Caesar meggyilkolása után Rómában dúló belső harcokban halálát lelte Pompeius kisebbik fia is, Gneius. Bátyja, az akkor harmincesztendős Sextus, világosan látta, hogy az életre-halálra menő ütközetben, amelyben Caesar ellenfelei Octavianusszal (a későbbi Augustus császárral) állottak szemben, nagy körültekintéssel kell cselekedni. Néhány fegyvertársával, akik közül többen nem tudták igazi kilétét, tengerre szállt és kalózkodni kezdett, később pedig kapcsolatba lépett azokkal a régi kalózokkal, akik valamilyen módon elkerülték apja fegyvereseit. Akkor úgy vélte, hogy ez már nem jelent veszélyt számáras felfedte kilétét és különös módon - az Öreg tengeri rablók közűi sokan követtek, mások pedig fiaikat küldték el hozzá.

A Rómában uralkodó zavaros időkét kihasználta, Sextus Pompeius, aki Szicíliát, Korzikát és Szardíniát is birtokolta, kipróbált tengerészek vezette flottája révén jelentős tengeri hatalomra tett szert. Az Aeneus Domitius Ahenobarbustól és annak hetven hajójától kapott segítséggel uralma kiterjedt egy ideig az adriai partokra is.
Ahenobarbus a római flotta fölött Brundisiumnál (a mai Brindisi) aratott főlényes győzelemmel bizonyította ragyogó tengernagyi képességeit, csakhogy ez a győzelem nem járt jelentősebb következményekkel, mivel közben szövetségese, Brutus szárazföldi seregei súlyos vereséget szenvedtek. Ahenobarbusnak így nem maradt más választása, mint hogy Sextus Pompeiushoz csatlakozzék. Ezzel a szövetséggel, úgy látszott, ismét felvirrad a földközi-tengeri kalózok hajnala...

Octavianus hamarosan rájött, milyen veszélyt jelent számára Sextus Pompeius erős kalózflottája. Mint ügyes politikus és jó szervező, a maga oldalára állította Sextus egyik legtehetségesebb hadsegédjét, Menodorosz görög kalózt, akit óriási összeggel vesztegetett meg, valamint római állampolgárságot és patríciusi rangot is adományozott neki. Tudva, hogy a rómaiak nem jó tengerészek, felszabadított kétezer közel-keleti származású rabszolgát, akiket a Calvisius Sabinas tengernagy parancsnoksága alatt álló hajók élére állított; evezősnek pedig húszezer rabszolgát bocsátott rendelkezésükre. De mindezek az előkészületek hatástalanok maradtak, mert Sextus Pompeius rendkívül ügyesen, megkerülte, hogy a döntő ütközetre sor kerülhessen. Időközben pedig Szicíliában állomásozó hajói elfogták az Egyiptomból érkező gabonaszállítmányokat, s így továbbra is éheztette Rómát.

A római nép a konfliktus sürgős megoldását követelte és hozzájuk csatlakoztak a partmenti városok lakói is, akiknek fiai vagy a kalózhajókon, vagy pedig a római flottában harcoltak. Mindezekhez az okokhoz járult még egy politikai is - mindenképpen meg kellett akadályozni Sextus és Antonius szövetségét. Így hát Octavianus tárgyalásokat kezdett a kalózflotta főparancsnokával, és az i.e. 39. év nyarán, a nápolyi öböl partján, Misenumban Sextus Pompeitis, a kalóz és a jövendőbeli Augustus császár leültek a tárgyalóasztalhoz - ahogy azt napjainkban mondanánk.

Egyes történeti források szerint Menodorosz, a görög kalóz, aki időközben jóllakott a békés élettel, otthagyott gazdagságot és címeket, megszökött Rómából és visszatért Sextushoz, magával hozva néhány útközben foglyul ejtett római gályát...
Azt tanácsolta Sextusnak, hogy ne tartsa be a megegyezést és a lakoma alatt, amelyet a sikeres tárgyalások utánra terveztek Misenumban, tartóztassa le Octavianust és tisztjeit. Sextus azonban apjához méltó módon, állítólag ezt válaszolta: Egy Menedorosz megszegheti a szavát, egy Pompeius soha. A történet történelmi hitelességét semmi sem bizonyítja, de tény, hogy Sextus, az első árulás után többé nem bízott meg teljesen Menodoroszban, noha minden arra vall, hogy ez utóbbi a továbbiakban végig hűségesen szolgálta.

