Amikor a Forumot megtisztították az ellenállóktól, megszavazták a földosztó törvényt. A nép ettől megszelídült, és minden nehézség nélkül bármilyen törvényt megszavazott. Így Caesarnak tartományul öt évre megszavazták mindkét Galliát és Illíriát.
Cato, mintha a jövendölés szelleme szállta volna meg, megjósolta a szenátusban, mi vár a városra és Pompeiusra. Lucullus teljesen visszavonult, Pompeius pedig falusi birtokán tartózkodott fiatal feleségével, és nem törődött azzal, mi történik a Forumon, pedig Clodius néptribunus vakmerő tettekre vetemedett: eltávolította az optimaták két legjelentékenyebb alakját: Catót és Cicerót. Catót azzal az ürüggyel küldte Ciprus szigetére, hogy békítse meg a lázongó lakosságot. Cicerót pedig száműzte. Amikor Cicero fellebbezni akart a triumvirnél a száműzetés ellen, Pompeius bezáratta háza kapuit, és nem fogadta.

Clodius néptribunus Pompeiust is többször megvádolta, és a nyilvánosság előtt rágalmazta. Pompeius tartott Clodiustól, és amíg annak hivatali tisztsége le nem járt, nem jelent meg többé a Forumon. Clodius önkényeskedéseit nemsokára mind a triumvirek, mind a szenátus megelégelte. Hazahozatták a száműzetésből Cicerót, aki Clodius legnagyobb ellensége és a szenátus kedveltje volt. Cicero elkísérte a Forumra fivérét, aki fegyvereseket vitt magával, verekedés támadt, többeket megsebesítettek és megöltek, közöttük Clodiust is.
Hazaérkezése után Cicero azonnal összebékítette a szenátust Pompeiusszal. Szavára a szenátus elfogadta a gabonatörvényt, mely szerint Pompeius ismét ura lett minden szárazföldi területnek és a rómaiak uralma alatt álló tengereknek. A törvény értelmében Pompeius alá tartozott minden kikötő, kereskedelmi központ, a mezőgazdasági termények szétosztása, egyszóval az egész hajózás és földművelés.
Amikor rábízták a gabonaneműek beszerzését és a gabonakereskedelem irányítását, mindenhova elküldte ügynökeit és barátait, majd ő maga is elhajózott Szicíliába, Szardíniába és Líbiába, összegyűjtötte a gabonát. Már indulófélben voltak, de heves szélvihar támadt a tengeren, és a hajók kapitányai vonakodtak útnak indulni. Pompeius elsőnek szállt fel az egyik hajóra, parancsot adott, hogy húzzák fel a horgonyt, közben pedig harsány hangon így kiáltott:
- Hajózni kell, élni nem!

Ilyen merészséggel és ügybuzgalommal, no meg a jó szerencse segítségével töltötte meg gabonával a magtárakat és hajókkal a tengert. Az összegyűjtött gabonából bőven jutott a külföldi országok népeinek is. Folyt a gabona, mint egy bő forrás túláradt vize. Eközben Caesar jelentős sikereket ért el Galliában; a mérhetetlen zsákmányból saját hadsereget szervezett magának, melynek tagjai mindent megtettek vezérükért. Caesar a zsákmányolt kincsek egy részét elküldte Rómába, részben, hogy ajándékokkal megvesztegesse a magas tisztséget betöltő személyeket, másrészt, hogy szétossza a nép között.
Galliában még folytak a hadműveletek, és a győzelmes befejezés érdekében meg kellett hosszabbítani Caesar megbízatásának idejét. Julius Caesar ekkor találkozóra hívta Lucába Crassust és Pompeiust. A triumvirek tehát az észak-itáliai Lucában találkoztak, és a következő megegyezésre jutottak: Crassus és Pompeius pályáznak a consulságra, Caesar pedig támogatja őket, és katonáit nagyszámban elküldi a szavazásra; megválasztásuk után tartományokat, hadseregeket és hadvezéri megbízásokat szereznek maguknak, Caesart pedig további öt évre megerősítik a mostani tartományok birtokában. A szenátus és az optimaták elégedetlenül fogadták a javaslatot.

