Az a tisztelet, melyet Euagriosz és egyiptomi szerzetesekből álló köre éreztek Origenész iránt, nem volt általános. Epiphaniosz (kb. 315-403), a ciprusi Szalamisz 367-ben megválasztott püspöke 375 körül meglepően nagy hatású romboló támadást indított Gyógyszeres szelence minden eretnekség orvoslására címmel Órigenész ortodoxiája ellen. Az eretnekség közvetlen gondot okozott Epiphaniosznak.
Városában, Szalamiszban eredménytelenül küzdött a markionitákkal, de eközben a múlt és jelen különféle keresztény elhajlásainak szaktekintélyévé vált. Maga is aszkéta lévén az volt a meggyőződése, hogy a hitnek kérlelhetetlenül harcolnia kell mindenféle intellektuális elbizakodottság ellen, a teológiai spekulációt is beleértve.
Mivel már minden fontos dogmatikus kérdésben döntöttek az egyházi tekintélyek, nincs helye olyan nézetnek, mint Órigenészé, az efféle dolgokat mindenki szabadon vizsgálhatja, és amely (Epiphaniosz szerint) az igaz hit tisztaságát a pogány kultúra mérgével fertőzte meg. Epiphaniosz szenvedélyes puritán volt, és irtózott attól, hogy a nép szobrokkal és képekkel kívánta díszíteni a templomok falait.

Epiphaniosz mindenekelőtt azért ítélte el Órigenészt, mert vallásos szimbólumokként akarta újraértelmezni a nyilvánvalóan szó szerinti kijelentéseket, s főként, mert spirituális értelemben magyarázta a feltámadást. Epiphaniosz nem csupán egy „holtat" állított ítélőszék elé, hanem konkrétan utalt arra, hogy „bizonyos egyiptomi szerzetesek" Origenész hatása alatt állnak.
A 370-es években a Nitriai-siva tagban, a Nílus-delta szélén volt egy órigenista csoport, melynek Ammóniosz és három fivér volt a vezetője. Termetük miatt négyüket a „magas testvérek" néven ismerték. Atanáz halála (373) után keményen küzdöttek az arianizmus ellen Egyiptomban, és kiváló viszonyban voltak az alexandriai Timotheosz püspökkel (381-385) és 400-ig utódával, Theophilosszal (385-412).

Amikor Euagriosz Egyiptomba ment, Ammóniosz irányítására bízta magát. A csoport teológiája később elsősorban Euagriosz írásai révén terjedt. A homályosságok ellenére az a tanításuk világos volt, hogy imádkozáskor Istent nem szabad emberi formában elképzelni, vagy térben, „ott fönn" elhelyezni. Hiszen bármiféle térbeli alak vagy forma a képzeletben démoni megtévesztés következménye.
Az egyszerű hívők sértődötten utasították vissza ezt a tagadást, mivel szerintük a vallásos életben Isten igenis elképzelhető mint felsőbbrendű égi atya. Ez aztán vitát eredményezett az órigenisták és az antropomorfiták között, ez utóbbiak ugyanis úgy gondolták, hogy Istennek van emberi formája.

Epiphaniosz révén a nézeteltérés 393-ban Palesztinára is kiterjedt, ahol élesen szembeállította egymással a két régi barátot, Rufinust és Jeromost - az előbbi egyébként az Olajfák hegyén, az utóbbi pedig Betlehemben lakott aszkétaszálláson. Jeromos, aki egyszer lefordította Origenész műveinek egy részét (Rufinus tapintatlanul szerette rá emlékeztetni), és úgy dicsőítette Órigenészt, mint az „egyház legnagyobb tanítóját az apostolok óta", most hevesen szembefordult tanaival.
Jeromos az ingerlékeny elméleti ember jól ismert típusát testesítette meg: hatalmas tudását néha a szenvedélyes utálkozás és a kicsinyes féltékenykedés szolgálatába állította. Nem bírta a kritikát, és minél közelebb állt hozzá valaki, annál nagyobb volt a valószínűsége, hogy kapcsolatuk elromlik. Mégis olyan nagyszerűen árasztotta magából a rosszmájúságot, és olyan tudományos kifinomultságú bibliamagyarázatokat írt, hogy mindenki olvasni akarta őt. így aztán a szent helyek nyugati aszkétái közt folyó vitába lassan Róma is belekeveredett. A fő csatatér azonban Egyiptomban volt. Az alexandriai Theophilosz eleinte a magas testvéreket támogatta, és egyiküket püspökké szentelte.

