Az egyiptomi egyház történetét a II. század utolsó évtizedéig, Alexandriai Kelemen megjelenéséig homály fedi. Az ő élete is csaknem ismeretlen, leszámítva azt, amit írásaiból ki lehet következtetni. Eltekintve a későbbi íróknál található töredékes idézeteitől fontos művei a következők: a gazdag ifjú evangéliumi történetének magyarázata, a valentiniánus gnoszticizmusra és a bibliamagyarázatra vonatkozó néhány jegyzet és híres trilógiája: a Buzdítás a megtérésre (Protreptikosz), A nevelő (Paidagógosz) és a Szőttesek (Sztrómateisz), mely utóbbi munkával sosem készült el egészen.
A Buzdítás apologetikus írás, támadó hangnemben bírálja a babonát, a faragatlanságot és a pogány kultuszok, mítoszok erotikáját, és rámutat, hogy bár a nagy filozófusok felismerték a pogányság romlottságát, mégsem szakítottak vele. A Buzdítás az etika és az etikett útmutatója a művelt társadalomban élő keresztények számára. Kelemen azt akarta, hogy a trilógia harmadik kötetének a címe A nevelő legyen, és a keresztény tanítás rendszerezett magyarázatát tartalmazza.
E tervezett tanulmányát végül nem írta meg. Úgy érezte, hogy a teológia nagy kérdéseit tisztelettel kell tárgyalni, mivel isteni misztériumokkal kapcsolatosak, és veszélyes lenne írásba foglalni mindenki számára egy átfogó és hosszabb ismertetést. Ezért elhatározta, hogy helyette egy egészen más jellegű művet ír.

Akkoriban több pogány író adott ki vegyes írásgyűjteményeket régészeti és filozófiai kérdésekről, szándékosan nem rendszerezett formában, így a tárgyalt téma néhány oldalanként változott. Egy ilyen, a II. századból fennmaradt szöveg Aulus Gellius Attikai éjszakák című munkája, és hasonló műveket írt Plutarkhosz, Ailianosz és Athénaiosz is. Kétségtelen, hogy Kelemen egyrészt azért választotta ezt a műfajt, mert akkoriban divatos volt, másrészt pedig főleg azért, mert ez a stílus különösen megfelelt azon céljának, hogy ne előírjon, hanem javasoljon, hogy olyan lényegre törő utalásokat tegyen, amelyeken az olvasó kedvére elgondolkodhat, eltöprenghet, s ne kelljen mindent a méltatlan olvasók elé tárnia, vagyis ne szórjon gyöngyöt a disznók elé.
A Szőttesek csak annyi dogmatikus kijelentést tartalmaz, amennyit Kelemen még nem tartott veszélyesnek, szándékosan homályos és áttételes stílusú, inkább költészet, mintsem egyszerű és világos próza. Ez a stílus azonban több volt, mint pusztán taktikai okokból átvett irodalmi forma, ugyanis bizonyos mértékig megfelelt Kelemen felfogásának is, mely szerint a teológiát úgy kell szavakba foglalni, hogy az a nyelvi jelképeken túli valóságot sejtesse. Úgy érezte, hogy a vallásos nyelv rokon a költői nyelvvel, bár van köztük némi különbség.

Kelemen nem Alexandriában született. Mielőtt odakerült volna, számos utazást tett, melyek során különböző keresztény tanítók oktatták. Alexandriába Pantainosz vonzotta, egy sztoikusból lett keresztény, aki állítólag (s hihetőleg) Indiában is járt. Kelemen rendkívüli tiszteletét avval vívta ki, hogy tanításában a nagy elmeerő az apostoli hagyományhoz való hűséggel társult.

A II. századi Alexandriában ez nem volt szokványos dolog, s igen erősen hatott a valentiniánus gnoszticizmus. Ahogy a kereszténység elterjedt a művelt alexandriaiak között, a megtérteknek egyre gyakrabban kellett az ügyesen érvelő és ékesszólóan védelmezett eretnekség és a homályos, maradi ortodoxia között választaniuk. Kelemen egyik fő érdeme, hogy ezt a dilemmát szétfoszlatta, Pantainosz pedig valószínűleg segített neki megtalálni ehhez a helyes utat. Amikor Kelemen Alexandriába érkezett, az egyház még félt a görög filozófiától és a pogány irodalomtól, s védekezett ellenük.
A gnoszticizmus gyanússá tette a bölcseletet; a pogány vallás annyira áthatotta a klasszikus irodalmat, hogy nem volt könnyű szétválasztani az irodalmi műveltséget és a pogány értékek vagy a politeista mítoszok elfogadását. A Szőttesekből az a meggyőződés sugárzik, hogy a görög filozófia tartalmazza az igazságot, és hogy a klasszikus költészet értékes irodalom.
E módszer lehetővé tette Kelemen számára, hogy a félelmekkel teli keresztény olvasók mindenfajta aggodalmát csökkentse. Úgy látta, a filozófia nem segíti a gnoszticizmust, hanem épp ellenkezőleg, racionális módszert nyújt megsemmisítéséhez; a gnosztikusok ugyan sokat beszéltek a magasabb rendű értelemről, de valójában nem úgy éltek, mintha közel állnának hozzá.