Ilyen fondorlat és megvesztegetés árán jutott Crassus és Pompeius a consulsághoz. Caesar meg másodízben is megkapta Galliát, Cassius Szíriát és a parthusok elleni hadjárat vezéri tisztét, Pompeiusnak pedig Líbia, mindkét Hispánia és négy legio jutott. Crassus hivatali ideje leteltével elment Szíriába, és a parthusok elleni háborúra készült. Pompeius kedvelt alvezéreire bízta a tartományok kormányzását, ő maga pedig Itáliában maradt.
Röviddel ezután két olyan eset történt a birodalomban, amely a triumvirátus megszűnéséhez vezetett: Crassus szörnyű vereséget szenvedett a parthusoktól, és megölték (i. e. 53-ban); röviddel annak előtte pedig meghalt Pompeius felesége, Júlia (i. e. 54-ben). Pompeius és Caesar egyre féltékenyebben figyelték egymás hatalmának megnövekedését. Rómában nyugtalan volt a légkör, gyakran támadt nézeteltérés a különböző pártok között, sokszor fegyveres összecsapásra is sor került.

Alig akadt olyan nap, amikor ne történt volna erőszakos gyilkosság. A felbolydult város láttán az egyik néptribunus a nyilvánosság előtt kifejtette, milyen helyes volna Pompeiust dictatorrá választani. A nép is örömmel fogadta ezt a hírt. A szenátus és az optimaták a javaslat ellen léptek fel, és arra emlékeztették a választókat, hogy Sulla korától fogva a nép mindig gyűlölte ezt a hivatalt. Kijelentették, hogy nem Pompeius dictatorsága ellen lépnek fel, hanem általában a dictatúra ellen. Pompeius is visszautasította a javaslatot, de abba beleegyezett, hogy csapatokat kér Rómába, hogy helyreálljon a rend a consulválasztás idejére. Az új consulok azonban képtelenek voltak a rendet fenntartani, és a zavargásokat megfékezni. Clodius néptribunus meggyilkolása óta ugyanis egyre nyugtalanabb lett a helyzet, sőt komoly zavargások keletkeztek. A tömeg betört a szenátus épületébe, felgyújtotta a padokat és a szenátorok ülőhelyeit.
A tűz átcsapott a Curia épületébe, majd továbbterjedt a szomszéd házakra is. A lángoknak áldozatul estek Róma legrégibb, szentnek tartott középületei.
Most már az optimaták is belátták, hogy erős kézbe kell venni a kormányzást, és úgy gondolták, hogy jobb, ha egyedül Pompeiust választják meg consullá. Cato, Pompeius ádáz ellensége is őt javasolta, de nem a dictatori tisztségre, hanem a consulira, mégpedig társ nélkül, azzal, hogy a teljhatalmának letelte után köteles munkásságáról számot adni.

Pompeius így ismét a legmagasabb állami tisztségbe került, és erélyesen hozzálátott a rend helyreállításához. Törvényeket hozott az uzsora és a megvesztegetés ellen. Rövid néhány héten belül Clodius és Caesar több barátját száműzetésre ítélték. Pompeius személyesen elnökölt a bírósági tárgyalásokon, és szigorúan elítélt mindenkit, akit nem ismert közelebbről. Ellenben ha rokonairól és barátairól volt szó, az ellenfeleivel szemben oly rendíthetetlen Pompeius rendkívül enyhe és elnéző lett. Emiatt részrehajlással vádolták, és megszólták eljárását. Ennek ellenére Pompeius rövid idő alatt minden más tekintetben rendet teremtett, hatalmát megerősítette. Rendkívüli megbízatása idejének lejárta után további négy évre megszavazták részére régi tartományait, ezenfelül évenként ezer talentumot kapott hadseregének fenntartására és ellátására.
Pompeius most erősebbnek érezte magát versenytársainál. Törvényt hozott, amely megtiltja a jelölteknek, hogy távollétükben pályázzanak a consuli tisztségre. Ez a törvény valójában Caesar ellen irányult, akinek szüksége volt arra, hogy Galliában maradva, távollétében válasszák meg consullá, nehogy egyetlen napig is magánszemélynek kelljen maradnia. A római törvények értelmében ugyanis csak magánembert vonhattak felelősségre bíróság előtt. Cato és más optimaták nyíltan hangoztatták, hogy megbízatásának lejárta után bíróság elé akarják állítani Caesart. Pompeius elküldött hozzá, és a parthusok elleni háború ürügyén visszakérte tőle a kölcsönadott két legiót. Caesar, bár tudta, miért kéri vissza tőle Pompeius a katonákat, elengedte és gazdagon megajándékozta őket.

