A nehézséget az jelentette, hogy miféle tekintélyi alapon lehet e tanokat megcáfolni. Tehát a központi kérdés a tekintély kérdése volt. Mi az Ó- és az Újszövetség igaz értelmezése? Kié ma az apostolok tanítószéke, ki adhat világos útmutatást az összezavarodott hívőknek? Hol lehet bizonyítékot találni, hogy valójában mit tanítottak az apostolok?
Antiokheiai Ignác a bomlasztó hatású mozgalmak problémájára úgy próbált választ adni, hogy kitartóan állította, a helyi püspök az egység középpontja; nélküle nem lehet kiszolgáltatni az életadó szentségeket. Ezt valamiféle vertikális igazolással támasztotta alá, amikor azt állította, hogy a püspök Isten földi képviselője, a mennyei egyeduralkodó földi megfelelője, így tehát „úgy kell a püspökre tekintenünk, mint magára az Úrra". Róma tartósabb igazolását adta a papság tekintélyének.
Az I. század vége felé lázadás tört ki a korinthoszi egyházban, mely révén eltávolították a régi papságot, és újat állítottak a helyére. A római egyház mély testvéri aggodalomból egy hivatalos és sikeresen tiltakozó levelet küldött, amelyet Kelemen fogalmazott meg, aki valószínűleg az egyház elnöklő presbitere vagy püspöke volt.
A rendkívüli gondossággal és ünnepélyességgel megírt, sugalmazottnak tartott levél arra kéri a korinthosziakat, hogy tartsák meg a szervezett egységet, és tegyék jóvá a botrányt, melyet a szent rend tagjainak elmozdítása okozott, hiszen ők az apostolok igazi utódai - még ha ténylegesen nem is az apostolok szentelték fel őket -, és „hiba nélkül ajánlották fel az ajándékokat" az eukharisztia szent szertartásán.
Korinthoszban Kelemen nem hitelvi elhajlásokkal szembesült, de az apostoli utódlásra utaló gondolatában olyan fegyver rejlett, melyet később a gnosztikusokkal szembeni összeütközések során tovább lehetett fejleszteni. Az eretnekek azon állításaival - melyek szerint titkos hagyomány birtokában vannak, amelyet Jézus adott át az apostoloknak a feltámadást követő negyven nap alatt - szembe lehetett állítani azt a világos érvet, hogy Péter és Pál apostol nem mulasztott volna el továbbadni efféle tanítást azoknak, akiket az egyházközségek élére állítottak, márpedig az apostolok alapította egyházközségekben a meghatalmazott tanítók nem terjesztettek ilyesféle eretnek gondolatokat.
Az utódlás érve az a következtetést is magában hordozta, hogy mondjuk Róma vagy Antiokheia akkori püspökének tanítása minden tekintetben azonos az apostolokéval. Ez két okból volt fontos. Először is a hívők bizonyos értelemben biztosak lehettek afelől, hogy a kinyilatkoztatást nemcsak a retrospektív történelmi ismeretek közvetítik, melyek vagy az apostolok néhány írásából vagy a szájhagyományból származnak, hanem a tekintélyes püspökök is, akik alkalmasak, és fel is vannak hatalmazva arra, hogy Isten szavát hirdessék a jelenben.
Másodszor lehetővé vált az ortodoxia védelmezői, különösen a lugdunumi Iréneusz számára, hogy szembeszálljanak az egyre szaporodó gnosztikus szektákkal - melyek egymással is szemben álltak, és állandóan módosították nézeteiket -, és megvédjék az egységes egyház koncepcióját, amely egyetemes térben és megszakítás nélküli az időben, és egyedül birtokolja a megváltoztathatatlan kinyilatkoztatást.
Az ortodoxia védelmében a második fegyvert az újszövetségi kánon fokozatos kialakulása jelentette. Az I. században a keresztény Biblia még az Ószövetség Septuaginta változata volt. Tekintélye ennek a Szentírásnak, valamint az Úr szavainak volt, melyek hosszú idő óta terjedtek szájhagyomány útján, ahogy az Kelemen Korintusiaknak írt leveléből kitűnik.
Az Úr szavait közlő szájhagyomány tekintélye még azután is megmaradt, hogy az Úr szavait és cselekedeteit Márk, Lukács, Máté és János leírták az „evangéliumban", és még Iréneusz idejében sem (kb. 185- 190) olvadt össze teljesen az írott evangéliumokkal.
A Markiónnal és a gnosztikusokkal folytatott vita sokat lendített a hiteles hagyomány ügyén, amely írásos dokumentum esetén adott volt, szóbeli közlés esetén viszont nem. Jusztinosz vértanú, aki valószínűleg mind a négy kanonikus evangéliumot ismerte, összehangolta Máté, Márk és Lukács evangéliumát, és ehhez tanítványa, Tatianosz adta hozzá Szent Jánosét, létrehozva a Diatesszaront.
A szinoptikus evangéliumokat, úgy tűnik, hamarabb fogadták el általánosan, mint Szent Jánosét, melynek tekintélyét egyesek vitatták. Az, hogy az evangéliumnak négy változata lett, önmagában is zavaró rejtély volt. Markion csak egyet fogadott el.
A valentinisták nemcsak a jól ismert négy változatot fogadták el, hanem sok más iratot is, amelyekről azt állították, hogy Jézus titkos mondásait tartalmazzák, ilyen volt például Tamás evangéliuma, amely nemrég került elő Egyiptom homokjából. Iréneusz elmésen számmisztikái elvek alapján igazolta a négyszeres evangéliumot. Érvelése szerint a négy szent szám, amely a négy szélnek felel meg, vagy az Ezékielnél és János apokalipszisében szereplő kerubok négy arcának, amelyek egy oroszlán, egy borjú, egy ember és egy sas pofájára hasonlítanak.
