Augustusszal fennálló barátságát feltehetően megrontotta sógora, Marcellus féltékenysége, illetve Livia császárné áskálódása, aki féltette férjét a hadvezér befolyásától. Így aztán amikor Agrippát Syria helytartójává nevezték ki, ami egyfajta jutalomba csomagolt száműzetés volt, ő csak helyetteseit küldte az ügyek intézésére, és Leszboszon maradt.

Nem telt el egy év, és Augustus máris visszahívta régi harcostársát: Kr. e. 23-ban meghalt Marcellus, a princepsnek pedig örökösről kellett gondoskodnia. Állítólag Maecenas tanácsolta a császárnak, hogy régi barátját még jobban kösse magához azzal, hogy hozzáadja lányát, Julia Caesarist.
Így aztán Kr. e. 21-ben Agrippa elvált Marcellától, és elvette a szépségéről, intelligenciájáról és féktelen kicsapongásairól híres Juliát, Marcellus özvegyét.

Kr. e. 19-ben Hispaniában kellett levernie a cantaberek felkelését. Kr. e. 17-ben ismét kinevezték Syria kormányzójává. Igazságos és takarékos adminisztrációjával kivívta a provinciális lakosság, főleg a zsidók jóindulatát. Helytartósága alatt helyreállította a római fennhatóságot a kimmerek felett Kherszonészoszban, a Krím-félszigeten.

Agrippa utolsó jelentős tette a hódítás megkezdése volt a felső-dunai régióban, amelyet Kr. e. 13-ban római provinciává szerveztek Pannonia néven.

Campaniában, vidéki villájában halt meg Kr. e. 12 márciusában, 51 éves korában. Augustus hű barátja emlékét hatalmas temetési ünnepséggel honorálta, és majdnem egy hónapon át gyászolt. Személyesen gondoskodott unokái neveltetéséről, sőt Caiust és Luciust adoptálta is. Az utószülött Marcus Vipsanius Agrippa Postumust nem fogadta örökbe, hogy továbbvihesse atyja nevét.