A perzsa kor utáni időszakban Júdea a helyi kormányzó fennhatósága alá tartozott. A kis városállam helyi vezetői Josephus Flavius leírása szerint „a korábbi oligarchia után arisztokratikus alkotmányt vezettek be, az állam élén főpapok álltak mindaddig, míg a hasmóneusok utódai el nem nyerték a királyi méltóságot.” A JHWH-templom kultuszának középpontjában tehát a főpap állt, akinek helyzete a ptolemaidák uralma alatt szilárdult meg.
A júdeai zsidó nép őt tekintette a legmagasabb rangú vezetőjének. A tisztség dinasztikus jellegű volt: Áron, illetve utóda, Cádok – Dávid király korának főpapja – ágán öröklődött. Az elephantinéi papiruszok azt mutatják, hogy vallási ügyekben a főpap hatásköre a diaszpórára is kiterjedt.

Ezsdrás és Nehémiás korától kezdve működött a főpap mellett a Nagy Gyülekezet, későbbi nevén a vének tanácsa, a főpap elnökletével. Eleinte idősebb, tekintélyesebb papok testülete volt ez, pontosan meg nem határozott tanácskozási, döntési, ítélkezési jogkörrel, melynek később szadduceusok, farizeusok és talán még világi személyek is tagjai lehettek. Ebből a testületből alakult ki a 70 főből (+ 1: a főpap) álló Szanhedrin, mely a Kr.e. II. századtól a Kr.u. V. századig működött, és bírósági funkciót is gyakorolt. A tanács tekintélyét mutatja, hogy III. Antiokhoszt a vének tanácsa fogadta Jeruzsálemben, és a Szeleukida királyok többször is a tanácshoz fordultak a főpap helyett. A Hasmóneus királyok is elismerték a Szanhedrin hatalmát, ezt az is mutatja, hogy az általuk vert pénzek feliratában saját nevük és címük mellett rendszerint hivatkoztak a tanácsra is: „(…) és a zsidók tanácsa”.

A Ptolemaioszok nem avatkoztak be Júdea belső ügyeibe, a zsidók így az állami ügyekben teljes önkormányzatot és önigazgatást élvezhettek. Még az adók behajtásáért és a királyi kincstárba történő befizetéséért is személyesen a főpap volt felelős. Az ebben a korszakban főpapi tisztséget betöltők közül két névhez kapcsolódik jelentősebb esemény: Eleázár, aki a legenda szerint a 72 vént Alexandriába küldte, hogy ott elkészítsék a héber Szentírás görög fordítását, és Simon, az Igazságos (ha-caddiq), az egyetlen főpap ebből a korból, akire mély tisztelettel és megbecsüléssel emlékeznek a zsidó írások, hosszan sorolják érdemeit és erényeit.
Josephus szerint „Isten iránti kegyessége és nemzete iránti szeretete által érdemelte ki ezt a melléknevet.” Megjavíttatta és megerősíttette a templom falait, ő építtette a templomot övező magas falak támasztékát. ”Simon volt az, aki megpróbált gátat vetni a nép elgörögösödésének, és visszahozni őket az Isten számára elkülönített helyzetbe, amely erőt adott volna nekik, ha meg tudtak volna maradni benne szent alázatosságban.”
III. Ptolemaiosz (Kr.e. 246-221) korában észlelhető először, hogy a júdeai vezetők körében két, egymással versengő, eltérő gazdasági érdekű, más-más politikai és kulturális beállítottságú tábor alakult ki. A két csoportot két előkelő család – az Oniadák és a Tobiadák – vezették.

