Theodórosz megtestesülés-teológiája nagy elméleti kihívást jelentett nemcsak az apollinarizmus, hanem a fő alexandriai hagyomány számára is. 411-től 444-ig az alexandriai püspöki széket Kürillosz töltötte be, aki elődjének, Theophilosznak az unokaöccse volt. Éles eszű teológus volt, és elszánt harcos az egyházpolitikában.
Élesen szemben állt Theodórosszal, és a Szent János evangéliumához írt mesteri kommentárjában nevek említése nélkül megtámadta azokat, akik Krisztusban a prófétai sugallmazás és kegyelem legfőbb példáját látták, és ezért az egység utáni két különböző természetről beszéltek. Mindamellett a vita irodalmi jellegű maradt. Theodórosz békés ember volt. Még azt is megtette, hogy a Jób könyvéhez írt kommentárját Kürillosznak ajánlotta.

A vita azonban egyházpolitikai jellegű lett. Az alexandriai Kürillosz kiváló és komoly teológus volt, de nehezen tudott mértéktartó maradni, ha egyházpolitikai kérdések forogtak kockán. Nagybátyjának az eretnekség és a pogányság eltiprását célzó egyiptomi küzdelmei alatt nőtt fel, rendkívül türelmetlen volt, püspökségét pedig egy sor erőszakos cselekedettel kezdte. A pogánysággal és az eltérő véleményekkel szembeni türelmetlensége véres összetűzésekhez vezetett a keresztények és a zsidók között Alexandriában. 415-ben ezeknek esett áldozatul az újplatonista filozófusnő, Hüpatia, az erényes és okos asszony, a kürénéi Szünesziosz tanítója.
428 áprilisában az udvar egy kiváló prédikátort akart Konstantinápoly püspökének megtenni, s egy antiokheiai szerzetesre, Nesztorioszra esett a választás. Nesztoriosz teljesen egyetértett Kürillosz nézeteivel a pogányság és az eretnekség megszüntetésének szükségességéről, de megtanulta a mopszuesztiai Theodórosztól, hogy milyen nagy veszélyei vannak az apollinariz- musnak, s hogy ezek az „Isten anyja" közkedvelt kifejezésben rejlenek. Az alexandriai Kürillosz eleinte együttműködött Nesz- toriosszal, olyannyira, hogy bár vonakodva, de felvette Aranyszájú János nevét az alexandriai diptichonba.
Kürillosz azonban hamarosan megsértődött, amikor eljutott hozzá a hír, hogy Nesztoriosz bírálja az „Isten anyja" megnevezést. 428 végén négy alexandriai polgár felkereste II. Theodosziosz császárt, és arról panaszkodott, hogy Kürillosz durván bánt velük. Theodosziosz a panaszt Nesztoriosznak továbbította kivizsgálás végett. Kürillosz nagybátyjához, Theophiloszhoz hasonlóan nem akarta, hogy Konstantinápoly felkapaszkodott püspöke ítélkezzen az alexandriai püspök magatartásának ügyében; és ha Nesztoriosz nem ortodox - vélte Kürillosz -, bármiféle ügyben való ítélkezési joga kétségbe vonható.

428 végén segédpüspökeinek írt évi levelében, melyben 429 húsvétjának dátumát hirdette ki, Kürillosz nyíltan megtámadta Nesztoriosz tanait. Időközben ügynökei Konstantinápolyban ellentétet szítottak, azt terjesztve, hogy Nesztoriosz azért nem szereti az „Isten anyja" kifejezést, mert nem hiszi, hogy Jézus Isten.
429 tavaszán egy alexandriai jogász, akinek Euszebiosz volt a neve (s később a frígiai Dorülaion püspöke lett), kiszögezett Konstantinápolyban egy plakátot, melyen egymás mellett voltak Nesztoriosz prédikációinak részletei és a III. századi eretnek, a szamoszatai Paulosz kijelentései. Ez már nyílt vád volt Nesztoriosz ellen, vagyis hogy tagadja Krisztus istenségét. Kürillosz lassan, de biztosan az ellenségesség és gyanú légkörét alakította ki. De Theodosziosz és Eudokia császárné szerette Nesz torioszt, ezért Kürillosznak óvatosnak kellett lennie.