A 399-ben kiadott húsvéti körlevelében, melyben szokás szerint kihirdette a húsvét időpontját a következő évre, kemény támadást intézett a naiv antropomorfiták ellen. Az antiórigenista szerzetesek válaszként megrohanták Alexandriát, és olyan vihart kavartak, hogy elérték Theophilosz pálfordulását. Elűzte az órigenistákat Egyiptomból, és megszerezte Anastasius pápa hozzájárulását az Origenésznek tulajdonított és főleg Euagriosz írásaiban hirdetett tanok hivatalos elítéléséhez.
Euagriosz 399 januárjában halt meg, épp a háborúság kitörése előtt, a magas testvéreknek pedig Cassianusszal és másokkal együtt el kellett hagyniuk Egyiptomot. Konstantinápolyba mentek, hogy panaszt emeljenek az udvarnál, és hogy előadják ügyüket az újonnan kinevezett püspöknek, Jánosnak, akinek az utókor a Khrüszosztomosz, azaz az Aranyszájú nevet adta.

Az órigenisták Aranyszájú Jánoshoz fordulása tragédiához vezetett. János kiváló képességei ellenére bizonyos szempontból alkalmatlannak bizonyult arra, hogy egy gazdag város püspöke legyen, ahol állandóak a pletykák és a cselszövések. Egy katonatiszt fiaként született Antiokheiában, s már egészen fiatalon lemondott a sikerrel kecsegtető közszolgálatról, hogy szerzetes legyen a Szír-sivatagban. De mivel tönkrement a gyomra az önsanyargartástól, 386-ban visszatért Antiokheiába, és Ravianus püspök vezetése alatt presbiter lett. Retorikát a legjobb pogány szónoknál, Libaniosznál tanult; teológiát pedig a tarszoszi Diodórosz püspöknél. Káprázatos szónoki adottságait a szószéken kamatoztatta, és prédikációival sokak támogatását szerezte meg.
387-ben, amikor az antiokheiai tömeg a rendkívül nagy adóterhek miatti felháborodásában szétzúzta a császár szobrait, s mindenki a császári bosszútól rettegett. János a legtöbb - a magángyorsíróknak köszönhetően - megmaradt prédikációját Antiokheiában mondta el. Ezek az őszinte és nyílt beszédek ma is a legérdekesebbek és a legtanulságosabbak az egyházatyák szövegei közül, és élénk képet festenek a kor társadalomtörténetéről.
Amikor Nektariosz konstantinápolyi püspök 397-ben meghalt, az udvar, melyet az eunuch Eutropiosz uralt, négy hónapos tétovázás után úgy döntött, hogy elcsábítja Jánost Antiokheiából, és a főváros püspökévé teszi meg.