A perzsa és hellénisztikus korban többnyire az Oniadák családjából kerültek ki a jeruzsálemi főpapok, ők tehát Cádok leszármazottai voltak. A Tobiadák földbirtokosok és kereskedők voltak, erősen kötődtek Egyiptomhoz és a Ptolemaioszokhoz. Ugyanakkor házassági kapcsolatok fűzték össze őket a főpapi családdal. A két család kapcsolata és ellentéte több nemzedéken át meghatározta Júdea belső politikai helyzetét.
Josephus Flavius beszámol a Tobiada-családból származó Jeruzsálemben élő Józsefről, aki „Tóbiásnak és Oniás főpap egyik húgának a fia”, az Egyiptom-barát tábor vezetője. Ez a József felkereste III. Ptolemaioszt, és az eddigi adók kétszeresét ígérte meg neki annak fejében, hogy ő lehessen a fő-adófelügyelő. A főpap ezért kénytelen volt átengedni neki a zsidók képviseletét a királyi udvarban. József több mint két évtizeden át (cca. Kr.e. 240-218) nagy buzgalommal végezte feladatait, kíméletlenül eljárt az adót meg nem fizetőkkel szemben – a vezetőket kivégeztette, vagyonukat elkobozta. Hatalmas személyes vagyonra is szert tett, így a Tobiada-család befolyása tovább nőtt. Fia, Hürkanosz, tovább ápolta a jó kapcsolatot az egyiptomi királlyal, így megörökölhette a fő-adószedői tisztet. A Tobiadák, mint királyi adóbérlők, a lakosság jelentős részével és a főpappal is szembekerültek.
Amikor a térségben a szeleukidák vették át az uralmat, a Tobiadák ügyes politikájukkal az új uralkodó kegyeibe is beférkőztek, és megtarthatták hivatalukat. Azonban a hivatal megvásárlása olyan ellenkezést váltott ki az országban, hogy Hürkánoszt nem engedték be Jeruzsálembe, így a család transz-jordániai birtokára kellett visszavonulnia, ahol saját használatára JHWH-templomot is építtetett.

Bár az Oniada és Tobiada „táborok” között nem a vallásosság terén volt különbség, hanem elsősorban politikai és társadalmi állásfoglalásukban, ellentétük mégis nagyban hozzájárult ahhoz, hogy a vallás a Kr.e. III./II. század fordulóján elsőrendűen politikai üggyé vált. Az ebben a korszakban kialakuló zsidó csoportok a szó mai értelmében nem nevezhetők pártoknak, inkább talán szektáknak, hiszen elsősorban a vallásra vonatkozó elvekben, a gyakorlati kegyességben és a törvény értelmezésében, ill. megtartásában vallottak mást. Ezen túl, vagy ezzel összefüggésben a hellénizmushoz való viszonyukban, ennél fogva azonban a napi politikai kérdésekhez való hozzáállásban különböztek egymástól.
Kr.e. 200 táján indult el a chászidok mozgalma, akik az erősödő hellenizmus hatása alól kivonták magukat, a törvényhez és az atyai hagyományokhoz ragaszkodtak, eltérően az „istentelenek”-től, akik a törvényt már csak látszólag tartották meg. A chászidok fontosnak tartották a szombat-nap pontos megtartását, a szabad vallásgyakorlat lehetőségét, de ha ezt biztosították számukra, akkor a békére törekedtek. Ezért, bár kezdetben csatlakoztak a Makkabeusokhoz, később visszahúzódtak a Makkabeusok politikájától és harcaitól. A kutatók szerint a chászidok irányzata a Makkabeus-háborúk során kettészakadt: a radikális szárny visszavonult a Templomtól és a közösségtől, belőlük fejlődött ki az esszénus irányzat. A mérsékelt szárny elismerte a hatalmat gyakorló főpapokat és belőlük alakult ki a farizeusok irányzata. Ezen kívül jelen volt még a zsidó társadalomban a szadduceusok és a zélóták közössége.

Josephus Flavius jellemzése szerint a zsidók „filozófiai iskolái” csupán a sors és a szabad akarat kérdésének megközelítésében különböztek egymástól. Az esszénusok mindent a sorsnak tulajdonítottak; a szadduceusok mindent az emberi szabadság hatáskörébe soroltak; a farizeusok pedig mind a sors, mind a szabad akarat létét elfogadták. Josephus leírásában a görög filozófia fogalmait, terminológiáját használja, ahol a sors Isten vezetését, vagy a gondviselést jelenti.