A keresztény teológia Iréneusszal szilárdult meg, és vált összefüggővé. Töredékeken kívül két teljes műve maradt fenn, bár egyik sem az eredeti görög nyelven: Az apostoli igehirdetés feltárása, egy barátja számára írt lényeges tanítások rövid kézikönyve és A hamis gnószisz cáfolata és megdöntésének öt könyve, amely a II. századi szekták történetének nélkülözhetetlen és páratlanul elfogulatlan szellemű forrása marad, még a nemrég felfedezett gnosztikus iratok ismeretében is. Iréneusz elsősorban Markión és Valentinus ellen írta vitairatát.
Markiónnal vitázva Jusztinosz és más meg nem nevezett, a II század közepén élt kis- ázsiai írók elveit követte, és munkáikból fontos részeket idézett. Elgondolását az Ó- és Újszövetség nyilvánvaló egységére alapozta, amely az ősi próféciák beteljesüléséből tűnik ki, és különösen hangsúlyozta az Adám és Krisztus közötti párhuzamot, melyre Szent Pálnál talált rá. Az újszövetség isteni terve az eredeti teremtés „rekapitulációja" volt. Az isteni ige Krisztusban emberi alakot öltött, ahogyan Adámban is a bűnbeesés előtt. Adám Isten képére és hasonlatosságára teremtetett. A bűn által a hasonlatosság elveszett, bár Isten képe változatlanul megmaradt.
Az emberiség a Krisztusba vetett hittel visszanyerheti az elveszett hasonlóságot. Mivel Iréneusz a bűnbeesés előtti paradicsomi állapot visszaállításának tekintette a megváltást, könnyen elfogadta Jusztinosznak Krisztus ezeréves uralmára vonatkozó e világi reményeit. Mivel úgy vélte, a bűnbeeséssel csak az Istenhez való erkölcsi hasonlatosság veszett oda, nem az alapvető isteni kép, egészen más módon értelmezte a bűnbeesést, mint a mélységesen pesszimista gnosztikusok.

Iréneusz szerint azért jelent meg a hiba, mert az emberiség az érettség felé közeledik, természetes hát, hogy az emberi nem gyermekkorában az esendő és éretlen gyermekek, vagyis Adám és Éva hibákat követtek el. Isten azért engedte meg Adámnak a bűnbeesést, hogy kioltsa büszkeségét, fegyelemre tanítsa és tapasztalatokat adjon neki. Tehát a megváltás története egy hosszú nevelési folyamat, amelynek során Isten lépésről lépésre viszi előre az emberiséget, s amely az isteni ige megtestesülésében és az egyháznak az egész világon elterjedt egyetemes evangéliumában csúcsosodik ki.
Iréneusz üdvterve nem abból a gnosztikus kérdésből indul ki, hogy a tökéletes teremtő tökéletes munkája, vagyis a világ hogyan válhatott rosszá, ami kétségtelenül a jelen állapot. Természetesnek veszi, hogy a világban kezdettől fogva jelen van a tökéletlenség, de úgy, mint egy növekedő gyermek ügyetlensége, létünk célja pedig a jellem kialakítása, amelyet a nehézségek és kísértések leküzdésével érhetünk el.

Azzal, ahogy a kinyilatkoztatást fokozatos folyamatnak mutatta be, Iréneusz elhárította az Ószövetség erkölcsi problémáival szemben felhozott markionita érveket. Valentinus követői azonban más nehézségeket is okoztak. Munkája legeredetibb és legfüggetlenebb része Valentinus teológiájának tárgyalása.
Nem sajnálta a fáradságot, hogy alaposan megismerje a szekta tényleges tanait, és felismerte, hogy a legfontosabb kérdés számukra a tekintély. A valentiniánusok azt állították, hogy az apostolok írásait titkos hagyományokkal, Máté, Márk, Lukács és János evangéliumát pedig más evangéliumokkal tudják kiegészíteni. Iréneusz Markiónnak egy dologban igazat adott: hogy létre kell hozni a kánont, a hiteles újszövetségi iratok meghatározott listáját.
Korábban nem különítették el egyértelműen a templomi felolvasásra szánt és az elismerten ortodox könyveket. Iréneusz húzta meg a határvonalat, ő az első író, akinek Újszövetsége gyakorlatilag megegyezik a később hagyományosként elfogadott kánonnal. Iréneusz nem abban volt eredeti, hogy elfogadta a négy evangéliumot, az Apostolok cselekedeteit, a leveleket és az apokalipszist, hanem hogy megindokolta, miért éppen ezeket a könyveket fogadta el és nem másokat.