Konstantinápoly csillaga már sok éve felemelkedőben volt, világi és egyházi tekintélye pedig gyorsan nőtt. A konstantinápolyi zsinat (381) kihirdette, hogy a várost mint az új Rómát elsőbbség illeti meg a régivel szemben. Ezt a határozatot Rómában is, Alexandriában is rossz néven vették. Az alexandriaiak következetesen gyönge és rossz püspököket akartak a konstantinápolyi székbe.
397-es megüresedésekor az alexandriai Theophilosz nagyon igyekezett, hogy a saját jelöltjéé legyen a tisztség. Mindamellett eleinte Jánossal működött együtt, például abban, hogy megszüntessék a régóta meglevő szakadást, mely Eusztathiosznak a nikaiai zsinat után nem sokkal bekövetkezett bukása óta megosztotta az egyházat.
Az órigenista szerzetesek kérése aztán mindent megváltoztatott. Jánosnak meg kellett ítélnie Theophilosz becsületességét, s mivel már régóta baráti viszonyban volt olyan aszkétákkal, akik tisztelték Órigenészt, Theophilosz okkal gyanította, hogy esetleg nem lesz pártatlan. Eltökélte, hogy megbuktatja Jánost, akinek Konstantinápolyban már számtalan ellensége volt.

Amikor János 398 februárjában Konstantinápolyba érkezett, azonnal számos reformot vezetett be. Elődje Nektariosz jóindulatú és engedékeny volt, papjaival elnézően bánt. Néhányan azok közül, akiket felszentelt, alkalmatlanok voltak az egyházi szolgálatra, s ezeket János durván eltávolította.
Még diakónusként írta különös könyvét, melyben összefoglalta a papi hivatásra vonatkozó nemes eszményeit, és most itt volt számára a lehetőség, hogy ezeket a gyakorlatban is megvalósítsa. Nektariosz a római Damasushoz hasonlóan arra ösztönözte a papokat, hogy nyájukat éppúgy lássák el jó étellel és itallal, mint ahogy lelkipásztori oktatásban részesítik. János, mivel sivatagi önsanyargartása óta krónikusan rossz volt a gyomra, rendszerint egyedül étkezett, és ez mélységesen sértette azokat, akik hozzászoktak a püspöki ház bőkezű vendéglátásaihoz. Számára kedvezőtlen összehasonlítgatásokat kezdtek tenni. János egy prédikációjában, mely nem sokkal megérkezése után hangzott el, meg is jegyezte, hogy „az emberek csak akkor dicsérik az előző püspököt, ha becsmérelni akarják az utódát".

Rosszmájúan azt rebesgették, hogy magának tartja fenn a terített asztal és a teli borospince örömeit, és „úgy él, mint egy Küklopsz". Nagyon szerényen látta vendégül az udvar körül lebzselő püspökök seregét, akik abban reménykedtek, hogy a császár pénzbeli támogatást ad építkezéseikhez, vagy egyéb szívességeket kérhetnek.
A fővárosba látogató szíriai püspök, a gabalai Severianus látta, hogy itt az ékesszóló prédikációkat jól megfizetik. Amikor több hónap után János figyelmeztette, hogy egyházmegyéjének is szüksége lenne rá, megsértődött. Magára haragította a népszerű szerzetest is, Izsákot, aki a város csillogását érdekesebbnek találta kolostoránál.

Az, hogy a gazdag özvegy, Olümpiasz és más hölgyek rajongva kérték ki tanácsát, rosszindulatú pletykákat szült. Ezenkívül a reformok miatti aggodalom Konstantinápolyon kívül is elterjedt. János rájött, hogy az ázsiai provinciában több püspök felszentelési díjat fizet éves jövedelme arányában az epheszoszi metropolitának.
Mivel Epheszosz püspöke meghalt, János nem tudott fellépni ellene, de a legkeményebb szigorral eltávolította tisztségükből mindazokat, akiknek közük volt a szimóniához. Kritikusai szerint ez az eljárás nem tartozott a hatáskörébe, és az önkényesség megnyilvánulása volt. Attól féltek, hogy idővel Konstantinápoly püspökei fognak felszentelési díjat követelni, és egész Kis-Azsiát a fennhatóságuk alá vonják.