Tehát a Szőttesek a filozófia szükségességének hangsúlyozásától eljut a gnosztikus eretnekségek támadásáig, miközben a bibliai témákat a művelt görög világban jól ismert nyelvezettel és kategóriákkal értelmezi. A művelt görög világban ezeket jól ismerték. A pogány kívülállóknak szóló apologetikus alapgondolatok keverednek benne az igaz hit védelmével a gnosztikus torzulásokkal szemben.
Kelemen egyfelől azt magyarázza, hogy Platón anélkül plagizált Mózestől és a prófétáktól, hogy ezt elismerte volna; és hogy a filozófia, hasonlóan ahhoz, ahogy Szent Pál értelmezi a mózesi törvényt, nevelő hatásával elvezeti a görögöket Krisztushoz, és megfékezi a bűnt. Másfelől pedig azt fejtegeti, hogy a szeretetről és a szabadságról szóló gnosztikus tanok nem veszik figyelembe, hogy egyetlen komoly etika sem lehet meg szabályok nélkül, s hogy a gnoszticizmus túlságosan távol helyezi egymástól Istent és a világot, míg Istent és a lelket túl közel.
Kelemen figyelembe vette, hogy a művelt görögök nem nagyon tudtak mit kezdeni a Szentírás egyszerű és népszerű stílusával. Egy helyen, egy tour de force által, az új-püthagoreus gnóma-bölcsesség nyelvére fordítva foglalja össze a hegyi beszéd erkölcsi tanítását. Ámde meg kellett nyugtatnia az esetleg aggódó keresztény olvasókat, hogy bár az általa használt kifejezési forma nem biblikus, s ő nem hivatkozik bibliai szövegekre, a tanítás tartalmilag megfelel az Újszövetségben foglaltaknak.

Kelemen az „ortodox" szót nem minden ironikus mentegetőzés nélkül használta, s nem igazán tetszett neki, hogy azokkal hozzák kapcsolatba, akiket rendszerint ezzel a jelzővel illetnek. Ennek ellenére magát az apostoli hagyomány elkötelezett védelmezőjének tartotta, amely szerinte az „igaz tudást" képviselte a szekták által képviselt hamis „tudással" szemben. Az „igaz gnosztikus" nem fél a filozófiától, inkább felhasználja az egyházon belül kialakult vélemények megértésére és bármiféle hamisítások cáfolatára. Kelemen számára a lélek magasrendű létét az erkölcsi és szellemi fölemelkedés jelenti.
Jellemző volt a gnosztikus eretnekekre, hogy kevéssé érdekelte őket az erény és a jellemformálás. Pedig az igaz gnosztikus tudja, hogy a szellemi megismerés a tiszta szívűeké, az alázatosaké, akik úgy közelednek Istenhez, mint a gyermek az atyjához, s akiknek az erkölcsi tett indítéka nem a büntetéstől való félelem vagy a jutalom reménye, hanem a jó önmagáért való szeretete.
A megváltottak akkor válnak eggyé Istennel, amikor a tudás által bekövetkezik a hittől az életen túli üdvözítő látomásig való fölemelkedés, az „istenülés". Ezt jelképezi a mózesi sátorban levő szentek szentje, vagy Mózes belépése a felhő sötétjébe a Sínai-hegyen. A misztikus egyesülés lehetőségének alapja pedig az, hogy Isten képmása a teremtéssel minden emberbe beleplántálódott.

Kelemen gondolkodásának központi elve a teremtéstan. A teremtés a megváltás alapja. Sőt, mivel bizonyos volt abban, hogy Isten minden racionális teremtményébe belehelyezte az igazság magvait, ezért azt vallotta, hogy sokat lehet tanulni a platóni metafizikából, a sztoikus etikából és az arisztotelészi logikából. Minden, ami igaz és jó, bárhol találjunk is rá, a Teremtőtől származik. Ugyanezen az alapon helyezkedett szembe a gnosztikusokkal, akik lenézték a teremtett rendet, és az anyagot a legfőbb Istentől teljesen idegennek nyilvánították, ami etikailag vagy fanatikus aszkézishez, vagy antinomista érzékiséghez vezetett.
A keresztény szexuáletikát bírálva erőteljesen szembehelyezkedett azzal a gnosztikus tétellel, hogy a szexualitás nincs összefüggésben, illetve összeegyeztethetetlen a magasabb rendű szellemi élettel. Bár tiszteletét fejezte ki a nőtlenségre való egyéni elhivatottság iránt, elvetette azt a feltételezést, hogy a házasság eleve alacsonyabb rendű helyzetet jelentene. Ugyanezeknek az elveknek az alapján utasította el azt is, hogy minden kereszténynek tartózkodnia kell a szeszes italoktól és vegetáriánusnak kell lennie; ez számára az egyéni lelkiismeret és nem az általános tilalom kérdése volt. Mindazonáltal nagyon távol állt tőle a naturalista hedonizmus, amikor a teremtett világ jósága miatt érzett örömről írt. Szerinte az anyagi rend jó dolgait hálával, mégis higgadtan, a teremtő által szabott feltételekkel és mérséklettel kell felhasználni.

