai összecsapások kellettek ahhoz, hogy az isauriaiakat tartósan távol lehessen tartani Konstantinápolytól. A legnagyobb veszélyek azonban továbbra is a határ menti régiók felől fenyegettek.

A Balkánon új nép jelent meg, a bolgárok, akik rögtön csaknem akadálytalanul a birodalom belseje felé indultak, nyomukban pedig a hunok és a szlávok érkeztek. Anastasius még a Fekete-tengertől a Márvány-tengerig tartó „hosszú fal” megépítését is szükségesnek látta, hogy Konstantinápolyt ezzel védje.
A keleti limesnél is véget ért a hosszú békeidő, ugyanis a perzsák újabb ellenségeskedésbe kezdtek. A viszálynak csak 506-ban lehetett gátat vetni egy szerződéskötéssel, amely Anastasiust persze arra kötelezte, hogy magas pénzösszegeket fizessen Perzsiának. Az ilyesfajta kifizetések dacára, amelyekhez hozzá kell adni a Vitalianus vezette gót szövetségeseknek (akik 513 és 515 között többször is felbukkantak Konstantinápolyban, hogy érvényt szerezzenek követeléseiknek) fizetendő hadisarcot is, Athanasius mégis óriási vagyont hagyott utódjára 518 nyarán bekövetkező halálakor az állami kasszában.
Az állami bevételek csodás megsokszorozódása az adóbeszedés centralizálásának és szigorításának volt köszönhető, de jó hatással volt a pénzügyekre az Athanasius által végrehajtott pénzreform is mely az aranypénzt (solidus) természetesen nem érintette.

Az agg Anastasiust az agg lustinus követte (518-527). Az ő jelöltsége is (minthogy Anastasius nem hagyott hátra vérszerinti trónörököst) a trón és az udvar közötti feszültségek jegyében zajlott. Konstantinápoly senatusának, egyházának és népének jelentősége ehhez képest másodrangú volt. Az akkor már 65-70 éves lustinus volt az udvar testőrgárdájának parancsnoka, és nyilván saját céljaira is kihasználta a legfontosabb döntéshozókhoz fűződő jó kapcsolatát. Iránymutatót az elszántan ortodox katolikus Iustinus elsősorban a valláspolitikában alkotott, amely továbbra is a belpolitika legveszélyesebb területének számított. Gondoskodott róla, hogy ismét a szigorúan monofizitaellenes, a khalkédóni zsinat határozatait betartó vonal kerüljön előtérbe, és így véget vetett a római pápától való, immár 484 óta tartó szakításnak, amelyet „akakiánus skizmának” neveznek.

A keleti birodalomban ez persze csak még jobban elmélyítette a konfliktust, számos monofizita püspököt kényszerrel távolítottak el posztjáról, és az arianusok sem jártak sokkal jobban, akiknek el kellett tűrniük templomaik bezárását. Ez az arianusellenes politika a külpolitikára is hatott, ugyanis elidegenítette Nagy Theoderichet, akivel lustinus megpróbált jó kapcsolatot kiépíteni. Akkor is ez a cél lebegett Iustinus szeme előtt, amikor Theoderich vejét, Eutarichot fegyverfiaként örökbe fogadta, sőt 519-ben együtt kezdték meg consulságukat. Mielőtt azonban a feszültségek nyílt összetűzésbe csaphattak volna át, Theoderich 526-ban meghalt (88. oldal), és egy évvel később (527 augusztusában) az igencsak koros keletrómai uralkodó is elhunyt.

Iustinus már hónapokkal korábban augustusszá emelte unokaöccsét, Iustinianust (527-565), akinek nevéhez az utolsó virágkor fűződik. Iustinianus ugyanakkor a római császárkor utolsó olyan uralkodója, akinek tevékenységében felismerhető az a nagy, eredetien ókori hagyomány, amely egészen Augustustól meghatározta a történelmet.
A principátus-rendszer létrehozójával, Augustus-szal együtt ő is osztotta az egyetemes uralom eszméjét, amely az egész Imperium számára békét (pax), jólétet (salus) és igazságosságot (iustitia) garantál. Bár Augustusszal ellentétben Iustinianus már nem viselte a pontifex maximus hivatalát, és nem lupitert, Marsot és Apollót tekintette a világi fejlődés garanciájának, ám akárcsak Augustus, ő is meg volt győződve arról, hogy a római császár feladata még ha más felekezeti előjellel is, de isteni eredetű. Ebből eredt önként vállalt kötelezettsége, hogy az igaz hit letéteményeseként síkraszálljon az Istennek adandó tisztelet mellett.
Ezzel Iustinianus ahhoz az elsőként Nagy Constantinus által felvállalt császári szerephez kapcsolódik, amelyet az a zsinatok kezdeményezőjeként és a kereszténység számára kedvező törvények meghozójaként játszott. Iustinianus 6. rendeletének előszavában programadóan fogalmazta meg a világi és egyházi hatalom lsten által törvényesített és megkövetelt egységéről vallott meggyőződését:
„A legnagyobb isteni adomány, mit a legfőbb jó embereknek adhat, a papi méltóság (sacerdotium) és a világi uralkodói hivatal (imperium); melyek közül az egyik az isteni dolgok szolgálatában áll, a másik pedig az emberi dolgokat irányítja és istápolja; ám mindkettő ugyanabból a forrásból fakad és ékíti az emberi életet. Ezért a világi uralkodók semmit sem viselnek olyannyira szívükön, mint a papok méltóságát, minthogy emezek imádkoznak Istenhez amazok üdvéért.”