Úgy látszott, hogy egész Itália most Pompeius mögött áll, és őt támogatja. Pompeius Neapolisban, a mai Nápolyban súlyosan megbetegedett, de felépült. Ekkor Itália-szerte hálaáldozatokat mutattak be felgyógyulásáért, napokon át tartó ünnepségeket rendeztek. Sokan megkoszorúzva, fáklyás menettel fogadták, útjára virágokat szórtak. Rómába való visszatérése fényes és szép látvány volt.
Pompeiust azonban elbizakodottá tette a nép rajongása, és megfosztotta józan ítélőképességétől. Mérhetetlen gőggel és megvetéssel nézte Caesar haderejét, és azt gondolta, hogy Caesart könnyebben semmisíti meg, mint ahogy felemelte. Eközben megérkezett Galliából Appius, Pompeius híve. Hamis képet festett a galliai helyzetről. Lekicsinylően beszélt Caesarról és viselt dolgairól. Azt mondta, hogy Pompeius nincs tisztában saját hatalmával és népszerűségével. Biztatta, hogy legyőzheti Caesart a saját csapataival, ha szándékában állna megütközni vele. Ha Pompeius megjelenne Caesar katonái előtt, nyomban átállnának hozzá, annyira gyűlölik Gallia helytartóját, és rajonganak Pompeiusért.
Pompeiust mindez olyan elbizakodottá tette, hogy kinevette az óvatoskodókat, akik megkérdezték, hol van az az erős hadsereg, amely szembe tudna szállni Caesarral, ha az Róma ellen vonulna. Pompeius, arcán vidám mosollyal, kijelentette:
- Ha én Itáliában bárhol toppantok egyet, özönleni fognak hozzám a gyalogos és lovas hadseregek.

Pompeiusszal ellentétben Caesar a tőle megszokott rendkívüli eréllyel látott ügyeinek intézéséhez. Elsősorban azzal foglalkozott, ami élet-halálkérdés lett számára: mindenáron meg kellett hosszabbítania hadvezéri megbízatását. Nem távozott el többé messzebbre Itáliából, a tisztújító gyűlésekre mindig elküldte katonáit, a népet és a főtisztviselőket mindig megvesztegette. A Galliában összeharácsolt arany bő folyamként hömpölygött Rómába.
Mondják, hogy Caesar egyik centuriója, aki Rómába érkezett, és megállt a szenátus épülete előtt, amikor meghallotta, hogy a szenátus nem hosszabbítja meg Caesar vezérséget, kardja markolatára ütve így szólt:
- Akkor majd ez meghosszabbítja!
Caesar számára igen fontos volt az időnyerés, hogy legalább elhalasszák utóda kinevezését. Mindezt úgy kellett elérnie, hogy ne alkalmazzon erőszakot, és ne tegyen semmit a törvény ellen.

Ügynökei révén Rómában megvesztegette Curio néptribunust, régi ellenfelét, titokban megegyezett vele, hogy továbbra is megjátssza magát Caesar ellenfelének, és úgy intézi a szenátusban az ügyeket, hogy a közeljövőben ne tartsák meg a galliai új hadsereg parancsnoki választásokat. Curio feladatát igen ügyesen végezte, bírálta a két nagy ellenfelet, de Pompeius és az optimaták erősebbek voltak, és olyan fordulatot vettek a dolgok, hogy Caesar barátai - Curio, Antonius és mások - kénytelenek voltak elhagyni Rómát, és Galliába menekülni. Ekkor érkezett híre, hogy Caesar elfoglalta Itália egyik nagy városát, és most egész hadseregével Róma ellen vonul.
Amikor a Rubicon folyóhoz érkezett, amely az uralma alatt levő tartomány határa volt, csendben megállt és töprengett, mérlegelve merész vállalkozása veszélyeit és nagyságát. Aztán a körülötte álló barátaihoz fordult, és így szólt:
- Alea iacta est! A kocka el van vetve! - és parancsot adott katonáinak az átkelésre. Bizonyára ebből az időből származik az "átkelni a Rubiconon" - vagyis valamilyen döntő elhatározásra jutni - kifejezés.

Rómában már az első hírek hallatára óriási pánik tört ki. Az egész szenátus Pompeiushoz sietett, kifejezték aggodalmukat, tanácsokat adtak neki.
A szenátorok megkérdezték Pompeiustól, milyen intézkedéseket szándékozik tenni a főváros védelmére. Pompeius bizonytalanul azt felelte, hogy a Caesartól érkezett legiók hadikészületben vannak, és a korábban sorozott újoncokból hamarosan ki tud állítani harmincezer főnyi hadsereget. Erre az egyik szenátor felkiáltott:
- Becsaptál bennünket, Pompeius! - és egy régi kijelentésére emlékeztette, amely szerint csak toppantania kell, és mindenünnen özönlenek hozzá a harcosok.
Pompeiust váratlanul érte az események alakulása, és három napig nem hozott semmiféle döntést. Azt sem tudta, milyen erőkkel rendelkezik Caesar, és mik az igazi szándékai. Cato javaslatára Pompeiust teljhatalommal ruházták fel, és megválasztották fővezérré, majd mindenki elutazott a maga tartományába.