430 februárjában Kürillosz hosszú levelet írt (második levelét), amelyben a Krisztus személyéről szóló alexandriai tanítást fejtegette. Elismerte, hogy az isteni és az emberi természet az egyesülés után nem semmisült meg Krisztusban; az egységben egyetlen valóságot (hüposztaszisz) alkotnak, így az istenség természetfölötti csodáit az emberi természetnek lehet tulajdonítani, az emberi természet gyengeségét pedig az istenségnek. E miatt az egység miatt - mely egyetlen hüposztaszisz - mondhatja a szigorú teológus éppúgy, mint a lelkesült hívő, hogy a nem szenvedő és örök ige szenvedett és meghalt. Nesztoriosz öt hónap múlva elküldött válasza a két természet antiokheiai krisztológiájának újbóli kifejtése volt.

Ahogy telt-múlt az év, úgy nőtt a feszültség. Kürillosz leginkább azt akarta elérni, hogy Nesztorioszt ne támogassa tovább az udvar. A császárnak elküldött értekezéseiben, melyeket az udvar befolyásos hölgyeinek is eljuttatott, nevének említése nélkül támadta meg Nesztoriosz tanait. Theodosziosz életében ugyanis nagy szerepe volt a nőknek. Fiatal korában nővére, Pulcheria (399-53) irányította. Ez a nagy tudású, vallásos és kérlelhetetlen nő szemelte ki Theodosziosz számára 421-ben a gyönyörű és művelt Athénaiszt feleségnek, aki a házasság megkötésekor áttért a keresztény hitre, nevét pedig Eudokiára változtatta. De kiderült, hogy Eudokiának megvan a magához való esze, és inkább Pulcheria nélkül akar uralkodni Theodoszioszon.
Akár egy szélkakas állása, általában úgy változott a császár egyházpolitikája aszerint, hogy éppen a felesége vagy a nővére irányította őt. Eudokia kedvelte Nesztorioszt, Pulcheria azonban gyűlölte, mert Nesztoriosz egyszer semmibe vette. Kürillosz Nesztoriosz-ellenes hadjárata egyszerűen azért nem tetszett a császárnak, mert a felesége és a nővére róla folytatott vitái megkeserítették az életét.

Róma támogatását azonban Kürillosz nagyon gyorsan megszerezte. Maga Nesztoriosz könnyítette meg a dolgát, mert Konstantinápolyban vendégül látott néhány Róma által elítélt pela- giánus eretneket, s ez rendkívül felháborította Celesztin pápát. Kürillosz ügynöke Rómában azon buzgólkodott, hogy úgy állítsa be Nesztorioszt, mint aki racionalista módon tagadja Krisztus istenségét és a kegyelem szükségességét.
Róma megbízta Johannes Cassianust, hogy írja meg a pelagianizmus eme új változatának cáfolatát. 430 augusztusában pedig egy levelet küldött Kürillosznak, melyet neki továbbítania kellett Nesztoriosznak; ebben az állt, hogy tíz napon belül vonja vissza állításait. Kürillosz hadjáratának lassúságát jelzi, hogy még ezt az ultimátumot is csak november 30-án kapta meg Nesztoriosz, Kürillosz erőteljesen dogmatikai tárgyú (harmadik) levelével együtt, melyben kereken azt követelte, hogy Nesztoriosz fogadja el a tizenkét anatémát.
Kürillosz ezekben elítélte a „két természet" antiokheiai krisztológiáját, mindenekelőtt pedig Krisztus szavainak és tetteinek isteni és emberi természete szerinti szétválasztását (azaz azt a tanítást, mely szerint az ember és nem az istenség sírt és halt meg, és az istenség, nem az ember csendesítette le a vihart). Azt kívánták Nesztoriosztól, hogy ismerje el, „Isten igéje testben szenvedett".