A valentiniánusok íratlan hagyományával szemben az apostoli alapítású egyházakra hivatkozott. Ha az apostolok valóban tanították volna a valentiniánus mítoszok különös elképzeléseit, vajon nem mondták volna el őket azoknak a felhatalmazott tanítóknak, akikre a megalapított egyházakat bízták? S vajon ezek a tanítók nem adták volna tovább e tanításokat az egyházak püspöki székeit elfoglaló utódaiknak?
Iréneusz szerint az ortodoxia bármelyik egyház tanítóinak folytonosságára való hivatkozással igazolható. Ezután különösen jó példaként a római névsort hozza fel, amelyben a dicsőséges Péter és Pál vértanúk is szerepelnek. Mivel az igaz hit az egész világon azonos, az egyházak nem vitatkoznak, és elképzelhetetlen, hogy a tanításokban eltérések legyenek; mindazonáltal nagy neve miatt a római folytonosság kiemelkedő példát ad, és bizonyosak lehetünk benne, hogy a hívők az egész világon szükségszerűen egyetértenek a Rómában tanítottakkal. Ennek megfelelően Iréneusz jogosnak tartotta, hogy csak egy apostoli alapítású egyház vezetőinek névsorát idézze, és eltekintsen Epheszosztól, Korinthosztól és a többi egyháztól, amelyek persze éppúgy igazolnák érvelését.

Azt is érezte, hogy a keresztény tanok egységessége a hithű oktatás hagyományától függ, és hogy a gnosztikus eretneksége két csak akkor lehet sikeresen legyőzni, ha az írás elszórt kijelentéseit rendszerbe foglalják. De legkevésbé az eredetiség az, amit a teológusoktól várhatunk, hangsúlyozta Iréneusz. Elengedhetetlen, hogy az írásban és az apostoli egyházak tiszta hagyományában a tekintély alapján maradjunk, ami az újításnak és veszélyes okoskodásnak való ellenállás legjobb biztosítéka. Az eretnekség az új utáni sóvárgásból születik.
Abból a „kíváncsiságból", mely olyan dolgok fürkészésére buzdít, melyeket az emberi értelem nem képes felfogni, sőt joga sincs róluk gondolkodni. Iréneusz szerette szembeállítani az ortodoxia változatlan, semper eadem, az apostoli alapítás szikláján álló, monolitikus egyházát az osztódó, rendszereiket állandóan változtató, egymással civakodó szektákkal, amelyek története és fejlődése világosan visszavezethető az első eretnekhez, Simon mágushoz, akivel Szent Péter szállt szembe Szamáriában (ApCsel 8,9-24), de a hagyomány szerint Rómában is.
Iréneusz megkísérelte írásában bemutatni a gnosztikus eretnekségek történetét, és összevetni az egyetlen igaz egyházzal, amely időben és térben megváltoztathatatlan, és hitelességét azzal igazolja, hogy tanítóit az alapító apostolokig vissza tudja vezetni, és hogy az egész világon egyetértenek vele a hívők.

Iréneusz széles körű hatást gyakorolt a következő nemzedékre. Mind Hippolütosz, a tanult római presbiter, mind karthágói Tertullianus szabadon merített írásaiból. Hogy mekkora volt iránta az érdeklődés, jól mutatják a papiruszokon megmaradt töredékek és az V. század elején latinra, majd a VI. században örmény nyelvre is lefordított munkái.
Azonban Krisztus ezeréves földi uralmába vetett mereven szó szerinti hite miatt a görög keleten nem szívesen olvasták műveit (kivéve szalamiszi Epiphanioszt, aki 374-375-ben átmásolta Iréneusz írásainak bizonyos részeit a saját, eretnekségekkel kapcsolatos cáfolatába), s teljes terjedelemben csak latin fordításban maradtak meg munkái. De még a latin kéziratos örökség egyik sorozatából is hiányzik az ötödik könyv utolsó fejezete, amelyben Iréneusz azokat támadta, akik a millenarizmus reményét a mennyország jelképeként akarták értelmezni, s nem földi valóságként.