Eközben forrongott szinte egész Itália. Akik a városon kívül laktak, a fővárosba menekültek, Róma lakói pedig készültek elhagyni a várost, mert féltek a rabszolgák felkelésétől és a városi szegénység erőszakos tetteitől. A főváros élete teljesen megbénult.
Pompeius képtelen volt megszüntetni a nyugtalanságot és a felfordulást. Gyakran előfordult, hogy ugyanazon a napon két teljesen ellentétes rendelkezést hozott, mivel túl sokan hozták-vitték a híreket, túl sokan igyekeztek tanácsot adni neki, s azt sem tudta, melyikükre hallgasson inkább. Ilyen körülmények között rendeletet adott ki: a rendkívül zavaros helyzetre való tekintettel a szenátus minden tagja köteles őt követni, ugyanakkor kijelentette, hogy Caesar párthívének tartanak mindenkit, aki Rómában marad. Pompeius reménytelennek tartotta a főváros védelmét, ezért elhagyta Rómát, hogy legiói élére álljon. A consuloknak és a szenátus tagjainak Capuába kellett menniük, és magukkal vinni az államkincstárt is.
Néhány nappal később Caesar bevonult Rómába, és elfoglalta a várost. Mindenkivel barátságosan bánt, és félelmüket eloszlatta. Katonái nem erőszakoskodtak a lakossággal. Csak a nagy sietségben Rómában hagyott államkincstárból vett el pénzt magának, és Pompeius ellen indult, hogy minél gyorsabban kiűzze Itáliából, még mielőtt megérkezik hozzá a hispániai hadsereg.

Pompeius ezalatt megszállta az Adriai-tenger partján fekvő Brundisiumot. Nem remélhette, hogy Itáliát megmenti Caesartól, úgy döntött tehát, hogy legióival áthajózik Görögországba, és onnan indít támadást Gallia ura ellen. Brundisiumban bőségesen talált csapatszállító hajókat. Eltorlaszolta a városkaput, a falakra legkönnyebb fegyverzetű katonáit állította őrségül, a brundisiumiaknak pedig megparancsolta, hogy ne mozduljanak ki hazulról, majd az egész várost árkokkal ásatta körül, és az utcákat palánkokkal tette járhatatlanná. Harmadnap, amikor egész haderejét kényelmesen hajóra ültette, a falakon álló őröknek is jelt adott, hogy gyorsan fussanak le a tengerpartra, majd őket is felvéve hajóira, útnak indult, és átkelt Görögországba.
Caesar azonnal üldözőbe akarta venni Pompeiust, de mivel nem volt hajóhada, visszatért Rómába, hogy később hadjáratot vezessen Hispániába, ahonnan Pompeius alvezérei fenyegették Galliát. Rövidesen egész Itália Julius Caesar kezébe került.

A két ellenfél hadereje nagyon különbözött egymástól. Caesar csapatainak létszáma nem volt nagy, de harcedzett, kipróbált harcosai nagy odaadással szolgálták fővezérüket. Viszont az egész flotta és az ország minden kincse Pompeius kezében volt. Ezért Caesar úgy vélte, hogy a késlekedés csak erősíti az ellenséget. Haladék nélkül visszafordult, és útra kelt Hispániába, hogy megnyerje magának az ottani haderőket.
Caesar negyven nap alatt megadásra kényszerített Hispániában negyven legiót. Eközben Pompeius felkészült a háborúra. Hatalmas haderő gyűlt köréje. Hajóhada szinte legyőzhetetlennek látszott, mert ötszáz hadigályája, számtalan könnyűnaszádja és gyorscirkálója volt. Hétezer főnyi lovasságában együtt voltak Róma és Itália legkiválóbb lovascsapatai, gyalogsága azonban még kiképzésre szorult. Pompeius nem tétlenkedett, hanem magas kora ellenére, mint aki java férfierejében van, maga is részt vett katonái kiképzésében. A csapatokra lelkesítő hatást tett, amikor látták, hogy Pompeius Magnus, aki ekkor már közel járt hatvanadik évéhez, gyalogosan vesz részt a fegyvergyakorlatokon; máskor pedig lóháton vágtában könnyedén kihúzta kardját, majd visszadugta hüvelyébe.