János aszketikus, tartózkodó, tetterős és a tapintatlanságig szókimondó volt, főleg ha indulatba jött a szószéken. Egy kifinomult és gazdag városban ilyen tulajdonságokat nehéz volt elviselni.
A vagyonosok személyes sértésnek vették szociális tartalmú prédikációit, melyekben azt magyarázta, hogy a magántulajdon Adám bűnbeesésének következménye; vagy kipellengérezte azokat, akik mit sem törődtek az ajtajukon zörgető koldusokkal, és tíz pompás házat akartak több száz szolgával meg arany illemhelyekkel. Megbántotta a férfiakat, mert újra meg újra kijelentette, hogy egy nőnek ugyanannyi joga van megkövetelni a hűséget a férjétől, mint egy férfinak a feleségétől. Az a maró gúny, mellyel a nők fényűzését illette Juvenalis és Seneca kíméletlen stílusában, nem volt ínyére az előkelő hölgyeknek.
Mindezek a gondok istenáldásként jöttek az alexandriai Theophilosz számára. Hadjáratához először Epiphanioszt mozgósította, aki Ciprusról Konstantinápolyba hajózott. Ott János ellen bujtogatott, mert állítólag védelmébe vette Origenész eretnek tanait. A magas testvérek megnyugtatták, hogy a maguk részéről csodálják az írásait, és elérték, hogy ő meg elismerje, egy sort sem olvasott tőlük. A jólelkű püspök kijózanodva hagyta el a fővárost, s a tengeri úton hazafelé meghalt.

403 júniusában Theophilosz utazott a Boszporuszhoz. Formálisan azért jött, hogy igazolja eljárását a magas testvérek ügyében, valójában azonban törvény elé akarta állítani Jánost. Ezért összegyűjtötte az elégedetlenkedő püspököket egy zsinatra, Khalkédónba, mely Konstantinápollyal szemben feküdt a Boszporusz partjának közelében. A zsinat a tölgyes palotában ülésezett, melyet nemrég építtetett a megbukott prétor prefektus, Rufinus, s ide idézték meg Jánost, hogy válaszoljon a vádakra; ő viszont nem volt hajlandó megjelenni az elfogult bíróság előtt, mire letették.
A tölgyes zsinat határozata teljesen hatástalan lett volna, ha János jó viszonyban tudott volna maradni Arkadiosz császárral és indulatos, germán feleségével, Eudoxiával. Eudoxia eleinte csodálta Jánost. Megkérte, keresztelje meg a fiát, a későbbi II. Theodoszioszt; és amikor a gyermek megbetegedett, a császárné végül úgy vélte (némi kételkedés után), valószínűbb, hogy János imái hozzák majd meg a gyermek gyógyulását, s nem ellenségéi, Epiphanoszéi, aki szintén felajánlotta szolgálatait. De 403 júniusában Eudoxia már neheztelt Jánosra.

A császárné ugyanis néhány birtokot eltulajdonított, és amikor János egyszer a női gyarlóságról prédikálva Jezabel szörnyű példáját hozta fel, ezt sokan, valószínűleg joggal, úgy értelmezték, hogy a császárnéra vonatkozik. Így a dühös császár jóváhagyta a tölgyes zsinat határozatait. Elrendelte János száműzését, aki vad búcsúprédikációt tartott egy zsúfolt templomban, amelyben Eudoxiát nyíltan Jezabelhez és Heródiáshoz hasonlította. Aztán tisztségét letéve száműzetésbe vonult.
A távozása utáni napon azonban kisebb földrengés volt, melyet az égi helytelenítés jeleként értelmeztek az emberek; s hogy valóban intésről volt szó, azt a felbőszült polgárok morgolódása tette kétségtelenné. Számukra János hős volt. Arkadiosz és Eudoxia vissza is hívták, s újból beiktatták tisztségébe. Néhány hónappal később nyugtalanító népünnepélyek voltak Eudoxia ezüstszobrának felállításakor a Hagia Sophia mellett. János nemtetszését sértésnek vették. Eudoxia dühét egy heves hangú pamflet táplálta, melyet az alexandriai Theophilosz adott ki János ellen, a fény angyalának álcázott sátánnak nevezve őt. János elvesztette önuralmát a szószéken: „Már megint őrjöng Heródiás - kiáltotta -, újra táncol, s újra tálcán követeli Keresztelő János fejét."