Misenum Sextus újabb győzelmét jelentette; az aláirt szerződés szentesítette a hadiállapot megszüntetését és Sextust elismerte Szardínia, Korzika és Szicília kormányzójának, aki ezen kívül megkapott apja vagyonából mintegy 17 millió drahmát és a családjának kijáró minden tisztességet. Emberei pedig kegyelemben részesültek és visszatérhettek hazájukba, kivéve azokat, akik részt vettek Caesar meggyilkolásában.

A szerződés híre nagy örömet keltett a nép körében. A nápolyiak, a pozzuoliak a tengerbe vetették magukat, úszva közelítették meg Sextus gályáit, úgy keresték barátaikat, hozzátartozóikat. Dio Cassius, aki a jelenetet leírja, lelkendezve meséli, hogy egyesek rég elvesztettnek hitt rokonaikra és barátaikra találtak rá, és végtelen öröm lett úrrá rajtuk. Mások megint réges-régen holtnak hitt embereket viszontlátva, nem hittek a szemüknek... túláradó örömükben könnyel telt meg a szemük.

A misenumi szerződés lényegében trimvirátus-félét hozott létre Octavianus, Antonius és Sextus Pompeius között. Ez utóbbi azonban hallgatva a rossz tanácsadókra, akiknek inkább volt érdeke a tengeri rablás, mint a Misenumhan szerzett előnyök megszilárdítása - kihasználta, hogy Octavianus áthágta a szerződés valamelyik jelentéktelen előírását és fosztogatni kezdett Itália partjain, innét feltartóztatva a gabonaszállítmányokat. A hajózási szabadság Misenumban lefektetett elvének ilyen nyílt áthágása drasztikus válaszadásra késztette Octavianust. A habozónak mutatkozó Calvicius Sabinust eltávolította a flotta éléről és Agippát nevezte ki főparancsnoknak.

Agrippa Vipsanius újfajta hadihajó tervét dolgozta ki; magasított fedélzettel, tornyokkal és páncélzattal, amely védelmet adott a csáklyákkal szemben. Ezt a hajót külön szerkezettel szerelték fel, amellyel az ellenséges hajót megközelíthette s így hamar közelharcra kerülhetett sor, amelyben a reguláris római csapatok fölénye azonnal megmutatkozott.
Az új hajókat Cumában, Misenum félszigeten építették és néhány kisebb ütközetben hamarosan be is bizonyították a kalózhajókkal szembeni fölényüket. Ekkor Agrippa döntő ütközet kiprovokálására határozta magát. Erre i.e. 36 szeptemberében került sor Szicília északi partjai előtt, és a csata a kalózok fölötti győzelemmel végződött. Sextus Pompeius alig tudott elmenekülni a Földközi-tenger keleti övezetében maradt tizenhét hajójával.

Sextus Pompeius életének utolsó szakaszára vonatkozóan a szövegek ellentmondóak. Máig sem tisztázott, miért nem szövetkezett az Octaviánus ellen küzdő Antoniusszal. I. e. 35-ben, régi barátaitól elhagyottan és új barátaitól elárulva, bérgyilkosok ölik meg, akik tettükért jutalomra számítottak.
Antonius és Kleopátra, amikor alig négy évvel később az actiumi csatában súlyos vereséget szenvednek, okkal bánhatták ezt a merényletet, amelyben a jelek szerint az ő kezűk is benne volt... Így ért véget, negyvenéves korban annak a férfinak az élete, akit a történészek joggal neveztek az ókor legjelesebb kalózának.

Sextus Pompeius, aki nem volt eléggé zsivány ahhoz, hogy a közönséges kalózok sorsával megelégedjék eleinte nagy óvatosságról tesz tanúbizonyságot, bizonyára a régi latin mondáshoz tartva magát, amelyet Phedrus, a - meseíró – Octavianus felszabadított rabszolgája - fogalmazott meg kiválóan: Cautis pericula prodesse alioruui solent - azaz mások bajából tanul az előrelátó.
Később azonban, hatalomvágytól űzve és rossz tanácsadóktól körülvéve, megpróbálta az apjától elragadott szigetekből és partrészekből álló óriási birodalmat helyreállítani, de ehhez sem kellő szárazföldi hadserege, sem közigazgatása nem volt, s ráadásul olyan ellenfelekre akadt, mint Octavianus, a legnagyobb római hadvezérek egyike és Agrippa, az ókor egyik legkiválóbb tengernagya.