A dárdavetésben nemcsak pontosságot, hanem olyan erőt és lendületet mutatott, s dárdáját olyan messzire hajította, hogy ebben a fiatal katonák sem múlták felül. Sok nép királya kereste fel táborában Pompeiust, előkelő nemesek jöttek el hozzá Itália minden részéből.
De Caesar is nemesnek mutatta magát győzelmében is. Így Hispániában, amikor Pompeius csapatait legyőzte, és foglyul ejtette, elbocsátotta a tiszteket, a katonákat pedig szolgálatába fogadta. Utána csapataival ismét átkelt Itáliába, és a tél kezdetén megérkezett Brundisiumba, ahonnan átkelt a tengeren. Egyik foglyát, aki jó barátja volt Pompeiusnak, elküldte hozzá azzal az ajánlattal, hogy tartsanak megbeszélést, három napon belül mindketten bocsássák el hadseregüket, majd barátságukat eskü alatt megújítva, térjenek vissza Itáliába. Pompeius ezt cselvetésnek tartotta, és visszautasította Caesar javaslatát. Erre Caesar elhatározta, hogy átkel Illíriába, és felkészítette Brundisiumban tartózkodó csapatait.
Caesar kijátszotta ellenfele éberségét, átkelt Illíriába csapatainak kisebbik felével, haderejének többségét azonban Brundisiumban hagyta. Minden teheráru, vágómarhák, élelmiszer Itáliában maradt. Pompeius flottájának parancsnoka blokád alá vette Brundisium kikötőjét, és Caesar csapatai nem tudtak vízre szállni. Caesar tehát kevés emberével élelmiszer és hadianyag nélkül maradt az ellenfél mérhetetlen haderejével szemben.

Pompeius azonban nem tudta kihasználni a kedvező helyzetet, hogy szétverje Caesar csapatait, mielőtt még a főerők megérkeztek volna Brundisiumból. Abban bízott, hogy időhúzással, az utánpótlás elvágásával legyőzi ezeket a fegyverben győzhetetlen, győzelemben már oly rég összeszokott harcosokat. Múltak a hetek, de Caesar nem kapott erősítést Itáliából, éhség fenyegette harcosait. Kétségbeesésében már egyedül akart átkelni egy kis gályán Brundisiumba, hogy személyesen vezesse csapatainak átkelését a tengeren.
Caesar szerencséjére azonban meghalt Pompeius flottaparancsnoka. Ekkor Antonius, Caesar fegyvertársa rászánta magát az indulásra; a csapatok egy részét behajózta, a másik részét pedig szárazföldön indította el Illíriába. Még mielőtt Pompeius odaérkezett volna, Caesarnak sikerült egyesülnie Antonius csapataival, és igyekezett ütközetet keresni. Megrohanta az ellenség sáncait, minden alkalommal ütközetre hívta ki Pompeiust, és ezekből a csatározásokból rendszerint ő került ki győztesen. Egy alkalommal azonban Pompeius olyan fényesen harcolt, hogy megfutamította Caesar egész hadseregét, kétezer embert megölt közülük. De vagy nem volt elég ereje hozzá, vagy félt betörni az ellenség táborába, hogy végleges győzelmet arasson. Ezzel ő maga segítette elő ellenfele menekülését Thesszaliába. Ezért mondta Caesar barátainak Pompeiusról:
- Az ellenség ma győzött volna, ha győzni tudó vezérük lett volna!

Pompeius táborában kapkodás és fejetlenség lett úrrá az egységes vezetés hiánya és, ami a legfontosabb, a fővezér határozatlansága miatt. Most, hogy Caesar seregét legyőzöttnek hitték, Pompeius legközelebbi barátai között nézeteltérés támadt a helyzet értékelésében. Egyesek azt kiáltozták, hogy Caesar elmenekült, és üldözőbe kell venni; mások, hogy térjenek vissza Itáliába; voltak, akik előreküldték szolgáikat és barátaikat Rómába, azzal a megbízatással, hogy béreljenek ki házakat jó előre a Forum közelében, minthogy hamarosan úgyis hivatalokra pályáznak; olyanok is voltak, akik azon kaptak hajba, hogy mint pontifex maximus ki legyen Caesar utóda. Maga Pompeius pedig már úgy írt a távoli királyoknak és uralkodóknak, sőt a feleségének is, mint aki döntő győzelmet aratott Julius Caesaron.

