Antonius és társa, Quintus Cassius Longinus megvétózta az indítványt, ám a senatus nem vette figyelembe tiltakozásukat, helyette megfenyegették őket. Január 7-én a két tribunusnak menekülnie kellett.
Caesar egyetlen legio élén lépte át a Rubicon folyócskát, Gallia Cisalpina és Itália határát január 10-én, és két nap múlva Ariminiumban (Rimini) találkozott az elmenekült tribunusokkal. Antonius Caesar legatusa lett, és miután a hadvezér Hispaniába vonult Pompeius ott állomásozó legiói ellen, ő lett Itália teljhatalmú irányítója.
Kr. e. 48-ban Antonius erősítésről és utánpótlásról gondoskodott Caesar serege számára Görögországban, a pharszaloszi csatában pedig ő vezette a balszárnyat. Kr. e. 47-ben, Caesar második dictaturájának első évében Antoniust tette meg helyettesének (magister equitum), aki ismét Itália ügyeiért felelt, míg felettese Egyiptomban és Kis-Ázsiában hadakozott.
Mivel a félsziget irányítása nem került túlzott erőfeszítésekbe, Antonius ismét hódolhatott a különféle élvezeteknek: elvált második feleségétől, és egy színésznővel mulatozott a fővárosban és szerte Itáliában. Később Cicero Philippikáiban könyörtelenül kipellengérezte ezért.
Kr. e. 46-ban némileg megromlott a viszonya Caesarral, mivel megvásárolta Pompeius elkobzott vagyonának jelentős részét, azonban eleinte nem akart, majd nem tudott fizetni. A helyzet orvoslása érdekében vette feleségül Clodius özvegyét, a Gracchusok örökségét birtokló Fulviát.
Kr. e. 45-re az egyetértés maradéktalanul helyreállt: Antonius Narbo (Narbonne) sietett a Hispaniából hazatérő Caesar fogadására, és a Lupercalia ünnepségén felajánlotta neki a királyi diadémot, amit azonban a dictator elutasított, és döntését a hivatalos naptárba is felvette. Kr. e. 44-ben a magister equitum Marcus Aemilius Lepidus lett, Antonius pedig a consuli tisztséget töltötte be Caesarral együtt.