A gyülekezeti Szent- írás-felolvasásban elfogadott használatuk mellett az evangéliumok fő kritériuma azonban az apostoliság volt. Márk és Lukács evangéliumait, melyeket Péterre hivatkozva szentesítettek, Máté és János evangéliumai mellé állították, melyeket Pálra hivatkozva szentesítettek.
János evangéliuma némi vitát váltott ki a másik háromtól nyilvánvalóan eltérő beszámolója miatt, Iréneusz azonban ügyesen védelmezte azzal, hogy Jánosnak, Zebedeus fiának írása, akinek a Jelenések könyvét is tulajdonította. Az apostoliság kritériumának szigorú alkalmazása Rómában oda vezetett, hogy a nyugati Újszövetségből kizárták a Zsidókhoz írt levelet, mely a római hagyomány szerint nem Páltól származott, s csak több mint 200 év múltán ismerték el újra a nyugati világban a keleti egyházak tekintélye alapján. Más iratokat is kizártak, így például Hermasz Pásztorát, és Kelemen Korin- tusiaknak írt levelét, amely nem nevezte magát apostolinak.
Az Újszövetség kánonját megadó, valószínűleg Rómában, 200 körül keletkezett töredék (Mura tori-kánon) elmagyarázza, hogy a Pásztor)o magánolvasmány, de mivel szerzője nem volt sem apostol, sem próféta, hanem egy akkoriban élő író, nem alkalmas arra, hogy bekerüljön a templomi olvasmányok közé.
Természetesen az ortodoxiát és az apostoliságot azonosnak tekintették. Ez megnehezítette az ortodox iratok nem apostoli szerzőségének megállapítását, így például Péter második leveléről hosszú ideig vitatkoztak. Vitatták és végül megfelelőnek találták János Jelenések könyvét, Jakab és Júdás leveleit, és János második és harmadik levelét. Az ortodox oldalon hasonlóan vitatták, ám végül elutasították a Pál és Tekla cselekedeteiről szóló iratot, valamint Péter apokalipszisét. A modern írók időnként csodálkoznak a véleménykülönbségeken. Az igazán meglepő csak az, hogy ilyen rövid idő alatt egyetértés alakult ki.
Az eretnekség elleni harmadik és utolsó fegyver a „hit szabálya" volt. A kifejezést Iréneusz és Tertullianus használta, és a megváltás fontosabb kinyilatkoztatott eseményeinek foglalatát értették rajta. Iréneusz kijelenti, hogy az egész egyház „az egyetlen mindenható Atyában hisz, a menny, a föld, a tengerek és mindenek teremtőjében és az egyetlen Jézus Krisztusban, Isten fiában, aki megváltásunkra testet öltött, és a Szentiélekben, aki a prófétákon keresztül hirdette a törvényt, szeretett Úr Jézusunk eljövetelét, szűzi születését, kínszenvedését, halottaiból való feltámadását, testben való mennybemenetelét, és hogy az Atya dicsőségében leszáll a mennyből..., hogy feltámasszon minden testet."
Polemikus szempontból az összefoglalás lényege az a kijelentés, hogy az isteni terv az Ószövetségtől az Újszövetségig egységes, és ezt a tételt Iréneusz a „rekapituláció", valamint az Adám és Krisztus közötti megfelelés tanából fejlesztette ki. Az eretnekek nem hitték, hogy a legfőbb Isten alkotta a mennyet és a földet, és mivel kevésre tartották az Ószövetséget, nem izgatta őket a prófécia beteljesülése sem.
Ezt a hitszabályt tanítják ma a püspökök - állította Iréneusz -, tehát az apostoloktól származik. Tartalmában azokhoz a formulákhoz hasonlít, amelyek a keresztelkedésre készülőknek feltett kérdésekben találhatók; egyszerűen az Újszövetségen alapuló hitvallási minta. Tertullianus az írástól függetlennek tekintette, mondván, az eretnekekkel folytatott vitában jobban használható, mint a Biblia, melynek értelmezéséről hosszan lehet vitatkozni, amivel azonban megzavarhatjuk az egyszerű embereket, akik rövid és közvetlen válaszokat akarnak kapni. Tertullianus azt állította, hogy a Bibliát gyakran nehéz értelmezni.
A homályos szakaszok értelmét az egyszerűek világítják meg. Ráadásul a Biblia régi. A hit szabálya nem más, mint az apostolok alapította egyházak jelenlegi tanítása. Így Tertullianus, Iréneuszt követve, de jelentősen meg is haladva, szinte oly módon tesz különbséget az írás és a Hagyomány között, mintha külön kinyilatkoztatás forrásai volnának.
Természetesen tisztában volt azzal, hogy a hit szabálya az írásból származik: ha azt mondja, hogy a hit szabálya a Biblia értelmezésének kulcsa, nem nagyon tér el attól, hogy a homályos szakaszokat az egyértelműek segítségével kell értelmezni. Ez az érvelés persze körkörös: az egyházi tanítás hagyományának ortodox voltát a bibliai kinyilatkoztatással kell bizonyítani; de bizonyos kétséges könyveket azért vesznek be az újszövetségi kánonba, mert az egyházi hagyomány mércéje szerint ortodoxnak számítanak, és csak a hagyomány igazolhatja az írás helyes értelmezését.