Amikor Thesszaliában leereszkedtek a pharszaloszi síkságra, párthívei azt követelték Pompeiustól, hogy nyomban ütközzék meg Caesarral.
- Valóban annyira megvénültél volna, Pompeius, hogy nem mered megtámadni az ellenséget, melynek ereje a te erődnek még a felével sem érhet fel? - kérdezték tőle.
Pompeius végre engedett az erőszaknak, és felkészült az ütközetre.

Hajnaltájban, őrségváltáskor Caesar tábora felett, ahol teljes csend honolt, nagy fény villant fel, amelyből égő fáklya vált ki, és ráesett Pompeius táborára. Caesar azt állította, hogy ezt a fényt ő is látta, amikor sorra járta az őröket. Caesarnak az volt a szándéka, hogy reggel útra kel: a katonák már szedték szét sátraikat, s küldték előre az igásállatokat és a szolgákat, amikor az előőrsök jelentették, hogy az ellenség táborában nagy fegyvermozgást észleltek, s a katonák izgatottan szaladgálnak, mint akik csatára készülnek. Utánuk mások is jöttek, és jelentették, hogy az első hadsorok már felálltak csatarendben. Caesar azt mondta, hogy elérkezett végre a várva várt nap, amikor férfiakkal és nem a szükséggel meg az éhséggel kell megküzdeniük, majd nyomban parancsot adott, hogy tűzzenek ki bíborlobogót a vezéri sátorra, mert a rómaiaknál ez volt a csata jele.
Pompeius három sorban állította fel cohorsait. Ő maga a jobbszárnyon Antoniusszal készült szembeszállni, a balszárnyon a lovascsapatokat sorakoztatta fel. Kis híján egész lovasságát erre a pontra vonta össze, hogy nehéz helyzetbe hozzák Caesart, és szétverjék a híres tizedik legiót, mert általában az volt a vélemény, hogy ennek katonái a legfélelmetesebbek, és Caesar rendszerint az ő soraik között szokott küzdeni.

Mikor Caesar meglátta, hogy az ellenség balszárnyát milyen nagy lovascsapat fedezi, hat cohorsot a jobbszárnyra rendelt, hogy visszaverjék Pompeius lovasainak a támadását. Mindkét fél jelt adott a támadásra. Pompeius lovasai rárohantak Caesar hadsorainak jobbszárnyára.
Caesar jeladására lovasai visszahúzódtak, nehogy Pompeius lovassága, mely náluk erősebb volt, lerohanja őket. A mögöttük álló gyalogosok viszont rohamot indítottak, szembeszálltak az ellenséggel, megálltak a lovak közelében, és a kapott utasításhoz híven dárdáikat magasba, a lovasok arcába döfték. Caesarnak ugyanis az volt a véleménye, hogy Pompeius "csinos, rózsás arcú fegyvertáncosai szépségüket kímélik, és nem fognak helytállni". Így is történt. A fiatal harcosoknak nem volt semmi harci tapasztalatuk, nem tudták a szemükre és szájukra irányzott döféseket elviselni, elfordították a fejüket, kezüket arcuk elé tartották, és szégyenletesen megfutamodtak.

Caesar most már támadásba lendülhetett. Nem vette üldözőbe a menekülő lovasokat, inkább Pompeius cohorsaira vetette magát, megkerülte az ellenség balszárnyát, és átkaroló hadmozdulatokkal igyekezett bekeríteni. Mialatt oldaltámadás alá fogta őket, arcvonaluk ellen a tizedik legio rohamot intézett, amit nem tudtak feltartóztatni, állásaikat el kellett hagyniuk, és visszavonultak megerősített táborukba. Pompeius is elhagyta parancsnoki állását, és lassan visszavonult a táborba. A parancsnok megfutamodása után a magukra hagyott cohorsokban teljesen felbomlott a rend, a hadsereg pánikszerűen menekült, s menekült Pompeius is.
Caesar emberei, amikor elfoglalták a tábort, akkor látták csak az ellenség oktalanságát és könnyelműségét. Minden sátrat mirtuszágakkal díszítettek fel, mindenütt tarka szőnyegekkel leterített pamlagok, serlegekkel megrakott asztalok s borral telt edények voltak odakészítve; mindez inkább áldozati lakomára készülőkre, mint csatába induló katonákra vallott. Ilyen hiú reményekkel és ilyen oktalan önbizalommal eltelten mentek az ütközetbe.