Irt egy külön értekezést azon keresztények megsegítésére, akik tanácstalanok voltak pénzük helyes felhasználását illetően, és akik nem értették az Úrnak azt a határozott parancsát, melyet a gazdag ifjúnak adott: „Egy fogyatkozásod van; eredj el, add el minden vagyonodat. Úgy tűnhet, mintha Kelemen pusztán megalkuvó volna, és megpróbálna kitérni egy parancsolat nyilvánvaló jelentése elől.
De az értekezés gondosabb elolvasásakor kiderül, hogy Kelemen az evangéliumi erkölcsöt nem formális kötelességek sorának tekintette, hanem inkább a legmagasabb rendű isteni cél megnyilatkozásának azok számára, akik mindvégig követik őt. Nem az számít, hogy valaki birtokol-e vagy sem, hanem hogy vagyonát mire használja fel. Ennek megfelelően az alexandriai egyház gazdag megtértjeinek olyan irányelveket fogalmazott meg, melyek rendkívül nagy mértékletességet és önfegyelmet kívántak. Kelemen szenvedélyesen ellenezte a fényűzést meg a hivalkodást, és sok törvényesnek mondott dolgot fölöttébb célszerűtlennek tartott.

A gazdag ifjúnak adott parancs magyarázata és A nevelő, valamint a. Szőttesek számos szövegrésze azt mutatja, hogy Kelemen lelki vezető volt Nézete szerint a keresztény élet nem más, mint haladás az Istenhez való hasonlóság felé a Krisztusban. A keresztény élet egyrészt a keresztény tanítás természetének mind jobb megismerését jelenti, másrészt egy olyan nevelődési folyamatot, melynek során a jelölt bűnbánatot kívánó hibákat követ el. Az egyházat sokfokozatú „iskolaként" írta le, melynek tanulói különböző képességűek, és ahol minden kiválasztott egyenlő, de néhányan „kiválasztottabbak" a többieknél. így olyasmit is elmondhatott az egyházról, ami lehetővé tette a csalódottak hitének visszaadását, ugyanakkor minden keresztényt komoly követelmények elé állított.
A Szőttesek hetedik könyve (vagyis az utolsó, melyet életében be tudott fejezni, mivel az úgynevezett nyolcadik könyv a logikáról szóló elszórt jegyzetekből áll, melyeket valószínűleg az iratai közt találtak meg a halála után) az eszményi igaz gnosztikust mutatja be úgy, hogy ötvözi Szent Pál magasrendű törekvéseit (Fii 3) a lélek istenhasonlóságáról szóló platóni gondolatokkal és a szenvedélymentesség sztoikus eszményével Úgy tűnik, Kelemen inkább Szent Páltól, mint a platonistáktól tanulta, hogy az Istenről szerzett tudást egy dinamikus megismerési folyamat újabb és újabb eredményének tekintse, ne a már birtokunkban levő változatlan dolognak. Egyszer kijelentette, hogy ha az igaz gnosztikusnak választania kellene az örök üdvösség és az istenismeret között, habozás nélkül az utóbbit választaná.

Mivel Kelemen a vallásos életet soha véget nem érő útnak tekintette, úgy gondolta, hogy az isteni nevelődés a halállal nem ér véget. Nem volt annyira hálás Jusztinosznak és Iréneusznak, hogy elfogadja hitüket a túlságosan szó szerint vett testi feltámadásban, amely által az ember részt vesz Krisztus ezeréves földi uralkodásában. A bűnösök tűzben fognak égni, de ez nem az isteni képmást emészti el, hanem a bűnök fáját, gyökerét. Ebben az életben senki sem juthat el a szentség olyan fokára, hogy ne kellene megtisztulnia e bölcs tűz által, így válva alkalmassá az Isten színelátására.
Zárkózottsága miatt keveset tudhatunk meg magáról Kelemenről viszont saját eszményei világosan láthatók. A kulturális háttér és a vérmérséklet tekintetében vajmi kevés köze van Tertullianus harciasságához. Ennek ellenére a városi vacsorabeszélgetések leírásaiból olyan erkölcsi szenvedély olvasható ki, amely legalább olyan heves, mint Tertullianusé.

Az egyház külső életéről is hallgat. Sosem említi Alexandria akkori püspökét, Démétrioszt, és szövegeiből alig lehet következtetni a közösség intézményi fejlődésére. Mint Jusztinosz vértanú, ő is laikusként tette a dolgát, a „keresztény filozófia" független tanítójaként tanítványait grammatikára, retorikára, etikettre oktatta, és főként vallási dolgokra.
Egy bizonytalan, apró jel arra utal, hogy halála előtt, nem sokkal 215 után talán presbiterré szentelték. Ha valóban felszentelték, akkor ez csak Alexandria püspökének azt a vágyát fejezhette ki, hogy az olyan világi tanítók, mint Kelemen, nagyobb felügyelet alá kerüljenek.