Szavaiból nemcsak kötelességérzet árad, hanem küldetéstudat is, ami Iustinianust Diocletianushoz köti, a nagy reformerhez és újítóhoz, aki akárcsak Iustinianus a (latin) Balkán térségéből származott, és szintén katonai karrieren át találta meg a császári trónig vezető utat. Iustinianus nagybátyja s egyszersmind örökbefogadó édesapja, Iustinus pártfogásával és oltalmával küzdötte fel magát a palotaőrség tagjából a hadvezéri és consuli posztig, úgyhogy a császárváltás ezúttal zökkenésmentesen és az általános konszenzus jegyében zajlott le. Iustinianus a kezdetektől fogva demonstratív módon bevonta feleségét, Theodórát is augustaként az uralkodásba.
Az egyszerű sorból származó és emiatt Konstantinápolyban újra és újra becstelen származására emlékeztetett császárné az elkövetkező két évtizedben egészen haláláig (548) energikus, elsősorban az egyházpolitika iránt érdeklődő politikusnak bizonyult. Így nem csoda, hogy az egyik bizánci szerző dyarchiát (kettős hatalmat) említ művében, ám források hiányában nemigen lehet megállapítani, hogy Theodóra valójában mekkora szerepet töltött be a kormányzásban. Iustinianusnak az egyéniségéből fakadó, reformok iránti hevülete mindenesetre megkérdőjelezhetetlen, a belpolitika majdnem minden fontos területére kiterjedt, és a császár keresztény buzgalma határozta meg és táplálta.

Iustinianus már röviddel trónra lépése után bezáratta a híres athéni akadémiát (529), ezzel is egyértelmű jelét adva valláspolitikai elszántságának. Az újplatonizmus, amelynek képviselői közé az észak-afrikai Synesius is tartozott, akkoriban elsősorban még Athénban és Alexandriában virágzott. Minthogy a görög keleten található egyetemek továbbra is a hagyományos és így természeténél fogva pogány szellemi világ bástyáit alkották, az ortodox császár bizalmatlansága és ügybuzgalma ezek ellen irányult.
Még ugyanezen évben (529-ben) felhívással fordult az összes pogányhoz, és felszólította őket, hogy térjenek át a keresztény hitre. Ez is tanúsítja Iustinianus misszionáriusi ambícióit, amelyeket az ezt követő időkben az epheszoszi püspök, Iohannész igyekezett megvalósítani könyvégetéssel és tömeges keresztelésekkel. Mindazonáltal Iustinianus pogányellenes fáradozásait mégsem koszorúzta osztatlan siker, ezt bizonyítják újra és újra kiadott, tilalmakat és fenyegetéseket tartalmazó ez irányú rendeletei, de ugyanez vonatkozik a kereszténységen belüli békét célzó törekvéseire is. Ugyanis Iustinianusnak minden erőfeszítése ellenére nem sikerült tartósan meggyengíteni a monofiziták képviselőit (akik közé ironikus módon Theodora augusta is tartozott).

A császár erőfeszítéseit érzékletesen szemléltetik a kezdeményezésére és támogatásával emelt templomok, amelyek azonban csak egy részét teszik ki figyelemre méltó városépítő tevékenységének. 532-től kezdve szorgalmazta és pénzügyileg támogatta a Hagia Szophia tűzvész utáni újjáépítését, melynek ünnepélyes felszentelésére 537 decemberében került sor. Mindemellett a számos más helyen talált régészeti leletek is tanúskodnak a császár építtetői tevékenységéről.