Pompeiusnak több mint hatezer harcosa esett el a harcmezőn, Caesar viszont mindössze kétszáz harcost vesztett. Pompeius egy darabig még vágtában menekült, mikor aztán látta, hogy nem üldözik, megeresztette lova kantárszárát, néhány kísérőjével lassú menetben folytatta útját. Első ízben tapasztalta, mit jelent a vereség és a futás. Elgondolkodott rajta, hogy dicsőségét és hatalmát egyetlen óra leforgása alatt elveszítette, és a birodalom első embere most jelentéktelen személyként, megalázottan távozik.
Larisszát elhagyva a Tempé völgyébe érkezett, itt megszomjazott, arcra fekve ivott a folyó vizéből, és folytatta útját a völgyben, míg a tengerpartra nem érkezett. Az éjszakát halászok kunyhójában töltötte. Kora reggel beszállt egy folyami bárkába, s a tengerhez érve meglátott egy nagyobb teherhajót, mely felvette néhány emberével együtt. Szolgáinak azt mondta, menjenek Caesarhoz, és semmitől ne féljenek. Elhajózott Amphipolisz mellett, s onnan átkelt a leszboszi Mitülénébe, hogy felvegye a hajó fedélzetére feleségét, Corneliát és fiát.

Felesége kétségbeesetten hallgatta férje vereségének történetét, mire Pompeius így vigasztalta:
- A sors eddig kegyes volt hozzám, s a szerencse a szokottnál hosszabb ideig kitartott mellettem. De a sorscsapásokat is el kell viselnünk, mert emberek vagyunk, s próbára kell tennünk a sorsot. Talán még remélhetem, hogy mostani sorsomat ismét a jobb váltja majd fel.
Pompeius ezután hajóra szállt, és Kisázsia partvidékén hajózott tovább. Útközben néhány kilikiai hajó ment eléje, katonák és hatvan szenátor csatlakozott hozzá. Megtudta, hogy hajóhada még sértetlen, teljes harckészenlétben várja, Cato pedig nagyszámú katonasággal átkelt Líbiába. Pompeius ekkor keserűen kifakadt, és hibáztatta önmagát, miért ütközött meg Caesarral anélkül, hogy felhasználta volna tengeri haderejét, pedig a tengeren ő volt fölényben.

Pompeius távollétében hajóhadának tisztjei tudomást szereztek vezérük szárazföldi seregének szétveréséről. Semmiképp sem akarták, hogy hajóik az ellenség kezébe kerüljenek, felgyújtották tehát az élelmiszer-raktárakat és a hajók egy részét, ők maguk pedig Görögország nyugati felébe, Korküra szigetére hajóztak. Katonai tanácskozást tartottak, melyen elhatározták, hogy két részre osztják a megmaradt hajóhadat: az egyiket Pontoszba, a másikat Afrikába küldték, Pompeius Magnus felkutatására.
Amikor Pompeius kissé megnyugodva felmérte a helyzetet, látta, hogy még nincs minden elveszve. Követeket menesztett az ázsiai városokba, és segítséget kért, hogy hadsereget állíthasson, és hajóhadat szerelhessen fel. Mindenesetre biztonságosabb menedéket kellett keresnie. Emiatt sokat vitatkozott kísérőivel. Tanácsadói közül egyesek Szíriát, mások Egyiptomot vagy Líbiát javasolták mint a felkészülésre legalkalmasabb helyet. Maga Pompeius úgy gondolkodott, hogy a parthusok királya volna a legalkalmasabb, hogy befogadja és megvédje, majd pedig haderővel segítse.

Végül úgy döntöttek, hogy Szíriába mennek, de amikor megérkeztek Ciprus szigetére, kiderült, hogy ott nem merik befogadni a menekülteket, mert félnek Caesar haragjától és bosszújától. Pompeius ekkor kisebb flottát gyűjtött, összeszedett kétezer embert, és elindult Egyiptomba.

