A római hadsereg rendszabályai már akkor is szigorúak voltak, amikor a légiókat még az állam iránti lojalitásuktól vezérelt tehetősebb polgárokból állították fel, amikor pedig átértek a hivatásos hadseregre, a fegyelmezési módszerek még drákóibb formát öltöttek. A sereg az újoncok kiképzésének első pillanatától kezdve egyértelművé tette, hogy milyen magatartást vár el a leendő katonáktól. Aki megfelelt ezeknek az elvárásoknak, jutalomban részesült, aki viszont nem, büntetéssel kellett szembenézzen.
A Sztrategikon című bizánci katonai kézikönyv ugyan későbbi időkből maradt ránk, mégis őriz számos olyan latin nyelvű parancsszót, amely valószínűleg alig változott a principátus kora óta. A katonáktól csendet és fegyelmet követeltek, az alakzat hátában menetelő optiók hosszú botjukkal regulázták meg mindazokat, akik lemaradtak vagy beszélgettek.

A vitis, a centuriók szőlővenyige pálcája gyakran kapott szerepet a büntetésben, mély sebeket hagyva a katonák hátán. Az effajta testi fenyítés, úgy tűnik, teljes mértékben a tisztek hatáskörébe volt utalva, ezért a lázadások alkalmával is mindig a legembernyúzóbb tisztek kerültek elsőként terítékre. Tacitus a Rajna menti légiók lázadásáról szóló beszámolójában leírja, hogy a katonák felkoncoltak egy Cedo Alteram (hozzatok egy másikat) gúnynéven emlegetett centunót, aki arról a szokásáról vált híressé, hogy miután eltörte pálcáját a legionáriusok hátán, bömbölve követelte, hogy hozzanak neki még egyet, amivel folytathatja az ütlegelést.

Számos vétségért halálbüntetés járt, ám valószínűleg csak magasabb rangú tisztek szabhatták ki. Aki őrségben elaludt — gyakori trükk volt, hogy katonák pilumukkal kitámasztott hosszú pajzsuknak nekidőlve, állva szunyókáltak —, azt a köztársaságban alkalmazott módszerekhez hasonlóan bajtársaik agyonpálcázták, amiért kockára tette az életüket. A csatatérről megfutamodókat keresztre feszítették vagy a vadállatok közé hajították. Ezek olyan büntetési formák voltak, melyeket egyébként csak a társadalom legalján elhelyezkedő bűnözőkre alkalmazták, római polgárokra nem.

A leghíresebb büntetés talán a tizedelés volt, melyet a harctérről gyáván megfutamodó egységekre alkalmaztak. Sorshúzással kiválasztották az egység egytizedét, akiket kivégeztek. A többiek büntetése inkább szimbolikus jellegű volt: fel kellet állítaniuk a sátraikat, és az erőd sáncain kívül kellett tölteniük az éjszakát, búza helyett pedig árpában kapták meg a fejadagjukat. A kitüntetésekhez hasonlóan a büntetések is komoly erkölcsi súllyal bírtak. Augustusról írják, hogy nemcsak közkatonákat, de centunókat is megbüntetett: arra ítélte őket, hogy öv nélküli tunikában, kezükben egy karót vagy földdarabot tartva egy teljes napig vigyázzállásban feszítsenek a sátra előtt.

A katonáknak nem volt semmi lehetőségük a fellebbezésre. Ammianus Marcellinus, 4. században élt katona-történetíró írja, hogy a dezertálások legfőbb kiváltó oka a büntetések elkerülésében keresendő. Ez valószínűleg így lehetett a principátus korában is, és forrásaink valóban tanúskodnak is róla, hogy a szökések mindig problémát okoztak a hivatásos hadseregnek. Számos ellenséges hadvezérről, köztük Jugurtháról, Tacfarinasról, és Decebálról mondták, hogy legjobb embereiket szökött legionáriusokból toborozták.

Az 1. században Corbulo, a szigorú fegyelmezési módszereiről híres hadvezér már az első alkalommal kivégeztette az elfogott dezertőröket — rendszerint csak a második, harmadik szökési kísérlet után járt a halálbüntetés —, ám még neki sem sikerült teljesen kiirtani a problémát, legfeljebb annyit ért el, hogy seregéből az átlagosnál kevesebben dezertáltak.