A Misenumi és Ravennai flotta ezt követően szervezetileg egymástól elkülönült, s ugyanez érvényes a Római Birodalom további flottáira is. Csupán a császár személye, a közös főparancsnok kapcsolta őket egybe, s ha össze kellett hangolni a működésüket, akkor azt a császári központból irányították.
A birodalom flottái tengeri és folyami flottákból álltak. Némelyiküket már Augustus korában felállították, más részüket később szervezték meg. A két legnagyobb és legfontosabb a Classis Misenensis és a Classis Ravennas volt. Az előbbi a Földközi-tenger nyugati medencéjét, az utóbbi a keletit ellenőrizte.
A Classis Germanica a Rajnán működött, még Augustus mostohafia, Drusus szervezte meg. A Classis Britannicát Claudius hozta létre, és a bázisa Gesoriacumban, késő antikvitásban használatos nevén Bononiában (ma: Boulogne) volt. Gallia és Britannia között biztosította az összeköttetést, és a csatornavidék kalózaitól védte a partvidéket.
A classis Pannonicát és a Classis Moesicát Vespasianus hozta létre, de az előbbinek Augustus korától volt már előzménye.
A syriai flottának az Orontes menti Antiochiában volt a központja, a Classis Augusta Alexandrinát a ptolemaiosi flottából alakították ki, és az egyiptomi gabona behajózását és szállítását biztosította.
A Classis Africanát Commodus alatt állították fel. Volt egy Classis Pontica is a Fekete-tengeren, ez azonban a gót támadások idején megsemmisült.
A ptolemaiosi Egyiptom legyőzését követően nem volt olyan hatalom, mely tengeren veszélyeztette volna Rómát, ezért egy viszonylag szerény méretű hajóhad is elegendő volt a biztonság megőrzéséhez. M. Reddé becslése szerint a császárkori haditengerészet csak mintegy 250 hadihajóval rendelkezett. Ebből kb. 60-60 a két itáliai flottához, a többi mintegy 130 a provinciák hajóállományához tartozott.
Az actiumi csatában fürge, két- és háromsorevezős kishajók győzték le a félelmetes látványt nyújtó, sokevezősoros, ám nehezebben manőverező monstrumokból álló egyiptomi flottát. Ettől kezdve Rómában feladták a sokevezősoros nagy hajók építését, a birodalomnak ugyanis már nem volt olyan ellenfele, aki ellen szükség lett volna az ilyen nagy hajókra. Csupán a két praetori flottánál tartottak négy-, öt-, esetleg hatsorevezősöket, elsősorban reprezentálás céljából, azokat is inkább csak a korai császárkorban.
Az általánosan használt, Itáliában épített hadihajók, a háromsorevezős triremisek, görög nevükön trierések, és a kétsorevezős, eredetileg kalózhajók, a liburnák, szerényebb méretűek és egyszerűbb megjelenésűek voltak, mint a görög hajók, de a konstrukciójuk tökéletesebb volt. A hadihajóknál a vitorlákat evezőkkel kombinálták, ennek köszönhetően gyorsabbak és mozgékonyabbak is voltak, mint a kereskedelmi hajók. A folyami flották kisebb méretű cirkálókból álltak.
Az egyes vidékeknek voltak speciális, helyi viszonyokra kifejlesztett hajótípusai is, ilyen volt a musculum, egy rövid kishajó, mellyel a Moesiai flotta állományában a Duna torkolatánál (musculi Scythici) és Massiliánál (a mai Marseille, milites muscularii) találkozunk, vagy a harca a Boden- és a Neucháteli-tavon {numerus Barcariorum, classis Barcariorom), később pedig a Dunán is. A flottákhoz, mind a tengeriekhez, mind a folyamiakhoz, a hadihajókon kívül nagyszámú szállító- és felderítőhajó is tartozott.
A hajók fel voltak szerelve catapultákkal (kő- és nyílvetőkkel) és íjászokkal, és ami római újítás volt a tengeri hadviselés történetében, a hajót működtető tengerészeket egy speciálisan kiképzett csapat is kiegészítette.
A küzdelem első része arra irányult, hogy a lövészek még a közvetlen összecsapás előtt minél nagyobb kárt tegyenek az ellenséges hajóban és annak legénységében. A küzdelem második szakaszában az ellenséges hajót kampók és horgok segítségével megcsáklyázták, és szorosan rögzítették a sajátjukhoz. Ekkor működésbe hozták a corvus nevű csapóhidat, a harcosok átkeltek az ellenséges fedélzetre, és kézitusában legyőzték annak legénységét.
A nagyobb flották kisebb flottillákból álltak, s a flottabázisokhoz az ellenőrizendő terület partjai mentén flottaállomások tartoztak. Egy-egy flottilla egy-egy szakaszt ellenőrzött. A legénység tagjait - beleértve az evezősöket is - katonáknak, militesnek és nem matrózoknak (nautae) nevezték, és a széles körben elterjedt nézettel ellentétben nem rabszolgák voltak, hanem túlnyomórészt peregrinus jogállású provincialakókból sorozott hivatásos katonák.
A parancsnokok és magasabb rangú tisztek a római hadsereg más egységeihez hasonlóan itt sem voltak hivatásosak. A flottánál teljesített posztjuk a civil és katonai funkciókat egyesítő karrierjüknek, latinul cursus honorumuknak csupán az egyik állomása volt. A két praetori flotta parancsnokai, a praefecti classis lovagrendűek voltak, bár Claudius és Nero (Kr. u. 54-68) uralkodásáig még előfordult, hogy felszabadított rabszolgákat neveztek ki az élükre.
A libertusok viszonylag jelentős aránya az állandó flotta megszületésének évtizedeiben azzal függött össze, hogy Octavianus-Augustus Sextus Pompeius legyőzését követően saját szolgálatába vette ellenfele tengerészeit: emberhiány volt, de valószínűleg szakmai okok is belejátszottak, mert az actiumi csatán látszik, hogy sokat tanult szicíliai ellenfelétől. Tapasztalt hajósokat a császári flotta ezenkívül még a hajózó vállalkozók embereiből szerezhetett, akik között ugyancsak sok volt a rabszolga és a felszabadított.
Valószínűleg egy-egy hajóraj, flottilla élén álltak a nauarchusok. A hajók kapitányai, a trierarchusok Augustus és Tiberius (Kr. u. 14-37) uralkodása alatt még gyakran császári felszabadítottak voltak. A nauarchusok és trierarchusok Antoninus Pius és Marcus Aurelius alatt centurio rangúakká váltak, és minden egyes hajó, méretétől függetlenül, egy-egy századdal, centuriával lett egyenértékű.
A flották a római hadsereg legalacsonyabb presztízzsel rendelkező alakulatai voltak, tiszti állományuk és legénységük más egységekhez képest alacsonyabb státusú társadalmi rétegekből rekrutálódott, a legénység javadalmazása rosszabb, ezzel szemben szolgálati ideje hosszabb, 26-28 év volt. A flottánál szolgálók összlétszámáról nem maradtak fenn adatok. A kutatások a legénység és a szárazföldi irányító és kiszolgáló személyzet együttes létszámát 40- 45 ezerre becsülik.