Ezeket a félelmetes dokumentumokat Nesztoriosz tizenegy nappal azután kapta kézhez, hogy Theodosziosz elrendelte az Epheszoszban 431. június 7-én, pünkösdkor tartandó zsinat összehívását. Kürillosz tizenkét anatémája Nesztoriosz szerint apollinarista tendenciáról tanúskodott, ezért magabiztosan várta a zsinat összeülését. Alábecsülte mind Kürillosz képességeit, mind azt a veszélyt, melyet az „Isten anyja" kifejezést elítélő megjegyzései idéztek elő. Ezenkívül mint Konstantinápoly pátriárkája számíthatott volna arra, hogy lesznek jogaikat és hatalmukat féltő ellenségei Kis-Ázsia metropolitái közt is.
Memnón, Epheszosz püspöke Kürillosz olyan lelkes híve lett, hogy Epheszoszban Nesztoriosznak katonai védelmet kellett adni Memnón dühös szerzetesei ellen. Nesztoriosz az antiokheiai löannész és szíriai segédpüspökeinek támogatásában bízhatott az udvarén kívül, de a zord időjárás miatt késtek a szír püspökök. Ezenkívül Ióannésznek is voltak gondjai. Juvenalis jeruzsálemi püspöknek az volt a legfőbb vágya, hogy pátriárkaként püspöki székhelyének mint a kereszténység anyaegyházának a fennhatósága alá vonjon több tartományt. Mivel ezt csak Antiokheia hagyományos (a hatodik nikaiai kánon által védett) jogainak semmibevételével lehetett megvalósítani, biztos volt, hogy Juvenalis szembekerül Ióannésszel, vagyis Kürillosz egyik támogatójával, s ennek okai kissé kínosan érintették Kürilloszt.

Kürillosz fő támasza a szenvedélyes népi vallásosság volt. Nesz torioszt teljesen hamis színben tüntették fel, amikor azzal vádolták meg, hogy tanítása szerint Krisztus csupán ihletett ember volt. A hívőket mélyen felkavarta annak az állításnak a kétségbevonása, hogy az örök ige meghalt, vagy hogy Mária Isten anyja.
Hát az eukharisztiában nem a betlehemi csoda is- métlődik-e meg, melynek során Krisztus életadó testét és vérét veszik magukhoz a hívek? Nesztoriosz különbségtétele Krisztus ember volta és az örök ige között gyengíteni látszott a halhatatlanság eukharisztiában kapott isteni biztosítékát. Kürillosz állításai alapján nyugodtan lehetett mondani, hogy Betlehemben az Idők Ura egy- vagy kétórás újszülött volt. Óriási megbotránkozást váltott ki Nesztoriosznak az a megjegyzése, hogy „Isten nem két-három hónapos csecsemő".

Az eljárás Epheszoszban 431. június 22-én kezdődött meg a Szűz Mária-templomban, melynek során Kürillosz és segédpüspökei kiközösítették Nesztorioszt. Négy nappal később megérkeztek az antiokheiai Ioannész vezette szír püspökök, azonnal külön zsinaton ültek össze, és letették mind Kürilloszt, mind az epheszoszi Memnónt. Végül megérkeztek a pápai követek is, és Celesztin pápa utasításának megfelelően csatlakoztak Kürilloszhoz.
Miután a nyugat ily módon jóváhagyta igen kétes törekvéseit, Kürillosz összegyűjtötte párthíveit, és kimondatta a zsinattal a pelagianizmus elítélését (eleget téve a nyugat óhajának), Ciprus egyházjogi függetlenségét, Juvenalis Jeruzsálemének a patriarkátusi rangra emelését (Antiokheia bosszúságára) és végül azt a határozatot, mely tiltotta a nikaiai hitvallás bármiféle kiegészítését.