A kortárs történetíró, Prokopiosz külön művet („Építmények”) szentelt Iustinianusnak, melyben az uralkodó jámborságát és építési politikáját elválaszthatatlan egységként mutatja be. Iustinianus további átfogó reformtörekvéseiről az igazgatás, az adózás és a pénzügy terén leginkább a fennmaradt rendeletei tanúskodnak, a „novellák”, amelyek a középkor óta Corpus iuris civilisként elnevezett törvénygyűjtemény harmadik és egyben utolsó kötetét képezik. Ezzel a jogi corpus-szal teremtette meg Iustinianus a római jog Európában egészen az újkorig tartó tovább élésének az alapját. Természetesen nem annyira a halála utáni hatás és dicsőség reménye, mint inkább az az igyekezet határozta meg Iustinianus törvényhozói politikáját, hogy a lehető legrövidebb időn belül létrehozzon egy egyöntetű, a homályos jogszabályokat felszámoló rendszert, amely a jog egészét magába foglalja.
A megbízott jogtudósok szinte herkulesi erőfeszítéseinek köszönhetően már 533-ra sikerült az Institutionesszal egy új, alapvető tankönyvet megalkotni, valamint Digesta (vagy Pandactae) lustinani címmel a klasszikus jogtudomány gyűjteményét létrehozni. Mindössze egy évvel később elkészült a császári rendelkezések új változata is, a Codex Iustinianeus, így a korábbi gyűjtemények, köztük a Codex Theodosianus, feleslegessé váltak és hatályon kívül helyeződtek.
Bár ez a hatalmas teljesítmény elmaradt attól az igényes célkitűzéstől, hogy a hatályos jogot maradéktalanul ellentmondásmentessé tegyék, s ezért újabb és újabb császári rendeletekkel kellett állandóan javítani és kiegészíteni, az uralkodó szándéka szerint a belső (jog)békét volt hivatott garantálni. A külső békét a császár egy nem kevésbé nagyravágyó tervvel szándékozott biztosítani. Ugyanis nemcsak a meglévő határokat akarta megerősíteni, hanem lehetőség szerint törekedett elődei baklövéseit is helyrehozni s az elveszett területeket visszahódítani. Ezeket a természetükből adódóan elsősorban nyugat felé irányuló törekvéseit csak nehezítette az a körülmény, hogy a keleti határoknál ismét zavargások törtek ki.

Az 533-ban, több évig tartó harci cselekmények után a perzsákkal megkötött (és a támogatásokkal drágán megfizetett) „örök béke” dacára az azt követő évtizedekben a perzsákkal újra és újra fegyveres összecsapásokat kellett vívni, hadisarcot kellett fizetni és békemegállapodásokat kellett kötni, amelyeket azonban a perzsák csakhamar mindig megszegtek. Így még inkább meglepő, hogy a keleten lekötött erőforrások ellenére nagyjából mégis sikerült helyreállítani nyugaton a római uralmat.
A sikert megkönnyítették az észak-afrikai vandálok és az ltaliában uralkodó keleti gótok közötti belső problémák, elsősorban a trón körüli viszályok. Iustinianus hadvezére, Belisar 533/34-ben elfoglalta Észak-Afrikát, amit megint egy praefectus praetorio és hadvezér kapott meg. 535 és 552 között Belisar, majd utódja, Narses vezetett hadjáratokat Italiába, melyeknek során többször elfoglalták Rómát, és végül megdöntötték a keleti gótok itáliai birodalmát.

Még Hispániában is sikerült (Észak-Afrikából kiindulva) részben helyreállítani a római uralmat és létrehozni egy Hispániáért felelős magister militum posztot. Bár északon (a Rajna-Duna vidékén és az Alpok térségében) már nem lehetett stabilizálni a római fennhatóságot, Iustinianus idős korában, 565 novemberében bekövetkező halálakor mégis abban a tudatban hagyhatta maga mögött a világot, hogy vezetésével, ha névlegesen is, de nagyrészt sikerült egyesítenie azt egy Imperium Romanumban.
Az azonban már nem adatott meg neki, hogy sikerei tartósak legyenek: Hispániában hamarosan megint a nyugati gótok uralkodtak; Italiában 568-ban a pannoniai hazájukból nyugatra induló langobárdok vetettek véget a (kelet)római reneszánsznak, megteremtve hosszú távon nézve az újkori Italia kialakulásának alapjait; Afrikában pedig a 7. században az iszlám és az arabok kerekedtek felül. A keletrómai történelem végül bizánci történelem lett, amely 1453-ig tartott, amikor is a törökök elfoglalták Konstantinápolyt.