A császári palotában úgy döntöttek, hogy a féktelen papot meneszteni kell. Az elháríthatatlan vád az volt, hogy János a 341-es antiokheiai dedikációs zsinat kánonja ellenére foglalta el újra a püspöki székét, mielőtt hatálytalanították volna a tölgyes zsinat határozatát. Csak népszerűsége óvta meg őt a városban attól, hogy a házában zaklassák. De amikor indulatos támogatói felgyújtották a Hagia Sophiát, a rokonszenv kezdett elmúlni. János, mielőtt elindult volna a hideg örményországi télbe, levélben a római (I. Ince, 402-417), a mediolanumi és az aquileiai püspökhöz folyamodott. Száműzetése alatt az özvegy Olümpiasz tartotta benne a lelket, ő pedig rengeteget levelezett támogatóival. Erre az udvar úgy határozott, hogy még távolabbi helyre kell küldeni, s János a gyötrelmes utazás során Komanában 407. szeptember 14-én meghalt.

Története több volt, mint személyes tragédia. Megvilágította a konstantinápolyi püspök kétértelmű helyzetét, aki egy személyben volt a fő udvari pap és a legfontosabb pátriárka egy olyan közösségben, melyre az államtól való függetlenség hagyománya volt jellemző. A küzdelem nem ért véget. I. Ince következetesen nem vállalt közösséget János ellenségeivel, és megkövetelte emléke ápolását, így ügye nem Konstantinápoly méltóságát, hanem Róma keleti tekintélyét érintő kérdés lett. Ince állhatatossága és végső győzelme igencsak növelte Róma presztízsét. János ügyének védelmére azonban csak sokára került sor. Konstantinápolyban az emberek többsége inkább a falakon kívülre járt istentiszteletre, mint hogy elfogadja János utódát, Attikoszt (406-25), s ebben Róma is támogatta őket.
Az egyik ilyen János-követőnek, Palladiosznak (Euagriosz egyik tanítványának) köszönhetjük nemcsak a drámai és megbocsáthatóan elfogult János-életrajzot, hanem az egyiptomi szerzetesség történetének fő dokumentumát, a História Lausiacát is (azért nevezik így, mert Lausus főkamarásnak ajánlotta). Amíg az alexandriai Theophilosz élt, addig nem lehetett szó kiengesztelődésről.

412-ben Theophilosz utóda unokaöccse, Kürillosz lett. Nézetei hasonlóak voltak, csak jóval ügyesebben tudta megvédeni őket. Azt magyarázta, hogy nem emlékezhet meg egy Júdásról azok közt a szentek közt, akikkel egyháza közösséget vállalt. I. Ince halála (417) után a konstantinápolyi Attikosz végül engedett Róma követelésének, és bevette János nevét a diptichonba (vagyis az elhunyt szentek névsorába, melyet az eukharisztia során olvastak föl), de Kürillosz hű maradt nagybátyja politikájához.
Végül is Konstantinápoly új püspöke, Nesztoriosz, akit ugyanúgy szemeltek ki Antiokheiában, mint Jánost, 428-ban megszerezte a vonakodó Kürillosz hozzájárulását János nevének az alexandriai diptichonba való felvételéhez, és Konstantinápolyban bevezette Aranyszájú Szent János emlékének évenkénti megünneplését. Ettől kezdve János csodálatos írásai révén egyre nagyobb hatást gyakorolt, s ezek az erőteljes stílus és tanítás modelljeivé váltak. A középkori Bizáncban nem tudtak nála érdemesebb személyiséget elképzelni, aki a birodalmi főváros hagyományos liturgiáját írhatta volna, ezért azt Aranyszájú Szent János liturgiájának nevezik.