A két rivális zsinat kiátkozta egymást. Patthelyzet jött létre, s az ügyben a vonakodó császárnak kellett döntenie. Mindkét csoport küldöttséget menesztett a khalkédóni udvarba, a császár pedig jóváhagyta mind Nesztoriosz, mind Kürillosz és Memnón letételét, mintha azok egy egységes zsinat határozatai lettek volna.
Mindhármukat őrizet alá vették. Időközben Kürillosz hatalmas pénzösszegeket fizetett befolyásos embereknek a császári palotában, Nesztoriosz pedig hirtelen megingott. Azzal ásta alá helyzetét, hogy kimerültségében azt kérte, hadd térjen vissza antiokheiai kolostorába. Elege lett. Kérését teljesítették, és egy Kürillosz számára elfogadható, jelentéktelen embert neveztek ki helyette. Kürillosz megszökött a fogságból, korrupt börtönőrét pedig alexandriai papi tisztséggel jutalmazta.

A legdicstelenebb mozzanat az antiokheiai Ióannész és Kürillosz viszálya volt, melyet csak 433-ban lehetett enyhíteni, de ehhez mindkettőjüknek nagy: engedményeket kellett tenni. Ióannésznek és a szíreknek nem csupán Nesztoriosz lemondatását, hanem elítélését is el kellett fogadniuk.
Kürillosz arra kényszerült, hogy feladja tanait. Fel kellett hagynia azzal, hogy harmadik levele tizenkét anatémáját Nesztorioszra kényszerítse, és kis híja volt, hogy nem kellett őket visszavonnia. Aláírta az egységformulát, melyet eredetileg 431-ben szövegezett meg a fő szír teológus, Theodorétosz küroszi püspök. Ez az újraegye- sülési formula az antiokheiai teológia fő tételeit védte.
Az állt benne, hogy Krisztus „tökéletes Isten és tökéletes ember, akinek értelmes lelke és teste van, istenségében egylényegű az Atyával, ember voltában egylényegű velünk, két természet egysége valósul meg benne; ezért azt valljuk, hogy Krisztus egy, Mária pedig Isten anyja." A formula utolsó mondata ellentmondott Kürillosz azon anatémájának, mely elítélte Krisztus szavainak és tetteinek emberi és isteni természete szerinti szétválasztását.

Kürillosz hozzájárulása ehhez a formulához megdöbbenést keltett eltökéltebb támogatói közt. Megnyugtatásuk végett jóváhagyásához hozzáfűzte azt a kifejezést, hogy „két természet egysége" - melynek értelme szerint bár az elemző elme elvontan különbséget tud tenni a Krisztusban egységben levő két természet közt - mégsem választható szét a megtestesült Úrban, tehát „az egyesülés után egy természet" jön létre, hasonlóan a test és a lélek egyesüléséhez, melynek eredménye egyetlen személy.

A 433-as formula olyan kompromisszum volt, melyet az egyházi politikusok a központi hatalom nyomására kötöttek, s mindkét oldal teológusai kénytelenek voltak vonakodva lenyelni. 435-ben Edesszában az újonnan választott püspök, Ibasz, a mopszuesztiai Theodórosz lelkes, követője lett, és a dogmatikus vita most Theodórosz körül kezdett forogni.

A római Armeniában a nyugtalanságot Proklosz, Nesztoriosz második utóda szüntette meg mérsékeltségével, aki egy nagyjelentőségű fomusban a 433-as újraegyesülési formulát értelmezte. Proklosz azt tanította, hogy a „megtestesült igének egy hüposztaszisza" van, és hogy a „Szentháromság egyik személye testesült meg".
A mopszuesztiai Theodórosz elítélését 438-ban az antiokheiai Ióannész akadályozta meg, aki sikeresen érvelt azzal, hogy helytelen lenne halála után pálcát törni olyan valaki felett, aki egyházi békében halt meg. Az eset azt mutatta, hogy a 433-as fegyverszünet csak nagy nehezen volt fenntartható. Meg is szűnt, amint új emberek léptek a régiek helyébe.