Ez idő tájt Egyiptomban XI. Ptolemaiosz király gyermekei - Auleta, Ptolemaiosz, Dionüszosz és Kleopátra - uralkodtak. Pompeius abban reménykedett, hogy az apának nyújtott segítség fejében gyermekei most szívesen fogadják, és menedéket nyújtanak majd neki és családjának. Amikor a menekülők hajói Egyiptom partjaihoz értek, Ptolemaiosz épp a nővérével, Kleopátrával háborúskodott. Pompeius a hajón maradva futárt küldött a fiatal uralkodóhoz, és védelmet kért tőle. Ptolemaiosz még egészen fiatal ember volt, s minden ügyét miniszterei intézték. Főembere Potheinosz volt, aki tanácskozásra hívta össze a két minisztert: Theodotoszt és Akhillaszt. A tanácskozáson megoszlottak a vélemények; voltak, akik azt ajánlották, hogy űzzék el Pompeiust, mások pedig, hogy fogadják be Egyiptomba, és hívják meg. Theodotosz így okoskodott:
- Én egyik eljárást sem tartom biztonságosnak. Mert ha befogadjuk Pompeiust, ellenségünkké tesszük a hatalmas Caesart. Ha meg visszautasítjuk Pompeiust, őt tesszük meg ellenségünkké, sohasem bocsátaná meg tettünket, Caesar meg szemünkre vetné, miért nem üldöztük tovább Pompeiust. Szerintem az volna a leghelyesebb, ha érte küldenénk, és eltennénk láb alól, ezzel Caesarnak kedvében járnánk, Pompeiustól pedig nem kellene tovább félnünk. - Majd mosolyogva hozzátette: - A halott nem harap.

A javaslatot elfogadták, és Akhillaszra bízták a tett végrehajtását, aki magához vette Pompeius régi katonai tribunusát, néhány rabszolgát, és kievezett a tengerre Pompeius hajójához. Pompeius emberei észrevették, hogy egy halászbárkán csak néhány ember érkezett vezérük fogadására, rosszat sejtettek, és azt tanácsolták Pompeiusnak, hogy azonnal fusson ki a nyílt tengerre, amíg nem késő.
A bárkában ülő római azonban latinul odakiáltott Pompeiusnak, és imperatornak szólította. Akhillasz görögül köszöntötte, és hívta, szálljon át a bárkába, mivel a víz sekély és homokos, s hadihajóval úgysem tudnák megközelíteni a partot.
Közben befutott néhány egyiptomi hadihajó fegyveres matrózokkal a fedélzetén, a menekülésre tehát nem volt már lehetőség. Pompeius elbúcsúzott a feleségétől és kísérőitől. Cornelia úgy siratta, mintha már meg is halt volna. De Pompeius nem várt tovább, beszállt a bárkába. Akhillasz emberei már nyújtották feléje a kezüket, amikor még egyszer visszafordult felesége és fia felé, s Szophoklész sorait idézte:
Ki a zsarnokhoz szegődik, az szolgája lesz,
bármily szabad polgár gyanánt is érkezett.

Amikor a csónak már jól eltávolodott a hadihajótól, Pompeius felpillantott és megszólalt:
- Ha nem tévedek, jól ismerlek mint régi bajtársamat.

A római csak bólintott, de egy szót sem szólt. Hosszú szünet következett. Pompeius közben elővett egy kis papirusztekercset, melyre leírta annak a beszédnek a szövegét, melyet görögül Ptolemaioszhoz akart intézni. A csónak már közeledett a part felé. Cornelia barátaival nagy aggodalommal figyelte, mi történik a távolban. Már-már reménykedni kezdtek, mikor látták, hogy a király emberei illő tisztelettel fogadják Pompeiust. De abban a pillanatban, amikor Pompeius megfogta Ptolemaiosz kezét, hogy könnyebben felállhasson, a római hátulról ledöfte. Utána Akhillasz is beleszúrt. Pompeius mindkét kezével arcára húzta togáját, és egyetlen jajszót sem ejtett. Ötvenkilenc éves volt, amikor, egy nappal születésnapja után, befejezte életét. Ez i. e. 48. szeptember 29-én történt.

Pompeiusnak levágták a fejét, testét mezítelenül kidobták a bárkából, és a parton hagyták. Egyik szabadosa vitte el később magával, a tengerben lemosta, és egy régi halászbárka maradványaiból készült máglyán készült elégetni. Ekkor megállt mellette egy idős római, és így szólt:
- Ki vagy te, barátom, hogy Pompeius Magnust készülsz eltemetni? - Majd így folytatta: - Ne legyen egyedül a tiéd ez a szép tett, hadd legyen részem nekem is benne, hogy tulajdon kezemmel érinthetem és temethetem el a rómaiak legnagyobb imperatorát.
Caesar sírva fakadt, amikor elvitték hozzá Pompeius fejét és pecsétgyűrűjét, a gyilkosokat pedig kivégeztette.

Pompeius hamvait feleségéhez vitték, és ő Albában temette el.